当今世界，随着经济文化的交流，人类渐有形成“地球村”的趋势，但是在世人的眼里，仍然是一块神秘的土地，尤其是那里的宗教——西藏。欲揭开藏密神秘的面纱，必先要了解其发展历史，才能进一步深入藏密的真相。故今依据藏密祖师所著的历史著作，如五世达赖的《西藏王臣记》、布顿的《善逝教法史》、土观的《宗派源流》等，并参考汉文史料，简略地介绍西藏密宗发展的过程。
一、松赞干布建立吐蕃王朝
西藏位于青藏高原，历史上西藏大致划分为上、中、下三部，包括卫、藏、康、阿里等地区。阿里在西藏的最西面，称为上部。中部包括卫、藏两部分，其中，“卫”是指前藏，即今拉萨市地区；“藏”是指后藏，即今之日喀则地区。下部为朵康地区，即今日西藏东部的昌都以及与西藏毗邻的四川甘孜州、青海玉树州等藏区。
根据林芝、昌都考古发掘的材料分析，早在旧石器时代西藏就有人类居住。在历史的演化过程中，西藏的土著人种与从中原退出来的羌人以及其它少数民族，经过长期的相互融合，逐渐形成数十个部落，成为稳定的藏族先民。在这些部落中，有历史传说记载其演变过程的是山南地区的悉补野部落。
约公元前四世纪，聂赤赞普被推举为悉补野部落首领，成为吐蕃（西藏）王室的第一代赞普（国王），其后次第传至第三十一代赞普——朗日松赞。在朗日松赞时期，悉补野部落几经武力兼并，将势力扩展到拉萨河流域。公元629年朗日松赞被叛逆大臣毒死，王子松赞干布继位后，迅速平定反叛。约于 633
年（唐贞观七年），松赞干布迁都逻娑（今拉萨市），正式建立吐蕃王朝。此时，整个吐蕃尚处于奴隶社会。松赞干布先后征服了青藏高原上的苏毗、羊同、白兰、党项、附国、嘉良夷等羌部，终于统一了西藏。于是，吐蕃王朝的统治范围直接与唐朝相接。
松赞干布定都逻娑后，委派大臣吞米桑布札创造文字，并制定了严酷的法律“十五条”。据我国唐代史书《新唐书》“吐蕃传”记载：“其刑，虽小罪必抉目，或刖，劓，以皮为鞭，柣之从喜怒，无常算（数）；其狱，窟地深数丈，纳囚于中，二三岁乃出”，彼时吐蕃“砍头、砍手足、剜眼、剥皮等诸刑皆备”，并传至后世。西藏的法律，不论是松赞干布制定的“十五条”，还是后来的“十六法”、“十三法”，千余年来其实质内容并没有多少变动。
公元634年，松赞干布遣使至唐朝，向唐太宗李世民求娶公主，遭到拒绝。于是松赞干布便出动二十万大军攻打唐松州（今四川松潘县）。据唐史记载：由于连年的战争耗费太大，公元641年（唐贞观15年）唐太宗被迫将本族的李姓女子封为“公主”，嫁给松赞干布，松赞干布专门为文成公主在拉萨的红山上修建了三座堡式宫楼“布达拉宫”，这就是历史上著名的“文成公主入藏”的历史典故。文成公主入藏时，带去了一尊佛像，为了放置佛像，建造了小昭寺，这是西藏有了文物最早也是最确切的文字记载。当时的吐蕃，虽有文成公主带去佛像，并建造了小昭寺，但是小昭寺的规模极小，充其量不过是一间镇邪的家庙罢了，庙里也没有出家僧人，更不要说是有讲经说法等佛事活动了。
在松赞干布时代，吐蕃尚是以游牧为主的民族，野蛮愚昧，除了祖先传下来的苯教以外，基本上没有什么文化可言。据藏文史资料记载，苯教在吐蕃的传播，远早于，在吐蕃第一代藏王“聂赤赞普”时代就开始兴盛了。苯教是原始宗教，相信万物有灵，崇拜天、地、日、月、星辰、雷霆、雪、雹、山川、陵谷、土石、草木、禽兽等。在藏人的观念里，藏地是一个人、鬼、神杂居的的世界，也是一个人、鬼、神不分的世界，藏人通过苯教的巫师以巫术驱迎鬼神，以达到逢凶化吉的目的。巫师通过占卜吉凶、咒术、驱鬼降神、巫术医病、呼风唤雨为藏人祈福除灾。因此藏人的婚姻、丧葬、疾病、生产等活动都要由苯教的巫师来主持仪式，故苯教信仰遍于藏人生活的各个角落，对藏人的生活起着巨大的影响（后来藏密兴盛以后，苯教巫师的这些职能便由喇嘛取代）。苯教另一个巨大作用表现在苯教还是吐蕃国的国教，吐蕃在祭祀、丧葬、会盟大典、对外用兵、王位继承等等国家大事，都要由苯教的巫师以及信奉苯教的大臣参与，以协助藏王决策。苯教是吐蕃赞普治理国家的工具，故《土观宗派源流》（藏密的名著）记载：“从聂赤赞普至赤吉脱赞之间，凡二十六代均以苯教治理王政。”
吐蕃的赞普以苯教治理王政，却时常发生信奉苯教的权臣架空赞普，左右王权，乃至为了争夺权力谋杀赞普的事件。
基于这两个作用，作为吐蕃土著宗教的苯教，在朝政民间都有着深厚的信仰基础。故八世纪中叶，印度晚期佛教——密宗初传入吐蕃时，便遭到了苯教徒的抵制。
公元650年，松赞干布被苯教徒害死以后，赞普芒松芒赞即位。由于芒松芒赞年幼，吐蕃内外事务皆由大相噶·东赞决断，自此噶氏家族开始掌握吐蕃王朝的实权。公元676年，芒松芒赞死后，遗腹子——都松芒布吉出生。噶·东赞死后，其子钦陵兄弟先后担任吐蕃的大相。在噶·东赞父子三人担任吐蕃大相期间，噶氏家族专横跋扈，权倾朝野，至使君臣之间的斗争越来越激烈。公元698年，藏王都松芒布吉以“出猎”为名，调兵消灭噶氏家族，杀死其党羽二千余人，至此葛氏家族近五十年的专权时代结束。公元704年都松芒布吉死，其子赤德祖赞继位。710年，唐中宗李显将雍王李守礼的女儿封为金城公主嫁给赞普赤德祖赞。在芒松芒赞、都松芒布吉、赤德祖赞三代，一直为了扩大王室的权力而斗争，虽然都松芒布吉消灭了葛氏家族，但是吐蕃王朝的实权仍把持在信奉苯教的贵族大臣手中。因此这此一阶段，“佛教”在吐蕃并没有什么发展。唐代新罗僧人慧超前往天竺（古印度）学法时，曾经路过吐蕃，开元十五年（公元727年）十一月上旬，慧超抵达安西后，回到长安，他在游记《往五天竺国传》“吐蕃国”专章谈及吐蕃印象时说：
“吐蕃国，纯住冰山雪川谷之间，以帐而居，无有城墩屋舍。处所与突厥相似，随逐水草，其王虽在一处，亦无城但依毡帐以为居业。土地出羊马猫牛毯褐之类，衣着毛褐皮裘，女人亦尔。土地极寒，不同余国。家常食糗，少有饼饭。国王百姓等，总不识佛法，无有寺舍。国人悉皆穿地作坑而卧，无有床席。人民极黑，白者全布。言音与诸国不同。多爱吃虱，为着毛褐，甚饶虮虱，捉得便抛口里，终不弃也。”
虽然慧超以自己的所见所闻，说赤德祖赞时期吐蕃“国王百姓等，不识佛法，无有寺舍，”
但据汉藏史料综合分析，这一阶段“佛教”在吐蕃民间虽然并没有得到广泛的信仰，但是确有少数王室成员、大臣信仰“佛教”。佛教的一些思想刚刚传入吐蕃的时候，吐蕃尚处于奴隶社会，且地处边地，野蛮愚昧，没有深厚的人文文化作基础，故“信仰佛教”的少数权贵，不过是将佛祖和苯教的鬼神混同起来，以为“信佛”便能得到佛祖的保佑罢了。如汉明帝时期，佛教初传入我国，人们以为佛陀就是神仙，并将佛法等同于道家的方术，佛教初传入吐蕃的情形，也不过如此而已。赞普赤德祖赞晚年还曾派大臣桑喜等人去汉地取经。公元755年，亲苯的大臣巴·吉桑东赞与朗·弥素二人弑杀了赤德祖赞准备叛乱，后被吐蕃王室诛杀。公元756年，年仅十三岁的王子赤松德赞即位。
赤松德赞即位时，由于年幼，朝政大权掌握在权臣马向·仲巴吉的手中。马向·仲巴吉素来信奉苯教，于是他制定了律令禁止朝臣“信佛”，并把文成公主带到吐蕃的佛像埋在了地下，后来又取出来送到芒域（今日喀则地区吉隆县）。赤松德赞成年以后，约公元761年，依靠信仰“佛教”的大臣桑喜、巴·赛朗、管·赤桑等人的力量，设计活埋了马向·仲巴吉，夺回了亲政的权力。由于吐蕃王朝历代皆以苯治国，故信奉苯教的大臣地位显赫，当亲苯大臣权力急剧膨胀的时候，就会对赞普王室产生威胁，吐蕃赞普被亲苯权臣谋杀的事件也时有发生。故赞普赤松德赞依靠“信佛”大臣夺回权力以后，便着手大力发展“佛教”，想要用“佛教”来取代苯教，以期动摇、铲除亲苯大臣威胁王权的基础。
赤松德赞欲大力发展“佛教”，因为吐蕃地邻印度，路途较往来汉地方便，印度又是佛陀的祖国，自然他会派人前往印度迎请“高僧”到吐蕃讲经说法。于是，巴·赛朗便受赞普之命前往印度，迎请了当时比较有名的自续派中观论师寂护到吐蕃传法。
寂护，藏译为“静命”，又名“菩提萨埵”，约生于公元725年，原为东印度查贺王室的贵族，年长后依止那烂陀寺的智藏出家，据说是自续派“中观”论师清辩的五传弟子，故寂护属于自续派中观见，后来，寂护以自续派中观见为基础，融入部分唯识思想，由此形成瑜伽行中观派，当然瑜伽行中观见也不是正确的中观思想。寂护曾任那烂陀寺的主讲。
寂护到达吐蕃以后，向赤松德赞等人讲述了佛教的十善法、十八界法等内容。寂护在吐蕃逗留了约四个多月，恰遭天灾人祸，出现了瘟疫，信奉苯教的大臣、平民以为这是赞普君臣信奉“佛法”的报应，并要求驱逐寂护。在舆论的压力下，赤德松赞便赏给寂护一些黄金，让他暂时离开了吐蕃。寂护临行前告诉赤松德赞：吐蕃的凶神恶鬼很多，需要以猛烈的加以制伏，并向赤松德赞推荐了精通法术的印度密宗，随后他就离开了吐蕃。
经历这一次挫折后，赤松德赞又派巴·赛朗出使唐朝，请求唐王朝派僧人去吐蕃传授佛法。唐肃宗接见了向巴·赛朗，除了赐予他一些佛教经典以外，还答应派出僧人到吐蕃传授佛法。据《册府元龟》卷九百八十记载：“初，吐蕃遣使求沙门之善讲者，至是（建中二年，公元781年）遣僧良琇、文素，一人行（至吐蕃传授佛法），二岁一更之”。
据藏文史资料《巴协》记载：巴·赛朗自唐返蕃不久，赤松德赞就下诏请回寂护。巴·赛朗奉命去尼泊尔迎请寂护的途中，在芒域遇见了莲花生上师，于是就一起返回吐蕃。
莲花生，梵语为“白玛迥乃”，也称“阿阇黎·海生金刚”，一般藏密经典均称其为阿阇黎大师。传说莲花生不是胎生，而是莲花化生。实际上，莲花生出生于印度北部的乌仗那国（今天的巴基斯坦西部的卡普斯利坦一带），是那里的一位王侯“英迪布拉”的儿子，年长以后与寂护的妹妹曼达娜娃结了婚。莲花生先后随多位上师学习，如在寂色上师处修习事、行、瑜伽三部密法，得密号为“莲花生”，又从瑜伽师乐天和瑜伽母乐持处修习，还在吉祥狮子上师处修习大圆满法，后来莲花生将大圆满传入吐蕃，成为宁玛派的无上大法，因此他被宁玛派奉为第一祖。据智慧海王所著的《莲花生传》记载，莲花生学大圆满法以后还曾到中国的五台山学习天文历数。总之，莲花生作为密教学者，活跃于印度及其周边地区。
据五世达赖喇嘛所著的《西藏王臣记》记载，莲花生上师在前往吐蕃途中，就以法术、咒语，驱动密教的护法神，降服了苯教里的鬼神。据说莲花生前后所降伏的苯教鬼神共有八部：瘟神、山神、地神、本土神、游神、龙神、独脚鬼、作崇鬼等，莲花生将被降服的苯教鬼神接纳到西藏密宗护法神的队伍中。
寂护随后也来到吐蕃，和莲花生一起设计建造桑耶寺（今山南扎囊县境内）。寂护等人为桑喜（法名伯央）巴·赛囊（法名耶喜旺波）等七名藏人剃度出家为僧人。由于这七人是西藏历史上最早出家为僧的人，故史称“应试七人”，或称“七觉士”。“七觉士”剃度以后，由寂护向他们传授自续派“中观见”，莲花生则教授密法。为了能让吐蕃人尽可能地接受密宗，莲花生又将苯教的仪规等法融入到所教授的密法中，如宁玛派“修部八教”的“世间三部”——差遣非人、供赞世间神、猛咒咒诅，就属于苯教之法。
在喇嘛教地位得到初步巩固以后，赤松德赞便迫不及待地要铲除威胁王权的苯教势力。于是赤松德赞便找借口让寂护等人和苯教徒辩论，辩论失利的一方，便要被取缔。自然辩论只不过是赤松德赞所使用的一个“障眼法”，当辩论结束以后，赤松德赞便宣布苯教一方失败，要苯教徒或喇嘛教或放弃巫师职业，若不从者则流放到边地。于是一部分苯教徒便混入喇嘛教中，并将喇嘛教的教义融入苯教之中，以期保存势力卷土重来，再和喇嘛教相抗衡。
其后，赞普赤松德赞和莲花生上师之间产生了矛盾，并让莲花生离开了吐蕃。喇嘛教的布顿大师所著的《善逝教法史》记载：“由于大臣们拨弄是非，后来送莲花生返回印度。”具体原因，据《世系明鉴》（藏密萨迦派著名大喇嘛索南坚赞着）等藏文史资料分析：一者，喇嘛教的“护法神”，其实是一些鬼神、山精、罗剎、夜叉、魍魉等低层次的凶神恶鬼。这些邪神恶煞喜欢血肉、污秽的供物，故莲花生作法驱使它们降服苯教的鬼神的时候，先要建立坛城：将人头放置在架子上，再将人的内脏、撑开的人皮铺在地面，然后用人血洒在骷髅堆成的金字塔上。再以五肉五甘露混合的阿米打（人肉、象肉、马肉、狗肉、孔雀肉等五种肉混合的酒），来供养这些喇嘛教的“护法神”，“护法神”接受供养以后，莲花生再以咒语驱使它们为其服务，或鬼神附体显示神异，或者征服诛杀异类。莲花生作法时，所采用的阴森恐怖的坛城，令人毛骨悚然的供品，荒诞不经的仪规等等，在吐蕃引起了藏人的极大恐慌。以赤松德赞的妃子蔡邦萨为代表的贵族势力（蔡邦萨是蔡邦家族的家女，蔡邦家族原是苏毗国的旧臣，后归顺吐蕃，领地在琼结一带），他们认为：如果在吐蕃传播这样邪恶的宗教，会给吐蕃王朝带来毁灭性的灾难，因此强烈要求驱逐莲花生（历史证明了蔡邦萨的预言，公元845年吐蕃王朝最后一个藏王朗达尔玛因为取缔喇嘛教被刺身亡，吐蕃王朝土崩瓦解）。二者莲花生和赤松德赞的妃子移喜措加修习密宗的无上瑜珈——男女双身法，也引起了赞普赤松德赞的不快，赤松德赞又畏惧莲花生的法术，所以借机将莲花生送走。莲花生在走前，将部分密宗的经典埋在山岩中以传播到后世，这就是密教宁玛派所谓的“伏藏”。
莲花生没有什么系统的论著，从藏文“大藏经”收录的经论目录或者题跋来看，莲花生的著述有八种，都是讲密法的。莲花生在吐蕃期间，曾向赤松德赞以及吐蕃的喇嘛僧人讲授《空行母火焰炽盛咒》，所传的密法主要是“金刚橛”“吉祥马头金刚”“大圆满”等。莲花生在青浦设立密教坛场，并选择一些藏人为他们灌顶传授密法，从而开创了吐蕃喇嘛教的灌顶传承。由于莲花生在喇嘛教和苯教的斗争中冲锋陷阵，并取得胜利，使得印度的密教在吐蕃得以立足，因此莲花生成了西藏喇嘛教的开山鼻祖，故喇嘛教各派尊其为“第二佛”。藏密的祖师为了抬高莲花生，在其个人的历史中融入了大量的神化传说，由此产生了不可胜数的个人传记，号称有450部之多。
桑耶寺建造完毕，赤松德赞开始组织大规模的译经活动。来到吐蕃参加译经的印度僧人数大为增加，其中主要有无垢友、佛密、静藏、清净狮子等人，这些译师除了翻译了部分佛教的经典以外，还大量地翻译印度密教的经典密续。赤松德赞还派遍照护等藏人去印度学法，印度正是密教盛行的时期，故留学印度的遍照护等人所学的都是密法。在遍照护等人学成归来以后，因为所学的密法阴森恐怖，遭到了吐蕃王室成员排斥，藏王赤松德赞迫于压力，也不得不暂时将遍照护放逐到外地。
赞普赤松德赞在位期间，一方面对内大力引进印度密教，打击苯教势力，一方面对外战事频繁。以唐蕃为例，天宝十四年（公元755年），唐王朝发生安史之乱，吐蕃乘机占据唐朝的河西、陇右地区。广德元年（公元763年）十月，吐蕃军占领长安，唐代宗李豫出走陕州（今河南省三门峡市），吐蕃立傀儡皇帝李承宏（金城公主之侄），因气候炎热，水土不服等因素，吐蕃军在长安停留半月后退出。公元765年三月，唐蕃于兴唐寺和盟，十月，吐蕃即背盟，联合回纥军攻唐泾阳。公元767年四月，唐蕃再度和盟于兴唐寺，九月，吐蕃又背盟，围攻唐灵州等地。公元779年冬十月，吐蕃军与南诏军会合十万之众，攻唐剑南道。唐蕃之间较长时期处于和战不定的状态。公元783年，唐朝和吐蕃在清水（今甘肃省清水县西北）会盟，重新划定双方边界，史称“清水会盟”。清水会盟当年十月，唐朝发生了“朱泚之乱”，叛臣朱泚攻占长安，唐德宗出走奉天。公元786年九月，吐蕃进兵唐盐、夏二州。公元787年五月十五日，唐蕃会盟于平凉（今甘肃省平凉市）。结盟前，吐蕃预先埋伏骑兵于盟坛西部，在结盟时劫盟，唐朝参加会盟的官员60余人皆被扣押，史称“平凉劫盟”。
公元787年，唐松州（今敦煌地区）被吐蕃攻陷，生活在松州的汉地禅师“摩诃衍”和尚（又称大乘和尚、汉地和尚）作为俘虏被带到拉萨，得到赤松德赞的同意后在拉萨传播禅宗。由于禅宗不太注重形式，主张“顿悟成佛”，深受藏人的欢迎，随大乘和尚修学禅宗的人越来越多，不到三四年的时间，弟子就有五千多人，但是没有掌握实权的大臣、官员。与汉地禅宗在吐蕃呈现的一片欣欣向荣的景象不同的是，桑耶寺传授印度自续派中观的喇嘛教一方却在走下坡路。据藏文史资料《巴协》记载：自莲花生被送走了后，约公元784年寂护也因为被马踢中了脑袋而死，由伯央（桑喜）出任桑耶寺的堪布，他们继续教授寂护所传的印度自续派中观见，随学的藏人日渐稀少，桑耶寺面临香火中断的尴尬局面。
据《顿悟大乘正理决》（唐代河西观察判官王锡着）《布顿佛教史》《拔协》（据传为巴·赛朗所著，是最早记载吐蕃赤松德赞时期的历史著作）等汉藏史籍记载：
伯央等人首先向赤松德赞污蔑摩诃衍和尚所传的禅宗不是佛教法门，赤德松赞偏袒伯央，便下令：“当依阿阇黎菩提萨埵（寂护）的见行而行。”大乘和尚的弟子遂以抗议。赤松德赞为了控制局势，便听取耶喜旺波的建议，暗中派人去印度迎请莲花戒论师来和大乘和尚辩论。
莲花戒是寂护的弟子，所继承的自然是寂护的学说。由于汉地和尚主张顿悟成佛，印度自续派中观师主张渐修成佛，因此汉地和尚和印度自续派中观论师之间的大辩论，史称“顿渐之诤”。
据史料记载，辩论始自公元792年，终于公元794年才结束。据《善逝教法史》等藏文史料的记载，支那和尚一方一度在辩论中获得优势，最终在赤松德赞赞普的偏袒下，大乘和尚被判负。《善逝教法史》记载：“（辩论结束后）于是藏王（赤松德赞）命令说：“从今以后，‘见’应依龙树的宗规而行持；‘行’应以‘十法行’，及《般若波罗密》而修学，不许再作‘顿门’之宗规。”于是摩诃衍和尚被遣送回汉地，吐蕃禁止传播禅宗顿悟教法，摩诃衍和尚的著作也被搜集起来埋到了地下。
据藏文史资料记载：大乘和尚法辩失利后，大乘和尚的弟子们心里不服，出现了过激行为，大乘和尚的弟子娘夏米以刀砍头自杀，桑梅郭自焚等。在大乘和尚离开吐蕃后，又有弟子四人行刺莲花戒，莲花戒被捏碎睾丸而死，耶喜旺波也因为恐惧，绝食数日后死去（《贤者喜筵》载《西藏民族学院学报》，1983年第1期）。汉地禅宗被驱逐出吐蕃以后，寂护所传的自续派中观见，被赞普以王权确立为显教的“宗规”，取得了正统地位。此后一阶段，吐蕃的喇嘛僧人所学习的显教理论便是寂护所传的自续派中观见，学习密法，即是学习莲花生、无垢友等人所传的印度密宗的内容，他们不论是仅修“中观见”，或者是仅修密法，或者是先显后密，或者同时学习显密，都不出寂护、莲花生所传的范围。
喇嘛教在吐蕃传播初期，出家的喇嘛僧人大多是些贵族、官员等。在赤松德赞晚年，为了解决喇嘛僧人的生活问题，便规定每三户藏民，供养一位喇嘛僧人，使其可以安心地“修行”。于是，吐蕃的喇嘛僧人不用劳动，不愁衣食，也不必交纳人头税，不服差役、兵役，而且可以接受几乎是唯一的文化教育，同时又享有令人尊敬的社会地位，因而喇嘛在吐蕃成为一个令人羡慕的特殊阶层。由于出家为喇嘛僧人，可以得到很多现实利益，导致吐蕃出家的人数剧增。据有关藏文史料记载，仅在青浦道场修炼密宗的僧众就有九百多人。
回顾赤松德赞时期，汉地佛教对吐蕃的影响，当赤松德赞决定弘扬“佛教”以后，也曾派巴·塞朗等人去汉地取经，并请求唐王朝委派有学识的僧人来藏地弘法。唐王朝也的确应邀每两年派出一批学僧前往吐蕃传法。在桑耶寺中，汉地的和尚帕桑、玛哈热咱、德哇、哈热那波等人，也被组织起来翻译汉地的佛教经典。等到摩诃衍和尚在吐蕃传播禅宗的时候，“由于摩诃衍教授修定，故吐蕃之大多数僧人均学习汉地和尚之教法”（《贤者喜宴》），汉地的佛教对吐蕃的影响可谓巨大，照此势头继续发展下去，汉地的佛教完全可以在吐蕃确立主导地位。可是，事与愿违，一个敌对国家的僧人在自己的国度内拥有如此大的势力，引起了赞普赤松德赞的不安，于是他从印度请来了自续派中观师莲花戒，并借“顿渐之诤”，消除了汉地佛教对吐蕃的影响。
在赤松德赞时期，一方面吐蕃建造寺庙，培养本土的喇嘛僧人，翻译经典，建立了“三户养僧”制度；另一方面吐蕃取缔了苯教，驱逐了传授禅宗的汉地和尚，并以王权确立了“中观见”的正统地位，密法也随之传播起来。基于这两个方面的保障，来源于印度的自续派中观见与密法结合起来，以曲解的佛教理论作外壳，以密教的教义为主干，融合苯教的仪规为枝叶，再依靠政权来推广这种杂糅佛、密、苯的混合教义，由此构筑了西藏后弘期喇嘛教的雏形，所谓的“”可以称之为喇嘛教矣。经过如此一番斗争，喇嘛教在西藏遂成为“一统江湖、唯我独尊”的宗教，并以此为号召，团聚人力物力，最终取代了吐蕃王朝，建立了政教合一的政治制度。
公元797年，赤松德赞死后，儿子牟尼赞普继位。牟尼赞普在位仅一年另七月，便被母亲毒死了，其弟牟底赞普继位，牟底赞普继位后不久也被杀了。牟底赞普死后，他的弟弟——赤德松赞即位。
公元815年，赤德松赞去世，其子赤祖德赞（热巴坚王）继位。赤祖德赞在位时，重视喇嘛，并由喇嘛执政。赤祖德赞任用喇嘛郑喀·白季云丹为教相（职权类似宰相），大小朝政，皆决于喇嘛，这引起了吐蕃大臣的恐慌和不满。赤祖德赞极为尊崇喇嘛僧人，每逢斋僧法会，他先把自己的头巾敷在地上，请喇嘛在上边走过，然后自己再戴上头巾。赤祖德赞在赤松德赞“三户养僧”的基础，又有所增加，规定：七户居民供养一个喇嘛，加重了人民的负担。《娘氏教法源流》记载：“由于赤祖德赞，用郑喀·白季云丹为相，大小朝政，皆请决于喇嘛，大臣们向喇嘛施礼，喇嘛也不还礼，人民都喜欢出家，加重了百姓的负担。因此，君臣、喇嘛、百姓之间，矛盾更加尖锐复杂。”对于大臣和百姓们反抗行为，赤祖德赞采取了严厉处置的措施，《娘氏教法源流》记载，赤祖德赞制定了“手指僧人（喇嘛）”的法令：
“如果百姓、大臣有用手指头指着喇嘛的，就砍断他的手指；如果用语言嘲骂喇嘛的，则割掉他的嘴唇；如果对喇嘛怒目而视的，则剜去他的眼睛；如果盗窃喇嘛的法器的，要以80倍的财宝赔偿喇嘛等，以上作为法律执行。”
赤祖德赞的极端做法，激化了社会矛盾，一股志在毁灭喇嘛教的势力迅速形成。先是大臣韦·达纳坚向赤祖德赞反映喇嘛教相郑喀·白云与王妃私通，王妃自缢而死，白云亦被害身亡。公元836年，韦·达纳坚等人乘赤祖德赞醉酒之际扭断他的颈骨。赤祖德赞死后，他的兄弟朗达玛即位。朗达玛从即位之年至841年，五年之中，大灭喇嘛教。朗达玛下令：不许藏人出家为喇嘛，毁坏喇嘛教寺庙，并将喇嘛教的经典，埋于地下。朗达玛毁灭喇嘛教的第五年（公元841年），被喇嘛教的信徒拉隆·白季多吉用箭射杀。
朗达玛毁灭密教的原因：赤祖德赞在经济上给每一位喇嘛配以七户人家，与其说是单纯的经济性措施，不如说是进一步将城市的基层统治权转让给了喇嘛。赤祖德赞让喇嘛参与政治管理，朝廷的大小事情，都要听从喇嘛的安排，大臣们失去了手中的权力，他们的不满情绪和恐惧，是不难想象的。从根本上来看，与其说朗达玛毁灭喇嘛教是宗教性的斗争，不如说是豪族与喇嘛之间争夺政治权力的斗争，它不过是政治性斗争白热化的结果。
密宗在吐蕃的这一段传播历史，被称为喇嘛教的“前弘期”。
六、西藏分裂期喇嘛教的发展
公元841年朗达玛死后，王子朗德·沃松和赤德·雍登，各自占据一块地方，为了争夺王权，双方长期混战，吐蕃大乱，史称为“伍约之乱”。公元869年，吐蕃奴隶平民起义。公元877年，义军攻占山南雅隆河谷，掘毁赞普王陵，赞普王室后裔四处逃亡，吐蕃王朝灭亡。从此西藏逐渐步入封建社会。从公元877年吐蕃王朝灭亡，至公元1231年，元朝将吐蕃统一于祖国，期间共393年，史称“吐蕃分裂时期”。西藏密宗在吐蕃分裂时期，主要的表现是通过上、下路弘法复兴起来，并由此产生了几个大的教派。
自从藏王朗达玛公元841年毁灭喇嘛教以后，经过137年，西藏都没有密法，喇嘛教称之为“黑暗时期”，直到公元978年，鲁梅等人从康地（青海）又将密法等回传到藏地。喇嘛教从康地回传到西藏，这一条路线称之为“下路弘法”。
朗达玛的后裔在阿里成立古格小王朝，并委派仁钦桑布等人去印度学法，仁钦桑布学成后回到阿里大量地翻译了印度密教的经典。西藏喇嘛教史上把仁钦桑布当作一条界线——吐蕃时期翻译的密宗经典称为“旧译密咒派”，自仁钦桑布以后所翻译的密宗经典称为“新译密咒派”。仁钦桑布因此成为后弘期著名的大译师。密法从阿里传回卫藏，这一条路线称之为“上路弘法”。
自上、下路弘法以来，密宗在西藏空前繁荣起来，甚至超出前弘期的规模，同时也出现了一些混乱现象。据五世达赖喇嘛所著的《西藏王臣记》记载：“当是时，出现一类骑鼓腾空，炫奇矜异之人；尚有十八部阿惹谟班第等各种派别，或持械杀人，或恣意酒肉，或纵情淫乐。至于佛教律制，别如前述，已有喇钦布等传持宏广，惜前宏期中诸班智达所立法规，大都坏失；而新来之班智达堪为准绳者，又为数不多。于是藏地法师遂各从所好，创立宗规。”
针对这种混乱情况，公元1042年印度僧人阿底峡被邀请到了古格，后又去了卫藏，传法收徒，期间阿底峡系统地整理了喇嘛教的教法，整饬了喇嘛教的混乱现象。
阿底峡，孟加拉国达卡人，生于公元982年，卒于1054年，义译称“吉祥燃灯智”，曾随香蒂巴、那若巴等印度密宗大师学法，他曾是印度密宗超岩寺的主持之一。
阿底峡在古格的活动包括讲法、译经和著述。阿底峡把喇嘛教的教义加以系统化，并写了一本《菩提道炬论》献给绛曲沃。《菩提道炬论》提出三士道和显密并重的观点，这部译成汉文仅两千余字的著作日后成为藏密的纲领性文件，又被宗喀巴吸收发挥写成《菩提道次第》。从法尊翻译的《阿底峡尊者传》以及《道炬论本释》《中观要门论本释》可知，阿底峡所传显教的核心内容是月称的应成派中观见。在《菩提道炬论》的最后，阿底峡推崇密教，认为密教高于显教（佛教）。阿底峡所传的密法主要是四部瑜珈——事部、行部、瑜珈部、无上瑜珈部。阿底峡对喇嘛教的发展贡献极大，故后世喇嘛敬称他为“救主尊者”。
喇嘛教教法在藏地复兴以后，直到现在约一千余年，传法活动从未中断过，这一时期相对前弘期而言，称为“西藏密教后弘期”。
（二）、后弘期出现的藏密教派
喇嘛教进入后弘期，逐渐形成几个大的教派，略述如下：
阿底峡的三大弟子是仲敦巴·杰卫炯乃、库敦尊追雍中、俄·勒比喜饶。仲敦巴·杰卫炯乃，公元1005年生于堆垅（今堆隆德庆县），卒于1064年。1045年随阿底峡学法，阿底峡死后，仲敦巴去热振地区传法（今林周县），在那里建造了热振寺，并以热振寺为根本道场创建了噶当派。仲敦巴的弟子中，有名的是博德瓦，京俄瓦、普穹瓦三人。仲敦巴死后，这三个弟子各自传法，噶当派由此分列为教典派、教授派、教诫派。十五世纪初，宗喀巴依噶当派教义创立格鲁派（俗称黄教），因此格鲁派亦称“新噶当派”，噶当派遂并入格鲁派。
宁玛——“古旧”的意思，据说是前弘期的莲花生、无垢友所授，起初大多是一批在家人父子相传。相对于后弘期出现的藏密新教派来说，宁玛派属于旧派。其实宁玛派真正形成为一个教派，也是在后弘期，是由素·释迦炯乃创立的。素·释迦炯乃，公元1002年出生在邬巴隆（西藏南木林境内），卒于1062年。素·释迦炯乃将前弘期的一些密法经咒加以整理，并建造了邬巴隆寺传法，于是形成宁玛派。因该派僧人头戴红帽，俗称为“红教”。
宁玛派把整个“佛法”割裂为九乘，其中显教三乘、密教六乘——外密三乘、内密三乘。宁玛派的大圆满法主张“心有真心和妄心”“真心之体，本性清净，自性元成”。真心即是法身（如来藏心），妄心即是意识心。这一点和汉地的禅宗是一致的，无疑也是正确的。可是在如何具体开悟实证真心的时候，大圆满法和禅宗却有本质的不同：禅宗是以妄心（意识心）参禅开悟证得真心——本自清静的如来藏心，大圆满的修法（悟）却是刻意让妄心（意识心）面对外境的时候处于无分别、无住、不执着、不造作的状态，以为这时候妄心就是真心（如来藏心），禅宗所悟的如来藏心，不论妄心（意识心）分别还是不分别，执着还是不执着，如来藏心从来都是清静无染的，故禅宗和宁玛派的大圆满法相差何止十万八千里！
宁玛派僧人往往重密轻显，一般僧人也无正规的学经制度，他们既从事劳动，也娶妻生子。这使得宁玛派的组织很松散，始终没有形成为一个强大的寺院集团势力。宁玛派的经典有一部分是地下挖掘出来的“伏藏”，多是自埋自挖的伪书，而依赖家族传承的密法中又掺杂了不少苯教的东西，故宁玛派多为藏密其它教派所轻视。
宁玛派和政治一直没有什么联系，仅在元代，宁玛派僧人释迦沃把一部挖掘出来的“伏藏”经典献给元世祖忽必烈，忽必烈封给他一个“拔希”(法师)的称号。宁玛派组织松散，没有权势，反而因祸得福，在藏密的教派倾轧中也没有遭受过多的伤害。因为宁玛派比较“安分守己”，故在十七世纪得到了五世达赖喇嘛的大力支持，宁玛派在前藏的两个著名寺院敏珠林寺、多吉札寺才有了显着的扩展。
公元1073年，吐蕃昆氏家族的贡却杰波在后藏萨迦地区建造萨迦寺收徒传法，并以萨迦寺为主寺，形成萨迦派。萨迦派的教法在藏密各派中最为繁杂，主要集中在《道果教授》中。萨迦派同样也认为显教低劣，密宗殊胜，萨迦派所传密法的不共之见，即由灌顶和修生圆二次第，以“一切见中最高之见——乐空双运（男女）”，“引生乐空俱生智”，拔无明种子之毒，以此来。这当然也是邪见。
该派寺院围墙涂有红、白、黑三色花条，故又称为“花教”。贡却杰波，也译为“衮却杰布”，生于公元1034年，卒于1102年，是吐蕃贵族昆氏的后裔。年长后随卓弥·释迦耶协修学金刚道果法，也曾随阿底峡的弟子桂·枯巴拉学过法。
萨迦派多在家修行，又可娶妻生子，传宗接代，因此教主由昆氏家族世代相承。贡却杰波是萨迦派的创始人，他死后传法位给长子萨钦，萨钦住持萨迦寺四十八年，经过他的经营，萨迦派终于成为藏密著名宗派，因此萨钦被尊为萨迦派第一祖。萨钦有四子，长子早夭，次子锁南孜摩为萨迦第二祖，三子扎巴坚赞为第三祖，四子白钦沃布。三祖扎巴坚赞死后，由弟弟白钦沃布的儿子衮噶坚赞继承法位，为萨迦第四祖。衮噶坚赞出家后博学密法，被尊称萨迦班智达（班智达，印度语指精通五明的人）。萨迦班智达的弟弟桑查·索南坚赞善于经营，此时萨迦派的势力又增强了很多。萨迦班智达死后，其弟索南坚赞的长子八思巴继承法位，为萨迦第五祖。八思巴依靠元朝皇帝忽必烈的支持，建立了西藏政教合一的地方政权。
萨迦教派在元明两朝极盛，寺庙遍于前后藏及蒙古、汉地，以后逐渐衰微，现在唯余德格等地的少数寺庙，由鄂寺派堪布相继住持。
噶举派创立时间稍晚一些，因为该派喇嘛身穿白裙，故俗称白教。噶举派的创始人是玛尔巴译师，本名却季罗朱，生于公元1012年，卒于1097年。曾经随卓弥·释迦耶协学过密法，因为卓弥索要很多的黄金才肯传法，甚至超过直接去印度学法所需的黄金数量，故玛尔巴放弃和卓弥学法，直接去了印度。玛尔巴在印度随谛洛巴、那若巴、耶协宁布等密宗上师学了很多密法，主要是大手印和那若六法。玛尔巴学成回藏后，在洛扎卓窝垅地方，一边从事种田、经商，一边收徒传法。他的弟子中最有名的便是米拉日巴。
公元1040年，米拉日巴生于阿里的贡塘。父早死，受叔父欺凌，年长后学会咒术并以咒术杀死仇家多人。日后深悔自己的所作所为，便想依玛尔巴学法。起初，玛尔巴见米拉日巴没有黄金供养，便不肯传法，故多次刁难他，后见他心诚，才答应收为弟子。米拉日巴所学的密法主要是拙火定。米拉日巴卒于公元1123年。噶举派在玛尔巴、米拉日巴时代还算不上是一个教派。直到公元1121年，米拉日巴的弟子达布拉吉在达布地方建造岗布寺，传法收徒，噶举派才成为藏密的一个宗派，并迅速发展起来。达布拉结的弟子很多，其中噶玛巴、蔡巴、鲍绒、帕竹等四人又分别在康藏建寺宏法，形成噶举派的四个支系，其中帕竹噶举一系又分出八个小系，总称为噶举的四系八支。噶举派四系八支中影响比较大者，略说如下：
噶玛噶举派的创始人是噶玛·都松勤巴，都松勤巴生于公元1110年，卒于1193年。1147年，都松勤巴在昌都类伍齐建噶玛拉顶寺为其驻锡地，后又在前藏建楚浦寺，收徒传法，逐渐形成噶玛噶举派。
都松勤巴的弟子桑结热钦，桑结热钦有弟子邦扎巴，邦扎巴有弟子噶玛拔希。公元1204年，噶玛拔希生于康区的哲垅，哉波务家族。年长后随都松勤巴的再传弟子邦扎巴学习密法。据说噶玛拔希神通广大，神通之大仅次于教主莲花生。公元1253年元朝忽必烈南征云南大理时经过康区，召见了噶玛拔希，并要他随侍左右，遭到拒绝。公元1256年，蒙古大汗蒙哥召见噶玛拔希，赐给他一顶金边黑色僧帽及一颗金印，于是噶玛拔希这一系就称为黑帽系。公元1259年，蒙哥死，1260年忽必烈在开平自称大汉，忽必烈最小的弟弟阿里不哥在和林也自称大汉，于是兄弟之间展开了争夺蒙古大汉的斗争。经过了一年的战争，阿里不哥兵败，忽必烈登上了大汉之位。噶玛拔希因以前不肯追随忽必烈，在争夺汉位的斗争中又有帮助阿里不哥的嫌疑，被忽必烈投入监狱，后来又被流放到盖乌曲地方，直到公元1264年，才获释。噶玛拔希回到西藏，卒于1283年。据说噶玛拔希在死前声称要转世。公元1284
年，让炯多吉在后藏的贡塘出生，被认定是噶玛拔希转世再来，5 岁时他被迎请到噶举派主寺楚布寺。于是噶玛噶举派追认都松勤巴为一世、噶玛拔希为二世，让炯多吉便是第三世“”，由此开创了藏密“活佛”转世传统。公元1332年，让炯多吉奉召进京，为元朝皇帝元宁宗和皇后灌顶。
第三世噶玛噶举派黑帽系活佛第让炯多吉的弟子——扎巴僧格曾被元朝封为国师，并赐红帽。扎巴僧格死后也开始“转世”，由此开创了噶玛噶举派的第二个“活佛”转世系统，称为红帽系。
帕竹噶举派是达布拉吉的弟子帕木竹巴·多吉杰波创立的。多吉杰波于公元1110年，出生在康区金沙江流域的哲垅乃学，曾和多位藏密上师学法，1152年成为达布拉吉的弟子，四十九岁时在帕木竹地方（今桑日县境内）建丹萨替寺，形成帕竹噶举派。多吉杰波卒于1170年。帕竹噶举派后来分裂为——止贡、达隆、主巴、亚桑、超普、修赛、叶巴、玛仓等八个支派。公元1354年，帕竹噶举派的绛曲坚赞击败了西藏执政教派萨迦派，建立了帕竹噶举派政权，统治西藏两百六十余年。
噶举派所传的法，主要是“那若六法”和“大手印”。大手印的原理和宁玛派的大圆满类似。噶举派在公元十六世纪和黄教格鲁派斗争中失败以后，大部分寺院被黄教吞并，迅速的衰落下去，只有噶玛噶举派还有一些声势。黑帽系的“大宝”至今已传了17世。
据藏文史料《土观宗派源流》《青史》等记载：公元十二世纪时，裕莫（今后藏乌郁境内）人木居多吉依据第三转法轮的唯识经典《如来藏经》所说“一切众生皆本具相好庄严之佛身，名如来藏。”于是生起胜义本有之“他空见”。木居多吉将“他空见”暗传给儿子达麦夏若，达麦夏若传南喀沃色，南喀沃色传色莫齐瓦，色莫齐瓦传降萨·协饶沃色，协饶沃色传衮邦·吐吉尊追。
衮邦·吐吉尊追生于公元1243年，卒于1313年。他在拉堆绛（今西藏日喀则定日县境内）地区首领的支持下，建造了觉囊寺，公开宏传他空见，形成觉囊派。其后，吐吉尊追传弟子绛森·杰瓦耶协，杰瓦耶协传克准·云丹嘉措，克准·云丹嘉措传笃补巴。
笃补巴，本名协饶坚赞，于公元1292年生于笃补（今在西藏阿里境内）。笃补巴年轻时在萨迦寺讲显教四大论引起了萨迦派的不满，后来游学卫藏各大寺院，参加辩论并屡屡获胜，于是声名大振。三十一岁时往觉囊寺依止云丹嘉措修学他空见，三十五岁时则继任觉囊寺座主。着有《了义海论》、《第四结集论》阐发他空见之要义，一时觉囊之名，更为显着。笃补巴任觉囊寺寺主三十余年，卒于1361年。
笃补巴得法弟子巧勒南杰，生于公元1306年，卒于1386年。初不满他空见，来觉囊寺与笃补巴辩论，笃补巴广引显密经教，详为解说，大为折服，便成为笃补巴弟子。巧勒南杰传聂温衮噶白，聂温衮噶白传绛央·衮却桑布，衮却桑布传南喀却龚，南喀却龚传多罗那拔陀罗译师，多罗那拔陀罗传衮噶卓却，衮噶卓却传堪钦·隆日嘉措，隆日嘉措以后由多罗那他继任觉囊寺法台。
多罗那他，公元1575年生于卫藏交界处的喀热琼尊，幼年在觉囊寺学经，三十岁时受比丘戒。多罗那他是觉囊派中最有学识的人，著作丰富，广泛宣讲他空见。当时多罗那他得到了卫藏地方首领藏巴汗的支持者，公元1614年多罗那他建造丹当却林寺（今日喀则彭措林县），寺庙极为庄严，造像修塔亦精美绝伦，成为全藏之冠。多罗那他宣讲他空见，吸引了不少信众，盛极一时。当时格鲁派与噶玛噶举派争夺权力的斗争非常激烈，不久，噶玛噶举派失利，噶玛噶举派所支持的第悉藏巴也随之垮台，多罗那他被迫离开西藏，前往蒙古传法。因为觉囊派的教义和格鲁派完全对立，故痛恨觉囊派的五世达赖利用手中的权力，没收了觉囊派的主寺达丹当却林寺的财产和属民，并更名为格丹彭措林寺，寺中宣扬他空见的经籍印版大多被封禁销毁，仅留下多罗那他所著的一部历史的著作《印度佛教史》。随后卫藏其它处的觉囊寺庙亦被逼迫改宗黄教，寺里的僧人也被强迫放弃他空见，改为宣扬格鲁派的应成派中观见，从此卫藏地区觉囊一派几乎绝迹。
多罗那他到外蒙古后，在库伦（今乌兰巴托）一带传法约二十年，得到喀尔喀部汗王的信奉和支持，尊称他为哲布尊丹巴，他在外蒙古建立了不少寺院。公元1634年多罗那它去世，恰好1635年喀尔喀部土谢图汗的王妃生了一个儿子，被认定是多罗那他转世再来，这就是哲布尊丹巴一世。1649年哲布尊丹巴一世进藏学经，当他学业结束准备返回外蒙古时，五世达赖已经掌握了西藏地区的宗教大权，便勒令哲布尊丹巴一世改奉黄教，否则不承认他的“活佛”身份和他在外蒙古的宗教地位。迫于五世达赖的权势，哲布尊丹巴一世只好接受了这些条件。于是五世达赖封给他“喏布单丹巴呼图克图”的尊号，随后外蒙古地区觉囊派寺院普遍地改信了黄教。
觉囊派所传显教的教义，以《解深密经》为依据，判世尊一生说法共三转法轮——初转法轮为小乘人说四圣谛，二转法轮说大乘的毕竟空，三转法轮说唯识诸经。同时依据《解深密经》判第三转法轮的唯识诸经为了义经典。觉囊派依据《如来藏经》、《大法鼓经》、《央掘魔罗经》、《胜鬘经》、《密严经》、《大般涅槃经》、《楞伽经》等究竟了义经典，阐释一切众生皆有如来藏，如来藏胜义实有，自性不空，如来藏所生之五蕴是空（他空），故名他空见。觉囊派所传播的法义是藏密各派中唯一合乎佛教经义的宗派。觉囊派所传的密法是“时轮六支”。据说这是觉囊派在黄教的势力范围内，不得不假借“时轮六支”的名义传播如来藏正法，尽管这样，觉囊派仍然没有避免被五世达赖喇嘛消灭的。现代恢复的觉囊派，仅仅是徒有其名而已。
七、藏密萨迦派统治西藏时期
藏密各派，最先建立政教合一制度的是萨迦派。萨迦派地方政权从公元1272年建立起，至1349年为止，共统治西藏七十余年。
西藏密宗后弘期开始后，一些密教的祖师，因为学识和声望，受到地方首领和群众的信奉，信徒捐献了大量的田地、人户、牲畜、财物作为供养，成为寺院的寺属庄园（亦译香火庄）。这使得一部分教派的主要寺院逐渐成为拥有土地、牲畜、农牧民户等生产资料的领主。随着寺庙的经济的发展，担任寺主的喇嘛祖师的亲属、以及为他们办事的人员，演变成贵族、行政官员，在贵族和行政官员之下，出现了——协本（管理庄园属民的人员)、仲译（文书)、涅巴（管事）等低一级的官吏。在多数情况下，这些寺属庄园，还自行建立了法庭、监狱、不脱离生产的地方军队等，以适应管理地方政务的需要。寺属庄园，把——“宗教首领”和“地方官员”的职能结合起来，成为“政教合一”政治势力。由于吐蕃王朝已经土崩瓦解，西藏没有一个统一的政府进行管理，这些逐渐发展起来的寺属庄园，各自为政，形成了以寺院为中心的星罗棋布的大小“独立王国”。这些“独立王国”在相互吞并发展中，逐渐形成几个大的宗派，如萨迦派、噶玛噶举派、帕竹噶举派、止贡噶举派、蔡巴噶举派等，由于这几派的势力相差不大，哪一派也没有统一西藏的能力。
公元12世纪末叶，蒙古成吉思汗的军事力量兴起，用武力征服了祖国北方的许多地区，并逐渐攻取了西夏的境土。西藏的密教各派，纷纷归顺蒙古，于是西藏加入祖国的大家庭中。公元1253年忽必烈召见萨迦派的第五祖八思巴，两人建立了很好的私人交情。
八思巴是萨迦派第四祖萨迦班智达的弟弟——桑察·索南坚赞的儿子。为了繁衍后代继承祖业，索南坚赞先后娶了五位妻子，八思巴是他的长子，生于公元1235年，据说年幼时就很聪明，萨迦班智达死后，八思巴成为萨迦寺的法台，成为萨迦派的第五祖。
1260年，蒙古皇帝蒙哥汗去世，皇族的阿里不哥和忽必烈争夺皇位，最终忽必烈登上了皇帝位。由于萨迦派一直支持忽必烈，于是忽必烈继位后，封八思巴为国师。1264年（至元元年），元世祖忽必烈命八思巴监管总制院，掌管全国的佛教事务，并兼管西藏的地方政务。于是，密宗萨迦派在元朝政府的支持下，在西藏建立了政教合一地方政权，八思巴也成为元朝中央政权下的一名高级官员。对此，其它藏密各派虽不以为然，但是因为惧怕蒙古的势力，也不得不在表面上表示臣服。1270年，八思巴被封为“帝师”，赐号“大宝法王”。
据《新红史》等藏文史料记载：公元1280年，八思巴的大侍从和本钦贡噶桑波（本钦，协助八思巴管理政务的长官）因为争权不和，侍从一再挑拨八思巴和本钦之间关系，甚至假冒八思巴的名义向元朝皇帝忽必烈奏报本钦的罪过，于是忽必烈派军队来藏查办。当军队快要到西藏时，侍从害怕自己的谎言会被揭穿，于是在八思巴的饭食中下毒，八思巴中毒而死，终年46岁。
八思巴去世以后，由他的侄子达玛巴拉执掌政权。此后，发生了“止贡寺庙之乱”，这是萨迦派统治西藏期间发生的最大一次战乱，也是西藏历史上一次著名事变。萨迦派与止贡噶举派产生矛盾的主要原因是：在元朝统一西藏时，密教的各派中止贡派的势力最大；但是，止贡派在蒙古皇室中寻求靠山时，却找错了人。萨迦派在元朝皇帝忽必烈的支持下，成为西藏最大的教派，凌驾于其它教派之上。但是，止贡噶举派并不甘心处于被管理者的地位。据《汉藏史集》的记载：公元1285年，萨迦派与止贡噶举派因为矛盾，引发冲突，双方互有伤亡。1290年，元朝皇帝忽必烈出兵协助萨迦派攻打止贡派，将止贡替寺的大殿纵火烧毁，僧俗被杀的人数总计达一万余人。止贡派的许多属民和领地被萨迦派占有。止贡噶举派被镇压后，止贡寺的主要喇嘛逃到工布住了三年。后来忽必烈为了平息萨迦派和止贡派之间的冲突，赐给止贡派大量物品作为补偿，将西藏的一个万户府的民户赐止贡派管理，并下令修复止贡寺。
达玛巴拉死后，他的弟弟桑波贝出任萨迦派的掌门。桑波贝前后共娶了七个妻子，桑波贝死后，桑波贝与不同的妻子所生的四个儿子，分别统治四个地区，由于势力不相上下，各方都尽力扩大自己的势力和，明争暗斗，由此引起整个西藏的动荡不安。
元朝暴政中最特殊的一项便是放纵西藏的喇嘛，史书中称之为“西僧”“番僧”。这些以慈悲为怀，普渡众生的所谓“活佛”，却是人民的灾难之一。元朝，西藏密宗和元朝中央政府的关系极为密切，自八思巴于1270年受封帝师起，直至元朝灭亡，元代历朝皇帝都封有帝师。在藏汉文史藉中提及的帝师就有10余人。元代帝师地位崇高，百官上朝，排班列队，而帝师得在皇帝座位的边隅，设有专座，朝廷对帝师的敬礼和尊信，无所不用其极，“虽帝后妃主，皆因受戒而为之膜拜”。除八思巴以外，任帝师的有：
1、仁钦坚赞（旧译亦邻真，公元1238～1279年），八思巴异母弟，1276～1279年任元世祖忽必烈的帝师。
2、达玛巴拉（旧译答儿麻八刺刺吉塔，1268～1287年），八思巴弟恰那多吉之子，1281～1286年任元世祖忽必烈的帝师。
3、意希仁钦（旧译亦摄思连真，1249～1295年），八思巴弟子，1286～1291年任元世祖忽必烈的帝师。
4、扎巴俄色（旧译乞刺斯八斡节儿，1246～1303年），八思巴侍从，1291～1303年任元世祖忽必烈、元成宗完泽笃的帝师。
5、仁钦坚赞（旧译辇真监藏，1257～1305年），第四任帝师意希仁钦之弟，1303～1305年任元成宗完泽笃的帝师。
6、桑结贝（1267～1314年），第五任帝师扎巴俄色之侄，曾任萨迦寺住持，1305～1314年任元成宗完泽笃、元武宗曲律、元仁宗普颜笃的帝师。
7、贡噶罗追坚赞贝桑布（旧译公哥罗古罗思监藏班藏卜，1299～1327年），八思巴侄孙，1315～1327年任元仁宗普颜笃、元英宗格坚、元泰定帝也孙铁木儿的帝师。
8、旺出儿监藏，于1323～1325年任元泰定帝也孙铁木儿的帝师。
9、贡噶雷必迥乃坚赞贝桑布（旧译公哥列思八冲纳思监藏班藏卜，1308～1341年），八思巴侄孙，1328～1329年任元泰定帝也孙铁木儿的帝师。
10、仁钦扎西（旧译辇真吃刺失思），1329年起任帝师，《元史·释老传》所列帝师至此为止。藏文史籍未见记载，可能是临时摄理，到1332年卸任。
11、贡噶坚赞贝桑布（旧译公哥儿监藏班藏卜，1310～1358年），八思巴侄孙，1333～1358年任元顺帝妥欢帖睦尔的帝师。
12、喇钦索南罗追（1332～1362年），八思巴侄曾孙，汉文史籍未见记载，《萨迦世系史》记他曾任帝师。
元朝皇帝给帝师的赏赐，数量一向极大。如《元史·英宗本纪一》记载：
“至治元年（公元1321年）十二月甲子……命帝师公哥罗古罗思监藏班藏卜诣西番受具足戒，赐金千三百五十两、银四千五十两、币帛万匹、钞五十万贯。”
至于给大喇嘛“活佛”的滥赏，数目之巨，骇人心目。仅忽必烈对八思巴一人的赏赐，就令当时的大臣感慨：“国家财赋，半入西蕃。”朝廷为帝师的其它花费，如受戒奉献、佛事开支等，数额既大，名目也很繁多。除帝师外，西藏密宗的喇嘛受到元朝皇室的尊崇不计其数。他们或被皇子、宗王奉为上师，或在朝廷为官，或接受各种封赠。“（帝师）弟子之号司空、司徒、国公，佩金玉印章者，前后相望”。元朝大德年间，藏地每年平均有千名僧人来内地，其中除一些奉召为帝王宗室做佛事外，不少人是来中原和江南贩运货物求财的。他们往返的巨额费用不仅元政府要“报销”，连交通工具都是元朝政府全程提供。由于贩运货物数目巨大，每年都累死驿马无数。为此，元朝的汉臣痛心疾首地讲：“佛以清净为本，而僧徒贪慕货利，一事所需，金帛无算。生民脂膏，纵其所欲。（此辈）又复畜养妻子，行不修法，适足以亵慢天神。比来佛事愈烦，累朝享国不永。”
元朝皇帝极度尊崇喇嘛教，如元成宗完泽笃时，宣政院曾经草拟圣旨：“凡民殴西僧者，截其手；詈之者，断其舌。”由于皇弟爱育黎拔力八达的极力反对，才使这道圣旨未能发出。但在藏文史籍《红史》中，却明白地载有这一规定。
元朝对藏密的喇嘛的放纵，造成了朝野极大的混乱，一些行为到了令人发指的程度。
如八思巴的弟子杨琏真加，曾任江南释教总统，将有五十万户农民（约二百五十万人）编为寺院的农奴。他任职期间，在元世祖默许下，发掘南宋诸帝陵寝，刨深掘后，盗尽南宋陵墓内的珍宝，然后把诸帝尸骨混在一起，又杂置牛马枯骨埋于地下，上筑一塔，名曰镇南塔。而且，藏密习俗，“得帝王骷髅，可以厌胜致富”，所以，南宋诸帝的头盖骨，均被杨“总统”挖出镶金嵌银当成洁器和酒器。在杭州任上，杨琏真加“受人献美女宝物无算，且攘夺盗取财物，计金一千七百两、银六千八百两、玉带九、玉器大小百十有一、杂宝贝五十有二、大珠五十两、钞一十一万六千二百锭、田二万三千亩，私庇平民不输公赋者二万三千户。”这些“罪状”，只是他贪渎的很小一部分，其它“所藏匿未露者不论也”。对此，元廷的处理也只是“籍其妻孥田亩”，抄家了事，没过多久就把杨琏真加放了。现在，杭州灵隐寺内那些山上不伦不类的石佛像，皆是当年他的杰作。
元代还有一个怪现象就是喇嘛公开地蓄妓纳妾。如《元史·星吉传》载：“有胡僧曰小住持者，服三品命，恃宠横甚，数以事凌轹官府，星吉命掩捕之，得妻女乐十有八人。”喇嘛所过之处，随从如云，强住汉人住宅，把男子逐走，留下妇女陪宿，如“泰定二年，西台御史李昌言：‘曾经平凉府、静、会、定西等州，见西番僧佩金字圆符，络绎道途，驰骑累百，传舍至不能容，则假馆民舍，因迫逐男子，奸污女妇。’”这当然是元代统治者崇信藏密，纵容番僧的结果。
公元1349年，帕竹噶举派的朗氏家族的绛曲坚赞，利用萨迦政权内部矛盾，推翻了萨迦派政权。绛曲坚赞掌握了西藏的统治权以后，继续拥护和执行元朝皇帝的法度，元顺帝赐给他大司徒的名号、诏书及玉印等，于是开始了帕竹噶举派对西藏的统治。
八、帕竹噶举派统治时期
自公元1349年帕竹噶举派的绛曲坚赞推翻萨迦派的统治，建立帕木竹巴政权起，至公元1618年止，帕竹噶举派统治西藏共二百六十余年。
绛曲坚赞出生在朗氏家族，朗氏家族的势力很大，元初朝廷在西藏设立“十三万户”时，帕朗氏家族已经是一个万户（官职）了。绛曲坚赞生于公元1302年，9岁时出家为，14岁时前往萨迦寺学法。20岁时，绛曲坚赞被任命为帕竹噶举派新的万户长。公元1349年，绛曲坚赞利用萨迦派分裂的机会，打败了萨迦派，夺取了西藏的地方政权。
公元1359年，噶玛噶举派的黑帽系第四世乳必多吉（公元1340～1383年）晋见元顺帝，乳必多吉路过青海宗喀地方时（今青海省湟中县），为藏密格鲁派（黄教）的创始人宗喀巴授居士戒，当时宗喀巴年仅三岁。乳必多吉抵达大都（今北京市）后，为元顺帝教授了不少。元顺帝后宫以荒淫着称的“演揲儿法”及其它丑事等，都与黑帽系第四世活佛名乳必多吉的密法传授有关(王辅仁、陈庆英《蒙藏民族关系史略》)。元顺帝时期，密法在宫廷传播，发生的君臣集体淫乱的事情，如《元史·哈麻传》记载：
“初，哈麻（元顺帝的宠臣）尝阴进西天僧（喇嘛）以运气术媚帝，帝习为之，号演‘揲儿法’。演揲儿——华言大喜乐也。哈麻之妹婿集贤学士秃鲁帖木儿，故有宠于帝，与老的沙、八郎、答剌马吉的、波迪哇儿祃等十人，俱号倚纳。秃鲁帖木儿性奸狡，帝爱之，言听计从，亦荐西蕃僧伽璘真于帝。其僧善秘密法，谓帝曰：‘陛下虽尊居万乘，富有四海，不过保有见世而已。人生能几何，当受此秘密大喜乐禅定。’帝又习之，其法亦名法。曰演揲儿，曰秘密，皆房中术也。帝乃诏以西天僧为司徒，西蕃僧为大元国师。其徒皆取良家女，或四人、或三人奉之，谓之供养。于是帝日从事于其法，广取女妇，惟淫戏是乐。又选采女为十六天魔舞。八郎者，帝诸弟，与其所谓倚纳者，皆在帝前相与亵狎，甚至男女裸处，号所处室曰：‘皆即兀该。’（皆即兀该）华言‘事事无碍’也。君臣宣淫，而群僧出入禁中，无所禁止，丑声秽行，着闻于外，虽市井之人，亦恶闻之。”
元顺帝随藏密喇嘛学习“演揲儿法”以后，“君臣宣淫”，得以“事事无碍”，加速了元朝的灭亡。为此后人还写了一首诗讽刺元顺帝：
“秀色宫娥足疗饥，殿廷行乐少人知。
番僧运气多神术，秘戏新传演揲儿。”
公元1363年，蔡巴噶举派的贡噶多吉（1309～1364年）写作西藏史书《红史》，此外还为的藏文大藏经《甘珠尔》（经部）编订了目录。
公元1368年，明朝取代元朝后，帕竹派归顺明朝。公元1372年，明朝皇帝明太祖朱元章封帕竹派的释迦坚赞为大司徒，世代管领吐蕃。帕竹政权传到第五代时候，由扎巴坚赞执政，这期间帕竹政权的权势达到鼎盛。
公元1406年，黑帽系第五世活佛得银协巴（1384～1415年，《明史》作哈立麻），应召来南京晋见明成祖，次年被封为“大宝”（此称号元世祖忽必烈曾封给八思巴），银协巴弟子三人，均被封为大国师的封号。
明太祖洪武年间（1368—1398年）和明成祖永乐年间（1403—1424年），曾对元代以来宗教界的腐败现象进行了一番整饬，整饬的主要对象是“西僧”（喇嘛）。由于元代喇嘛的人格形象极其污秽。他们离经叛道，不守清规，声名狼籍，为世俗所不齿。《历代名臣奏议》卷67《治道门》引郑介夫奏议：“今国家财赋，半入西蕃（指吐蕃僧人）。”《明史·周广传》：“喇嘛尤释教所不齿，耳贯铜环，身衣储服，残破礼法，肆为淫邪。”《明史》卷330《西域二·西番诸卫》：“洪武初，太祖惩唐世吐蕃之乱，思制御之。唯因其俗尚，用僧徒化导为善，乃遣使招谕。”明内阁大臣梁储也说：“西僧之教，邪妄不经。我祖宗朝虽尝遣使，盖因天下初定，藉以化导愚顽，镇抚荒服，非信其教而崇奉之也。”但是明帝中也有信奉藏密者，如《明史》卷331“西域三·大慈法王”记载：明武宗尤崇，自号大庆法王，“好习番语，引入豹房，由是番僧复盛”，成为国家的一种灾难，“四方奸民投为弟子，辄得食大官，每岁耗费矩万。”
西藏的教派，种类繁多，不同教派各霸一方，自我标榜，门户之见颇深，势不相容，政争与教争纠缠在一起，相互征战不休。明朝对西藏地区的统治，较元朝独尊萨迦派有所不同，明朝对西藏不同的教派，都予以尊崇，明朝还把僧俗官职纳入地方的管理体制中。一方面建立了一套完整的世袭土司制度，另一方面对高级喇嘛封赐各种尊号，形成一套僧官制度。明永乐时封噶举派哈立麻为“大宾法王”，封萨迦派昆泽思巴为“大乘法王”；宣德时封格鲁派创始人宗喀巴的大弟子绛钦却杰为“大慈法王”。另外还封了“阐化王”、“赞善王”、“护教王”、“阐教王”、“辅教王”，通称“八大法王”。还封了两个“西天佛子”，九个“灌顶大国师”，十八个“灌顶国师”及若干个“国师”，“禅师”，“都纲”等僧官。明朝所封的这些“活佛”“法王”，部分采用转世的方式，导致了西藏地区，“活佛法王”满街走的现状。尽管明初对西番僧的整顿曾带来“岁耗费矩万”的副作用，但却换来西藏地区的安定。然而，元代开始出现的胡乱加封法王等封号，导致到明朝加封愈演愈烈的结局，实际上表明所谓活佛本不是修行的表征，而是权力交易的产物。其实，所谓的转世并不稀奇，任何有情都在转世，而活佛的认定多为家族延续，只是政治和资产利益需要而圈定。
公元1409年，宗喀巴在拉萨大昭寺创建了“莫兰木”祈愿法会，正式打出了“格鲁派”的旗号。同年，该派在拉萨修建了第一座格鲁派寺院——甘丹寺。标志格鲁派成立。密宗格鲁派在前后藏，建造了四大寺庙——哲蚌、色拉、甘丹、扎什伦布，格鲁派开始兴起。公元1414年格鲁派喇嘛——释迦也失，受到明朝永乐皇帝邀请动身去京城，永乐皇帝接见了他，还封他为“大慈法王”。释迦也失给皇帝和大臣们传授了许多密法，并在汉地的五台山修建了6座寺院，这是汉地有喇嘛寺院之始。
在公元1434年的一次战乱中，帕竹政权的大臣的仁蚌巴诺布桑波（1403～1475年），乘机取得了卡桑珠孜等后藏地区的几个宗（县），帕竹政权开始走向衰落。此后，仁蚌巴表面上作出拥戴帕竹政权的姿态，实际上暗中扩大自己的势力。仁蚌巴诺尔布桑波有——根都桑波、措杰多吉、释迦坚赞等五个儿子。措杰多吉逐渐掌握了帕竹政权的实权，以帕竹政权的名义发号施令。措杰多吉信奉噶玛巴红帽系第四世活佛却扎意希和黑帽系第七世活佛却扎嘉措。随着格鲁派兴势力的扩大，引起了噶玛噶举派的恐慌与不满，噶玛噶举派遂对格鲁派的进行压制。于是，措杰多吉便宣布法令让泽当信奉格鲁派的僧人摘掉黄色僧帽改戴红色僧帽，由此引发了格鲁派和噶玛噶举派的对立。
公元1481年，在噶玛噶举派的红帽系第四世活佛却扎意希（1453～1524年）的鼓动下，仁蚌巴根都桑波的儿子贡桑巴和顿月多吉，率领后藏的军队1万余人到了前藏，驱逐格鲁派的施主阿旺索南伦波和阿旺索南杰二人。公元1498年起，又禁止格鲁派的色拉、哲蚌、甘丹三大寺的僧人参加拉萨祈愿大法会，而改由拉萨附近的噶举派和萨迦派的寺院僧人参加。
公元1499年，帕竹政权再传到的第九任第悉阿旺扎西扎巴时，实际上仁蚌巴家族已经大致掌握了前后藏的统治权，帕竹政权仅剩下了一个名义。公元1503年，仁蚌巴家族的顿月多吉支持噶玛噶举红帽系，为了帮助红帽系压制格鲁派，在拉萨附近的萨纳玛地方兴建了一座号称压伏黄教色拉、哲蚌、甘丹三大寺的噶玛新寺图丹曲科尔寺，后来被愤怒的色拉寺和哲蚌寺的喇嘛捣毁。仁蚌巴家族因为在政务方面处置失当，逐渐被新兴的第悉藏巴家族击败，仁蚌巴家族短暂的统治时期宣告结束。
关于帕竹政权和仁蚌巴家族在这一时期的活动情况，历史资料记述的十分简略，总之，前后藏发生了多次严重的战乱，到1618年帕竹政权终于土崩瓦解了。
自公元1618年第悉藏巴家族，推翻了帕竹噶举派在卫藏的统治，建立噶斯政权起，至公元1642年这个政权结束为止，仅二十四年。
据民间传说，第悉藏巴家族的世系，最先是赤松德赞时代吕氏家族的意希宣努。公元1548年，第悉藏巴家族的辛厦巴才旦多吉被任命为日喀则的宗本（县长）。辛厦巴才旦多吉是一个有心计和办事干练的人，他逐渐并掌握了大权。辛厦巴才旦多吉死后，他的后代统治了后藏的大部分地区。公元1611年，辛厦巴才旦多吉的孙子彭措南杰就任后藏第悉（行政长官）职务，从此被称为第悉藏巴。此后，彭措南杰进兵前藏，攻占了澎波和内邬宗等地，史称“鸡牛年战乱”，到1618年第悉藏巴终于建立了统治前后藏的噶斯政权。
第悉藏巴之所以能够统治西藏，主要是得到了噶玛噶举派黑帽系第十世活佛却英多吉的支持。黑帽系第五世活佛得银协巴被封为“大宝法王”以后，明朝景泰帝因汉藏之间距离遥远，曾颁给得银协巴诏书，规定噶玛巴可以委任适合的人员担任僧俗官职，依据这一诏书，噶玛巴却英多吉指定第悉藏巴彭措南杰为前后藏的统治者，并赠给一方红色玉印，以及旗幡、唢呐等贵人的仪仗，承认第悉藏巴为前后藏之主宰。第悉藏巴得势以后，便以压制格鲁派，支持噶玛巴作为回报。黄教格鲁派的四世达赖喇嘛——云丹喜措，对第悉藏巴支持噶举噶玛派的行为不满，用诛杀法诅咒第悉藏巴彭措南杰，第悉藏巴大怒，四世达赖喇嘛在28岁时突然死去，彭措南杰下令禁止寻找四世达赖的转世灵童。
后来，黄教格鲁派，勾结蒙古军队打败了第悉藏巴，格鲁派才逐渐掌握了西藏地区的统治权。
十、黄教格鲁派取得西藏地方的统治权，建立噶厦政府
密宗格鲁派是藏密各派中最后形成的一个教派，它兴起于帕竹时期，得到过帕竹政权的大力支持。在帕竹政权的后期，其势力的迅速扩张，终于战胜第悉藏巴建立了统治西藏的地方政权。
格鲁派，因此派的喇嘛头戴黄帽，又称为黄教。格鲁派的创始人是宗喀巴。宗喀巴，公元1357年，出生于青海地区的宗喀地方，父亲是达鲁花赤鲁本格，母亲名叫辛萨阿却。宗喀巴3岁时，由噶玛噶举派黑帽系四世“活佛”乳必多吉授居士戒，7岁时，由顿珠仁钦任为他传授了沙弥戒，起法名罗桑扎巴，因为他是宗喀地方人，后被尊称为宗喀巴。17岁以后，宗喀巴来到藏地，随多位学法，46岁时，写了《菩提道次第》，48岁时写了《密宗道次第广论》，51岁时，写了《辨了义不了义论》，53岁时，创立了拉萨祈愿大法会，并建造了甘丹寺，甘丹寺的创立标志着格鲁派的正式兴起。公元1419年10月25日，宗喀巴去世。宗喀巴上师的弟子有：贾曹杰、克珠杰、根敦珠等
