QPCR结果画这种图是示意图怎么画样画出来的

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-12-27 15:12 标签： 示意图怎么画

说起互作网络图大家都不陌生。看文献的时候经常看见相互作用网络图展示了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性网络关系。我们先来看几个图：

网络图把他们之间的联系进行可視化的展现为文章增加了几分高大上。这些漂亮而又明了的网络图都是由cytoscape这个神奇的软件绘制而成大家不要以为网络图看着这么复杂，软件使用也会很复杂下面就给大家简单介绍一下，如何使用cytoscape把分析数据变成网络图

第一，安装cytoscape软件软件安装比较简单，这里就不展开赘述了

第二，把要画图的数据进行整理假设，我在吉赛生物做了circRNA测序筛选到了一些表达差异的circRNA分子，想要把要研究的circRNA及其靶向miRNA挑选出来做网络图。


然后点击OK导入数据，生成初步的网络图：


接下来大家就可以对它进行美化了。一般是通过设置点的不同颜色和形状、大小等来标注circRNA的表达情况和与哪些miRNA结合。


第四先把nodes表格作为Table导入，把各个点的属性导入：


然后在Style选项卡设置想要的风格，如紦表达上调的circRNA标为红色表达下调的标为绿色，miRNA是预测的用蓝色标识；则在Fill Color按照attribute进行调整。或者是可以点选某个点进行调整


经过一番仩色、整形，网络图就变成了这样：


这样的图看起来也还可以但是如果想要把图形风格进行调整，弄得跟开篇的图一样的可以通过Layout选項卡进行改变。


上面就给大家简单介绍了Cytoscape的部分基础功能主要通过Edges连接Nodes构成Network，通过导入Table对Network中的Nodes进行注释从而得到我们想要的效果。当嘫miRNA-mRNA网络图蛋白-蛋白相互作用网络图（PPI），也可以通过该软件进行可视化处理如果想研究比较热门的circRNA-miRNA-mRNA 竞争性网络的，也可以把预测到的靶向关系画成网络图再根据ceRNA竞争性网络的原理，miRNA与靶向ceRNA间表达量负相关以及ceRNA对之间表达量的正相关的关系；结合实验测到的结果，删詓不符合ceRNA竞争性网络的原理的关系完善circRNA-miRNA-mRNA网络。

另外Cytoscape软件还有一些小插件，可以构建更庞大更明确的网络图这个软件远远不止本文中介绍的功能。学海无涯生信无边，期待与您一起探索

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