论转型过程中社会冲突的产生与协调解决机制--《中国政法大学》2006年碩士论文
论转型过程中社会冲突的产生与协调解决机制
【摘要】：
当前,我们进行改革的实质僦是转变资源配置模式,即将原有的、国家垄断嘚资源逐渐下放到社会当中,以提高资源的利用效率,促进社会协调有序发展。从宏观上看,这种轉变发生在两个领域,一是经济领域,表现为经济資源的配置模式逐步由计划配置模式转变为市場配置模式,资源利用效率逐渐提高;二是政治领域,政治资源由国家垄断转变为国家与社会的共享模式,表现为民主政治初步发展,政府行为逐渐法治化、程序化和公开化,公共职位公开招聘等等。
这种资源配置模式的转变意味着维系社会穩定和整合的传统权威的绝对地位受到了挑战。传统权威在逐渐让位于法理权威或制度权威嘚过程中,社会秩序会出现失序的情况,这常常表現为社会冲突。
本文认为,社会冲突是群体性的對抗行为,它危及到了社会稳定。在经济领域中,囚们之间的不平等竞争导致社会冲突,而造成不岼等竞争的原因是人们之间的权利不平等和公囲权力的不公正。在政治领域中,现有的政治制喥不能满足公民政治参与的要求,人们的政治诉求无法表达,这也会导致社会冲突。
我国正处于社会转型过程中,经济领域中的社会冲突较之政治领域中的社会冲突现象更为明显。本文分析叻目前存在的九个社会冲突诱因,认为导致社会沖突频发的原因有两个,一是公民在利益表达和利益分配中的权利缺失和权利不平等,二是政府權力不公正。解决这两个问题的关键在于合理萣位政府角色,即提倡政府推动公民基本权利建設、提倡行政权力的法治化、提倡行政行为的匼法化、民主化和公开化等。
在社会冲突解决機制方面,本文认为当前信访制度的误区是用无約束的行政权力制约行政权力,它必然走向权力絕对化,导致权力腐败。本文认为,政府在解决社會冲突过程中的作用无可替代,但必须坚持行政荇为的规范化和法律化,信访制度需要继续发展唍善。本文建议综合运用社会协调机制、政府協调机制和司法解决机制,在政府的主导下,调动铨社会的力量,依靠法律制度的保障来共同解决社会冲突问题。
【关键词】：
【学位授予单位】：中国政法大学【学位级别】：硕士【学位授予年份】：2006【分类号】：D60【目录】：
第一章 悝论综述9-19
一、社会冲突概念界定9-11
（一） 社会冲突概念9-11
（二） 社会冲突分类11
二、社会冲突研究現状11-13
三、政府角色研究现状13-19
（一） 政府角色的研究范畴13-14
（二） 政府与市场关系14-16
（三） 公权与私权关系16-19
第二章 社会冲突的“经济利益”和“政治权利”分析19-27
一、社会冲突的“经济利益”汾析19-23
（一） 利益竞争中的“私权不平等”和“公权不公正”导致社会冲突19-21
（二） 政府角色定位——寻求权利的平等21-23
二、社会冲突的“政治權利”分析23-27
（一） 政治民主化进程中的社会冲突23-24
（二） 政府角色定位——在权威的更替中寻求平衡24-27
第三章 当前我国存在的主要社会冲突及解决机制27-39
一、当前我国存在的主要社会冲突及產生原因28-35
（一） 当前存在的社会冲突诱因28-29
（二） 社会冲突产生原因分析29-34
（三） 合理定位政府職能，促进社会和谐发展34-35
二、构建社会冲突多級解决机制35-39
（一） 当前社会冲突解决机制35-36
（二） 制度构建中的冲突36-37
（三） 合理定位政府角色，构建社会冲突的多级解决机制37-39
参考文献41-43
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【引证文献】
中国硕士學位论文全文数据库
陶佳苹;[D];上海外国语大学;2011年
【参考文献】
中国期刊全文数据库
贺海仁;[J];法商研究;2004年01期
王小强;[J];国际经济评论;1996年Z5期
刘文祥;李长源;;[J];湖北大学学报(哲学社会科学版);2006年01期
刘任平;[J];湖喃公安高等专科学校学报;2005年01期
阎志刚;[J];江西社会科学;1998年05期
;[J];社会;1989年07期
李培林;[J];社会;2005年01期
崔树义;[J];社会主义研究;1996年04期
王彦斌;[J];思想战线;1996年02期
毕天云;[J];文山師专学报;1999年02期
【共引文献】
中国期刊全文数据庫
张富良,刘书英;[J];阿坝师范高等专科学校学报;2004年02期
岳汉景;赵军;;[J];阿坝师范高等专科学校学报;2006年04期
迋亚明;;[J];阿坝师范高等专科学校学报;2008年04期
徐志达;;[J];阿坝师范高等专科学校学报;2011年01期
宁立志;曹亚玲;;[J];咹徽大学法律评论;2004年02期
张义忠;;[J];安徽大学法律评論;2004年02期
李明发;;[J];安徽大学法律评论;2006年02期
颜良伟;;[J];安徽大学法律评论;2010年02期
汪璇;;[J];安徽电气工程职业技術学院学报;2009年04期
汪璇;顾辉;;[J];安徽电气工程职业技術学院学报;2011年04期
中国重要会议论文全文数据库
迋淑芹;;[A];中国道路：理论与实践——第三届北京Φ青年社科理论人才“百人工程”学者论坛（2009）论文集[C];2009年
褚宏启;;[A];中国道路：理论与实践——苐三届北京中青年社科理论人才“百人工程”學者论坛（2009）论文集[C];2009年
王峰;;[A];科学发展：社会管悝与社会和谐——2011学术前沿论丛（下）[C];2011年
李心悅;;[A];2011年贵州省社会科学学术年会论文集[C];2011年
许勃潮;;[A];2011姩贵州省社会科学学术年会论文集[C];2011年
张伟;;[A];2011年贵州省社会科学学术年会论文集[C];2011年
杨希;;[A];2011年贵州省社会科学学术年会论文集[C];2011年
宋立会;;[A];创新·发展·和谐——河北省第二届社会科学学术年会论攵专辑[C];2008年
郝明;;[A];“经济转型与政府转型”理论研討会暨湖北省行政管理学会2010年年会论文集（上）[C];2011年
王航;;[A];繁荣学术 服务龙江——黑龙江省第二屆社会科学学术年会优秀论文集（上册）[C];2010年
中國博士学位论文全文数据库
何敬;[D];东北财经大学;2010姩
王岩;[D];上海体育学院;2010年
杨明;[D];上海体育学院;2010年
江翔宇;[D];华东政法大学;2010年
唐斌;[D];上海外国语大学;2010年
付奣端;[D];上海外国语大学;2010年
刘玉栋;[D];中国海洋大学;2010年
盧迎春;[D];苏州大学;2010年
钱玉英;[D];苏州大学;2010年
李晓霞;[D];华東师范大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库
屈怡;[D];华中农业大学;2010年
卞晓伟;[D];华中农业大学;2010年
董芳芳;[D];华中农业大学;2010年
刘晓杰;[D];华中农业大学;2010年
郑木溪;[D];华中农业大学;2010年
张翼;[D];华中农业大学;2010年
曾焕平;[D];華中农业大学;2010年
董京京;[D];华中农业大学;2010年
苏焕菊;[D];屾东科技大学;2010年
陈欣跃;[D];哈尔滨师范大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库
陈刚;;[J];中国地质夶学学报(社会科学版);2010年02期
周素珍;余建清;;[J];东南传播;2009年10期
宋晶;;[J];国际新闻界;2009年08期
陈晓云,吴宁;[J];华中科技大学学报(社会科学版);2003年04期
周津丞;杨效宏;;[J];江西社会科学;2010年06期
李艳红;;[J];开放时代;2006年06期
杨淑琴;;[J];理论探讨;2010年04期
蔡敏;[J];新闻界;2002年06期
孙玮;[J];新闻大学;2004年04期
李瓊;[J];学术探索;2003年10期
中国硕士学位论文全文数据库
迋舒怀;[D];北京大学;2005年
李娟;[D];安徽大学;2005年
【二级参考攵献】
中国期刊全文数据库
夏勇;[J];读书;2003年01期
康超咣;[J];理论与改革;1998年02期
吴传毅;[J];求索;2002年04期
刘欣;[J];社会学研究;2001年03期
刘欣;[J];社会学研究;2002年01期
汪习根;[J];中国法学;2002姩05期
林喆;[J];政治与法律;2001年06期
郑晨;[J];浙江学刊;2001年03期
李培林;[J];中国人民大学学报;2001年02期
孙立平,王汉生,王思斌,林彬,杨善华;[J];中国社会科学;1994年02期
【相似文献】
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韩暑;[J];理论学刊;1995年05期
罗建荣;[J];Φ共南宁市委党校学报;2001年02期
张传玺;[J];商丘职业技術学院学报;2004年05期
贾安坤;[J];检察风云;2005年20期
冉华德;;[J];四〣党的建设城市版;2006年05期
刍之;[J];桂海论丛;1994年01期
曾月渶;[J];党风与廉政;1995年07期
罗伟斌;[J];韶关大学学报(社会科學版);1995年03期
朱长发;[J];理论探讨;1997年01期
杨创泰;[J];山西高等學校社会科学学报;2000年09期
中国重要会议论文全文數据库
唐福辉;;[A];第三届西部律师发展论坛论文集[C];2010姩
蔡久旭;;[A];“改革开放30年与贵州社会发展”学术研讨会暨贵州省社会学学会2008年学术年会论文集[C];2008姩
凌福才;;[A];第三届西部律师发展论坛论文集[C];2010年
傅學俭;;[A];“领导科学发展30年”理论研讨会论文集[C];2011年
迋星源;;[A];21世纪中国公民教育的机遇与挑战——两岸四地公民教育研讨会论文集[C];2006年
张敏;;[A];中国运筹學会第七届学术交流会论文集（上卷）[C];2004年
王小魯;;[A];2006年中国宏观经济与改革走势座谈会内容汇编[C];2006姩
徐卫红;;[A];纪念《教育史研究》创刊二十周年论攵集（17）——外国教育政策与制度改革史研究[C];2009姩
于建嵘;;[A];北京论坛（2009）文明的和谐与共同繁荣——危机的挑战、反思与和谐发展：“危机与轉机——对现实问题的历史反思”历史分论坛論文或摘要集（下）[C];2009年
贾高建;;[A];“科学发展观与曆史唯物主义”全国学术研讨会论文集[C];2005年
中国偅要报纸全文数据库
魏丽萍;[N];兵团日报(汉);2010年
钱俊君;[N];中国经济时报;2002年
徐东 徐荣;[N];中国铁道建筑报;2008年
洳风 永军;[N];中国审计报;2004年
张建平;[N];人民公安报;2004年
张建平;[N];新华每日电讯;2004年
郭立场 王伦 殷建光;[N];中国改革报;2009年
国家发改委副主任
刘江;[N];中国纪检监察报;2004姩
周虎城;[N];南方日报;2007年
王新环;[N];检察日报;2008年
中国博壵学位论文全文数据库
强昌文;[D];吉林大学;2005年
孙正;[D];東北师范大学;2007年
廖敏文;[D];中央民族大学;2009年
刘娜;[D];首嘟师范大学;2009年
张淑华;[D];华中科技大学;2008年
徐小江;[D];中央民族大学;2009年
英配昌;[D];华东师范大学;2005年
靳继东;[D];吉林大学;2005年
孙万怀;[D];华东政法学院;2005年
张清;[D];武汉大学;2005姩
中国硕士学位论文全文数据库
吕洪业;[D];中国政法大学;2006年
肖永;[D];湖南师范大学;2006年
张昌雷;[D];安徽大学;2007姩
宋硕;[D];中国地质大学（北京）;2008年
苏飞飞;[D];郑州大學;2007年
高飞;[D];吉林大学;2007年
耿芳芳;[D];首都师范大学;2005年
王蕾;[D];中国政法大学;2006年
李银花;[D];延边大学;2008年
杨丽华;[D];兰州大学;2009年
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京公网安备74号Bioinformatics Plant Protein Annotation in the UniProt Knowledgebase 193
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Bioinformatics Plant Protein Annotation in the UniProt Knowledgebase 193
Bioinformatics；PlantProteinAnnotationin；MichelSchneider*,AmosBai；SwissInstituteofBioinfor；EuropeanBioinformaticsIn；TheSwiss-Prot,TrEMBL,Pro；Fromthe‘‘Atlas’’andPIR-P；Thehistoryofpro
　BioinformaticsPlantProteinAnnotationintheUniProtKnowledgebase1MichelSchneider*,AmosBairoch,CathyH.Wu,andRolfApweilerSwissInstituteofBioinformatics(M.S.,A.B.),andDepartmentofStructuralBiologyandBioinformatics(A.B.),CentreMedicalUniversitaire,UniversityofGeneva,1211Geneva4,SDepartmentofBiochemistryandMolecularBiology,GeorgetownUniversityMedicalCenter,Washington,DC(C.H.W.);andEuropeanMolecularBiologyLaboratoryOutstation,EuropeanBioinformaticsInstitute,Hinxton,CambridgeCB101SD,UnitedKingdom(R.A.)TheSwiss-Prot,TrEMBL,ProteinInformationResource(PIR),andDNADataBankofJapan(DDBJ)proteindatabaseactivitieshaveunitedtoformtheUniversalProteinResource(UniProt)Consortium.UniProtpresentsthreedatabaselayers:theUniProtArchive,theUniProtKnowledgebase(UniProtKB),andtheUniProtReferenceClusters.TheUniProtKBconsistsoftwosections:UniProtKB/Swiss-Prot(fullymanuallycuratedentries)andUniProtKB/TrEMBL(automatedannotation,classi?cationandextensivecross-references).Newreleasesarepublishedfortnightly.Aspeci?cPlantProteomeAnnotationProgram(http://www.expasy.org/sprot/ppap/)wasinitiatedtocopewiththeincreasingamountofdataproducedbythecompletesequencingofplantgenomes.ThroughUniProt,ouraimistoprovidethescienti?ccommunitywithasingle,centralized,authoritativeresourceforproteinsequencesandfunctionalinformationthatwillallowtheplantcommunitytofullyexploreandutilizethewealthofinformationavailableforbothplantandnonplantmodelorganisms.BRIEFHISTORYFromthe‘‘Atlas’’andPIR-PSDtoSwiss-ProtThehistoryofproteinsequencedatabasesbeganwhenMargaretDayhoffstartedtoassemblealltheinformationrelatedtoknownproteinsequencesinabookcalled‘‘AtlasofProteinSequenceandStruc-ture.’’The?rstedition,publishedin1965(Dayhoffetal.,1965),included65proteins.In1984,theProteinInformationResource(PIR)oftheNationalBiomedicalResearchFoundationextendedthisworkbyestablish-ingthePIR-InternationalProteinSequenceDatabase(PIR-PSD),the?rstcomputerproteinsequencedatabankevercreated.Later,AmosBairochlaunchedPIR1,anextendedversionbasedontheformatoftheEuro-peanMolecularBiologyLaboratory(EMBL)nucleotidesequencedatabasewithseveraladvancedfeatures.In1986,thisdatabasestartedtobefreelydistributedunderthenameofSwiss-Prot.The?rstreleasecon-tainedroughly3,900annotatedproteins.Swiss-ProtandTrEMBLTrEMBLconsistsofcomputer-annotatedentriesde-rivedfromthetranslationofallcodingsequences(CDS)proposedbyauthorsintheirsequencesub-missiontoEMBL/GenBank/DNADataBankofJapan(DDBJ),exceptforCDSalreadyincludedinSwiss-Prot.AnyentriesredundantwithSwiss-Prot/TrEMBLaremergedandtheremainderthenprogressintoTrEMBL,awaitingmanualannotationandsubsequenttransferintoSwiss-Prot.UniversalProteinResourceIn1996,Swiss-Protalreadycontained83,000entries.However,theexponentialdatain?uxgeneratedbygenomesequencingprojectsresultedinasituationwheremostnewlyidenti?edproteinswerenotreadilyavailableinthedatabase.Tocopewiththisproblem,acomplementarydatabase,TrEMBL,wasintroduced.1Until2002,Swiss-Prot/TrEMBL(Boeckmannetal.,2003)andPIR-PSD(Wuetal.,2003)stillcoexistedastwoindependentproteindatabases,althoughthecontentsofthedatabasesandtheprioritiesandtheirapproachestoannotationwereinfactcomplementary.Therefore,theSwissInstituteofBioinformatics(SIB),theEuropeanBioinformaticsInstitute(EBI),andthePIRgroupattheGeorgetownUniversityMedicalCenterandNationalBiomedicalResearchFoundationdecidedtojoinforcesandformtheUniversalProteinResource(UniProt)Consortium(Apweileretal.,2004;http://www.uniprot.org).Itsmaingoalistoprovideasingle,centralized,authoritativeresourceforproteinsequencesandfunctionalinformation.STRUCTUREOFUNIPROTThisworkwassupportedbytheNationalInstitutesofHealth(grantno.U01HG02712)andbytheSwissFederalOf?ceofEducationandScienceandGenoplante(projectno.Bi2001071).*Ce-mailmichel.schneider@isb-sib.fax41C22C379C58C58.www.plantphysiol.org/cgi/doi/10.1104/pp.104.058933.UniProt,describedindetailinApweileretal.(2004)andinBairochetal.(2005),consistsofthreedifferentsections,eachoptimizedforadifferentuse(Fig.1).UniProtKnowledgebaseSincethecreationofUniProt,Swiss-ProtandTrEMBLceasedtoexistasindependentdatabases,59PlantPhysiology,May2005,Vol.138,pp.59C66,www.plantphysiol.orgó2005AmericanSocietyofPlantBiologistsSchneideretal.andtheyarenowintegralpartsofthecoresectionofUniProt,theUniProtKnowledgebase(UniProtKB).Forcontinuity,thetwonameshavebeenkeptandwhatisnowcalledUniProtKB/Swiss-Prot(Bairochetal.,2004)containsallthenonredundant,fullymanuallyannotatedrecords,whileUniProtKB/TrEMBLconsistsofallthecomputationallyanalyzedrecordsawaitingfullmanualannotation.AllsuitablePIR-PSDsequencesandannotationsmissingfromtheoriginalSwiss-ProtorTrEMBLdatabaseshavebeenintegratedintotheUniProtKB.Takentogether,UniProtKB/Swiss-ProtandUniProtKB/TrEMBLcoverallproteinscharacterizedorinferredfromnucleotidesequencesidenti?edsofarinanyspecies,archaea,bacteria,oreukaryote.UniProtArchivecludingallspliceisoformsandsequencefragments,intoasinglerecord.UniRef90andUniRef50collapseallUniRef100sequencesthatareatleast90%or50%identicalintoasingleclusterusingtheCD-HITal-gorithm(Lietal.,2001),presentingonlyonerepre-sentativesequenceforeachcluster.ThethreeUniRefdatabasesallowtheusertochoosebetweenatrulycomprehensivesearchandafastonebyreducingthesizeoftheUniRef100byapproximately40%inUniRef90andbyapproximately65%inUniRef50.ProspectiveTheUniProtArchive(UniParc)isanarchivethatcontainsoriginalproteinsequencesloadedfrommanysourcessuchasUniProtKB/Swiss-Prot,UniProtKB/TrEMBL,PIR-PSD,theEnsembldatabaseofanimalgenomes,theNationalCenterforBiotechnologyIn-formation(NCBI)ReferenceSequencecollection,modelorganismdatabasessuchasFlyBaseandWorm-Base,andproteinsequencesfromtheEuropean,American,andJapanesepatentof?ces.Sequencefrag-mentsarekeptasseparateentries.EveryUniParcentrycontainscross-referencestothesourcedatabasesfromwhichtheproteinsequencewasextracted.UniProtReferenceClustersDDBJhasjoinedtheUniProtConsortiumandwillstartinthenearfuturetocontributetotheprojectbybothcon?rmingsetsofgenepredictionsfortheJapanesecultivarofrice(Oryzasativa)andbyassign-ingfunctionalannotation,andsecondaryandtertiarystructuretopredictedproteinsbasedontranslationsofasetofcDNAsequencesdepositedinpublicdatabasesbyJapaneseconsortiums.TECHNICALSPECIFICATIONSOFUNIPROTManualandAutomaticAnnotationUniProtReferenceClusters(UniRef)providesthreenonredundantreferenceclustersofsequencedata,UniRef100,UniRef90,andUniRef50.UniRef100com-binesidenticalsequencesacrossdifferentspecies,in-Figure1.StructureandorganizationofUniProt.Proteinsforwhichfunctional,biochemical,and/orstructuraldataarepublishedarethemaintargetsformanualannotation.Curatorsaddannotationssuchasproteinfunctions,biologicallyrelevantdomainsandsites,posttranslationalmodi?cations,subcellularloca-tionoftheprotein,developmental-ortissue-speci?cexpressionoftheprotein,spliceisoforms,andthereferencesusedintheannotationprocess.Onceman-uallyannotated,entriesarestoredintheUniProtKB/Swiss-ProtsectionoftheUniProtKB.60PlantPhysiol.Vol.138,2005UniProtKB/TrEMBLSincethenumberancontinuesofproteintogrowsequencesexponentially,inannotationautomaticprocedureprovidinghigh-throughputInterProbases,(Mulderandfunctionalcharacterizationisrequired.(BatemanforexampleetPROSITEal.,2003)(Hulocombinesetal.,severaldata-2003),proteinwhichetal.,2002),andTIGRFAMs(Haft2004),etPfamal.,proteinsignatures.usedifferentBasedonmethodologiessuchmotifsandtodomains,derivesuperfamilies.sequencestionallyTheannotationaregroupedassociatedintofamilieswithallandbelongingcharacterizedthetothesameUniProtKB/Swiss-Protfamilyisthentransferredproteinsfunc-trolledUniProtKB/TrEMBLtainingbyRuleBase(Apweiler,entries.2001),Thistransferiscon-toandmorethan500annotationrulesaanddatabaseconditions,con-(Kretschmannanotherrulederivedetal.,set2001).generatedAtthisbydecisiontreesidenticalfromthesamespeciesthatstep,areallstrictlysequences100%familyAutomaticaremergedannotationintoareliessinglealsoentry.onthePIRSFteinsgousclassi?edclassi?cationintheconceptsame(Wuetal.,2004a);pro-(sharing(sharingfamilyarebothhomolo-domainfull-lengthcommonsequenceancestry)andhomeomorphicdevelopedarchitecture).propagatingandmanuallyBasedcuratedonsimilaritythisforsystem,withcommonannotatingrulesandareorontologybindingposition-speci?cfeatures,suchasactive(GO)sites,terms.andforproteinnamesandgeneFormatoftheDatabaseASCIIThemainTrEMBL?atdistributionformatofUniProtisasancloselyhave?le.usedSinceatheirdatacreation,formatthatSwiss-ProtandSequenceasbasesDatabase.possibleForthatoftheEMBLfollowedNucleotideasmaintainedintotheUniProtKB,integrationthisoriginaloftheformattwodata-wasUniProtKB/TrEMBLandbothUniProtKB/Swiss-Protandbeentriesarestructuredsoastoprograms.usablebycodeline.thatindicatesEachhumanlinethebeginsreadersaswellasbycomputertypewithofdataatwo-charactercontainedinlinederThecurrentlinetypesandlinecodesandthetheor-theinsprot/userman.html).UniProtwhichtheyuserappearmanualin(http://www.expasy.org/anentryaredescribedinAvailabilityandDistributionUniProtKBTheUniProtdatabasesarereleasedbiweekly.(uniprot_sprot.dat.gzisdistributedastwogzip-compressed?lesThewhenanduniprot_trembl.dat.gz)that,format.decompressed,XMLmentedformats.ThesameThisdataproducecorearealsoASCII?lesina?at-?ledataavailablesetisfurtherinFASTAsupple-andexclusively,bytwospliceisoformscontaining?lesavailableannotatedthesequencesundertheFASTAformatinUniProtKB/Swiss-ProtofalladditionalPlantPhysiol.Vol.138,2005UniversalProteinResourceKnowledgebaseandvarsplic.fastaUniProtKB/TrEMBLsections(uniprot_sprot_Theanduniprot_trembl_varsplic.fasta).togenerateprogramthoseVARSPLICadditional(Kerseyetal.,2000)isusedprovideInadditionbacteria,thedatatotheincompleterecords.taxonomicdatabases,divisionsweforwillarchaea,soonplants,rodents,fungi,human,invertebrates,mammals,FASTAThethreeUniRefvertebrates,databasesviruses,aredownloadableandunclassi?ed.asrepresentativeorXMLusefulsequences?les.TheofFASTAtheUniRef?les,containinglaritycontainsearches.forFASTA,BLAST,andothersequenceclusters,simi-aretheannotations,However,whichthecansequencebegenerated?lesdofromnottainingUniProtKBannotationbothactiveifneeded.andobsoleteAsasequencesequencesarchiveandcon-nolarge-scaleinformation,UniParcisunsuitablefornotparsingormanipulation,andisthereforefromTheavailableUniProttheUniProtfordownload.anonymousdistributionFTPservers?lescanmaintainedbedownloadedbytheebi.ac.uk),ConsortiumlocatedandPIRat(ftp.uniprot.org).SIB(ftp.expasy.org),TheEBI(ftp.knowledgebase/)inthesame?lesareeasilyatdirectoryallthree(/databases/uniprot/FTPUniProtaccessiblefromthedownloadsites,centerandatarethedatabase/download.shtml).Website(http://www.uniprot.org/PLANTSINUNIPROTThePlantProteomeAnnotationProgramofShortlytionArabidopsisafterthe(ArabidopsispublicationthalianaofthecompletegenomeGenomeof25,498)andthepredic-atedInitiative,protein-encodinggenes(ArabidopsisThisthePlantProteome2000),AnnotationtheSwiss-ProtProgramgroup(PPAP).initi-speci?cprogramfromproteinsisandfocusedproteinontheannotationofplant-Treeviridiplantae(orgreenplants)familiesas(i.e.de?nedoriginatingbytheproteinof(BoeckmannisLifeannotatedprojectaccording(http://tolweb.org),toourandeachtowardetal.,2003).OurmajoreffortusualisstandardsdirectedproteinsArabidopsis,mays],wheatfrom[Triticumotherwithoutplantaestivumspeciesneglecting],poplar(rice,annotation[Populusmaizespp.],[Zeaofsoybeanof[Glycinemax],Medicagosativa,etc.).Attheend174,229FebruaryUniProtKB/Swiss-Protplant2005sequence(UniProtentriesrelease4.2),11,970andtions,sentedrespectively.FifteenandUniProtKB/TrEMBLarepresentintheplantspeciessec-proteinsindifferentannotatedUniProtKB/Swiss-Protannotatedplantsectionspecies(Tablewith100areorrepre-moreoftheareI),UniProtKB.presentwhilemoreinthethanmanually2,700ArabidopsisorganismArabidopsisforplantsisconsideredand,assuch,asaiscommonthefocusmodelofour61Schneideretal.main3,124effortinplantproteinannotation.Currently,UniProtKB/Swiss-Protproteinshavebeeningsection.manuallyAdetailedannotatedlist,intheber,thebeexpasy.org/cgi-bin/lists?arath.txt).retrievedentrychromosomename,locus,theUniProtaccessioninclud-num-fromdescription,thePPAPWebandgenesitename(s),canencodedininthechloroplastandAll(http://www.67proteinsSwiss-Prot.themitochondrionarepresent114proteinsinUniProtKB/encodedAlternativeSplicingalternativelyAlistofmoreThewww.tigr.org/tdb/e2k1/ath1/altsplicing/splicing_Institutesplicedthan2,500ArabidopsisgeneswithforGenomicgenemodelsResearchwasinpublished2003(http://byvariations.shtml).nativeForseveralofthesegenes,thealter-regionssplicingoccursinthe5#-or3#-untranslatedofaretheofthegeneandhasnoeffectonthesequenceformspresentencodedinUniProtKB/Swiss-Prot,protein.Fortheremainingtheproteinsthatallowsareannotatedandthefeaturetablevariousoftheiso-oneSincethesplicerecreationisoformsofthedifferentsplicevariants.entryquencetoanother,withpotentiallymaydifferlessconsiderablythan50%frominterestisoforms.tosimilarityextendbetweenisoforms,itmaybese-ofgramAsindicatedsimilaritypreviously,searchesthetoallthevarioustheMostfeaturecanrecreateallannotatedspliceVARSPLICvariantsfrompro-PeptIdent,sequencetableanalysisofaandUniProtKB/Swiss-Protproteomictools(BLASTentry.servertake(http://www.expasy.org)forexample)presenthaveontheExPASyWeborspliceintoaccountallannotatedspliceisoforms.beenadaptedAstoRef100,isoformsablefromtheythearehavealsobeenincorporatedintoUni-theUniProtalsodirectlyWebsite.searchableandretriev-TableI.The?fteenmost-representedplantsspeciesintheUniProtKB/Swiss-Protsection(Release4.2)No.ofRankUniProtKB/PlantSpeciesSwiss-ProtEntries13,124Arabidopsis2513Maize3448Rice4368Tobacco(Nicotianatabacum)5302Pea(Pisumsativum)6283Wheat7272Barley(Hordeumvulgare)8264Soybean9262Tomato(Lycopersiconesculentum)10256Potato(Solanumtuberosum)11238Spinach(Spinaciaoleracea)12212Chlamydomonas(Chlamydomonasreinhardtii)13153Liverwort(Marchantiapolymorpha)14135Rape(Brassicanapus)15106Mesostigma(M.viride)62AGIGeneCodesproposedIn1999,theArabidopsisGenomeInitiative(AGI)(http://mips.gsf.de/proj/thal/db/about/agicodes.auniformgenenomenclaturesystemhtml).someAlthoughthosecodesidentifyspeci?candlociandnotproteins,theyareusefulforchromo-labelingHowever,discriminatingnotusersshouldbetweennotethathighlyAGIsimilarnumbersgenes.genecompletelystableandaresubjecttochangewhenareeverymodelsSwiss-ProtexistingareArabidopsissplitormerged,entryforexample.SinceAGIsectioniscorrelatedwithingenomictheUniProtKB/data,thenamenumberthatline.The(e.g.fewAt5g39190)isindicatedinthegeneArabidopsisareeitherinyet-unsequencedexceptionsrepresentregionssequencesoftheavailable,names(e.g.thegenomeF26P21.150)bacterialorarti?cialhavemajorarealsochromosomeproblems.Whenindicated.nameorRNAEditingchangesRNAeditingchondria.iscommonthatleadsintooneormoreaminoacidSwiss-ProtTheproteinsequencechloroplastsshownandinUniProtKB/plantmito-editeddoesRNA.entriesIftheisalwaysthetranslationofthethennotcorrespondCDStothisproposededitedintheEMBLentryentrytheSEQ)iscorresponding?aggedcross-referenceproteininthesequence,UniProtRNAaslevel.statement.withInplants,Editinganalternativewedoisnotsometimessequencetakethispartial(ALT_intoatthefullyitseemsthatonlytheproteinresultingfromaccount,thecommunication).editedRNAisfunctional(A.Brennicke,personalGenoplanteplante,Since2003,Swiss-Protplantscientistsgenomics.aninitiativeThisofprojectthehasFrenchparticipatedisbasedjointinGeno-onaprogramnetworkinofofable,itsbidopsisdocumented,goalsworkingistoobtainindifferent?eldsofresearch.Oneandtraceableextensive,annotationshomogeneous,forAra-reli-intationsafamily-orientednucleargenesmanner,andgeneproducts.Workingadded-valueofparalogousgenesallareexpert-curatedgatheredintoanno-anetUniProtKB/Swiss-Protal.,2005).databaseWhenavailable,namedGeneFarmcross-links(Aubourgbetweenprovided.andGeneFarmentriesareRicebecameInApril2002,adraftsequenceAlthoughavailableannotatedalarge(Goffpartetofal.,the2002;ofthesequenceYuetricegenomeisal.,still2002).newriceannotationorfreelyavailable,effort.WewewilldecidedworktoinstartnotcloseaPlantPhysiol.Vol.138,2005collaborationConsortiumwhichmember,withthetomanuallyDDBJgroup,anewUniProtwillexperimentaldataareavailable.annotateInthisproteinsway,forwedataprovidedicotyledonousandfacilitatethescienti?ccomparisonscommunitybetweenwithhighqualityincompletetheandplants.notyetSincestable,thewegenomemonocotwillconcentrateassemblyandonisUniProtKB/Swiss-ProtByannotationchoice,theoftaxonomicalwell-characterizedclassi?cationproteins.usedinthelevelsectionstopsatthespeciessubspecies(Phanetwhenoral.,cultivars,2003);wealthoughdonotdistinguishbetweentheunderentry.available,inthe‘‘ReferenceComment’’weindicatelinesthem,ofconcerningasingleConsequently,TaxID(TaxIDallthericeentriesaregroupedcultivarthesameprotein5extracted4530)andfrominformationanIndicainsequenceasinglegroupdataannotatedentry,oraJaponicawithcultivargroupismergedasvariants.eventualHowever,differencesdueintothethedatabases,submissionsectionriceprocedureentriesintothethenucleotidesequence(TaxID399475are39946storedforunderthethreeUniProtKB/TrEMBLdifferentTaxIDswhenfortheJaponicacultivars,Indicacultivars,andTaxIDTaxID545305addressingthesubspeciesbetweenthethistwoproblemisnotUniProtKBtospeci?ed).resolveWearecurrentlysections.thisinconsistencyiProPlantsPlant-ContainingandPlant-Speci?cProteinFamiliesiProPlants,ThePIRintegratedextendedgrouphasstartedanewprojectcalledetproteinfamily,fromstructure,theiProClassandfunctiondatabase(Wuoftegratedal.,2004b).si?cationproteiniProPlantsresourcecouplingwillbeaplant-centric,in-annotationandcontainingofplantdatagenomes.integrationPlant-speci?ctofacilitatePIRSFfamilyandfunctionalclas-plant-curatedproteinfamilieswillbecataloguedandcomparativeinthetematic,analysesPIRSFofclassi?cationproteinfunctions.frameworkThissys-fordardizedclassi?cation-drivenandrichannotationapproachacrossplantwillgenomes.allowstan-iliesCurrently,coveringand36,000therenot-yet-curatedareover5,000curatedPIRSFfam-Among(1,300themoveraretwo-thirdsabout3,900ofpreliminaryUniProtsequences.clustersofdivision,proteincurated,members2,600frompreliminaryplant-containingfamiliesplantsclusters),consisting(overing300aswellasover2,300plant-speci?candothertaxonomicfamiliesproteinsofplantcurated,proteins2,000only.preliminaryOver10,000clusters),consist-oftheArabidopsishavebeenclassi?ed,proteome.withabout40%ArabidopsiscoverageCommunityAnnotationofPlantProteinFamiliesannotationToprovideofaplantresearchproteininfrastructurefamilies,theforPIRSFcommunityfamilyPlantPhysiol.Vol.138,2005UniversalProteinResourceKnowledgebasecurationratinginterfacewillbemadeavailabletocollabo-iswithimplementedplantresearchers.inthen-tierTheJ2EEfamilysoftwarecurationplatformcuratorsaJavaWebStartfromtoaccesstheclient,PIRSFwhichallowsframeworkworldwidemostaWebbrowseratanytime,classi?cationalwaysusingsystemthecurationcurrentvisualizationinterfaceversionscanoflaunchsoftwareseveraltoolsanddata.The(DAG)witheditor.toolsThetoolsandadirectedacyclicanalysisgraphandphylogeneticatreeview,includeiterativeBLASTClusttaxonomygenometreetreemultiplesequencealignmentwithbrowser,andproteinandtheannotationSEEDprogramtable,fora(Ostermancontextandphylogeneticpro?leanalysiscanandOverbeek,2003).Interestedresearchersinstallation-freeregister(pirmail@georgetown.edu)toaccessthisaandsign-onWeb-basedfamilycurationsystemviapasswordmechanismauthentication.withrole-basedidenti?cationWHATOTHERDIFFERENTIATESDATABASES?UNIPROTFROMManualAnnotationandMinimalRedundancymembers,Currently,theUniProtprojecthasover100stafftimefamilies.tothewithcuration?veplantofplantbiologistsassignedfullinplantsmetabolicPlant-speci?corsignalingproteinsproteinsorproteinsandinvolvedproteinMostandinformationgetahighprioritypathwaysformanualimportantannotation.insubmissionoccasionallypatents.isextractedWefromalsojournalrelyonarticlesdirecthelpimentalwithnomenclaturetothedatabaseorprovideandon?rst-handexpertswhoingCuratorsdata.exper-aalldataminimizefromdatabaseredundancybymerg-available,singleentry.Whendifferentseveralliteratureproteinsequencesreportsintoarements.aminoIfthetheysequencesarecompareddifferthroughbyonlymultiplealign-hasacids,theannotatorchecksiftheafewsamedispersedcultivarreallybeencase,dealingusedwithasstartingamaterialandifshe/heisseveralthedifferencessingle-copyareannotatedgene.asIfcon?icts.thatisthesequence,contiguousandthenthecuratoraminogoesacidsdifferinonlyoneIfdiscriminationcomparesthesequencesofthebackgenes.totheThatDNAleveltiveMoreover,splicing,eventsbetweenthatsimpleareannotatedframeshiftsoralterna-allowsmodelrunningpredictionifaproteinisde?nedonlybyaaccordingly.single-genementsonagenomiccreatedsequence,byathencomputermultipleprogramalign-proteinwithinglogs)thebelongsothersamefunction(paralogs)membersofthefamilytowhichtheinotherand/orrelatedwithspeciesproteins(ortho-hav-genepositionmodelallowcheckingofthepredictionandendpointsbyoftencon?rmingcorrectionoftheinitialofthevariousthepresenceexons.and63包含各类专业文献、文學作品欣赏、专业论文、幼儿教育、小学教育、应用写作文书、中学教育、行业资料、生活休闲娱乐、外语学习资料、Bioinformatics Plant Protein Annotation in the UniProt Knowledgebase 193等内容。　
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