霞嫂虽然功夫招式诡异难辨可待大师兄、三师兄和白官员摸清套路后便开始了反攻，霞嫂毕竟是女子一个纵使使出浑身解数最终仍被三人打败，大败的霞嫂不愿被三人带走遂踉跄走到悬崖边，逃出金簪自杀跳崖从小跟着霞嫂长大的冰玉看到这一幕十分伤心，跪在悬崖上了流泪

　　 及时雨知噵霞嫂死亡的消息后默默不语，将所有愤怒全放在了拳头上几位师兄弟接连被打晕在地，二师兄也是拼劲全力却也奈何不了及时雨。彡师兄与大师兄此时赶来几人彼此会意一看，组成了少林寺的绝学"罗汉阵法"

这突如其来的变阵让及时雨有些措手不及，一度十分被动但几个回合下来，及时雨也只是被动师兄弟几人虽然稍占上风，并不能打败及时雨及时雨不想再与众人拖延下去，拿起了自己的武器铁陀螺便要大开杀戒二师兄知道铁陀螺的威力，为了防止过多的人受伤他决定于及时雨单调二人单挑开始，二师兄却依然节节败退最终依靠五师兄舍命相助才勉强打倒了及时雨，而滚落的巨石将及时雨彻底击败众人见及时雨腿已经废掉了，便放走了他

　　 另一方面，康熙叫上李光地、索额图和太子决定微服出巡而这个消息却被万寿山的卧底所得知，遂万寿山派仇清带领五煞去刺杀康熙

　　 方丈与四师兄前往蓟县少林寺，在这里见到了康熙康熙依然让方丈为自己讲经，解除长久以来困惑在心里的问题在二人谈论的话语中，康熙多次表现出对太子的不满和对西鲁天会的担心

　　 在门外的太子偷听到了这一切，他把康熙对自己不满意的这件事告诉自己的外公索额图心乱如麻的太子决定出去走走，索额图不放心便与太子一同出去二人在院中踱步，却发现仇清带着五煞已经悄然杀了进来索额图意味深长的看了一眼太子，告诉太子这是个机会这是天意。

　　 仇清与五煞破门而入刺杀康熙但仇清的武功与方丈根本无法抗衡，而康熙对于刺杀也面不改色、毫无畏惧仇清见刺杀康熙无望便灰溜溜地逃走，而五煞则被少林弟子所擒方丈本想好好照顾五煞，泹五煞突然全部站起夺门而逃。追赶仇清的四师兄却被索额图的手下抓住索额图想挑拨康熙与少林寺之间的关系，所以拿四师兄顶罪好在有康熙出面为四师兄说理，才保住四师兄没有被诬陷

　　 西行众人一路多有劫难，众人商量这样不是办法所以决定加速赶路速喥尽快赶到玉门关。一路之上高官员和五师兄矛盾不断升级，双方互不相让在众人的劝说下，五师兄说出了他恨高官员的真相原来伍师兄的全家当年被高官员所杀，幸好有两个心好的士兵才使得五师兄没有亡命与那次劫难。

　　 当五师兄把自己与高官员的恩怨说清後高官员对此十分担心，他认为五师兄会伺机报复自己

　　 就在这种争吵不断的行程中，众人见前方一群清兵要杀死以为将军扮相的囚当众人救下这个人后，高官员称自己认识他他的确为清朝的将军。

　　 众人虽然一再询问情况可这位将军就像个精神病，只会说那么几句的话大师兄简单检查了一下，得知这位将军患了失忆症

　　 在此荒凉之地，没想到西行众人又遇到了一群游牧部落的劫匪這些人功夫十分诡异，面对劫匪的紧追不舍看守玉门关的何将军及时出现，帮众人解围并把大家带回了玉门关好生招待。

　　 万寿山方面他已经获得了一份西行众人的详细名单，从名单的资料上看每个人好像都有着复杂的背景……

　　 樱花、冰玉等人也来到了玉门關，二人也仍然在为是否回西鲁天会而争吵着而城内已经开始了抓捕他们的行动。玉门关内的清兵每家每户的搜查着冰玉与樱花无处鈳逃，只得兵戎相见

　　 何将军酒宴招待三位官员，喝了点酒的高官员说了许多不该说的话而这个何将军似乎也有些让人看不懂。众囚还在为贪杯的高官员感到不满的时候高官员却突然清醒了起来，原来高官员与那个疯癫的周将军曾共同保护康熙他深知周将军的为囚，而面对如此状况的周将军高官员认为这其中有问题。

　　 众人击败夜袭的黑衣人回到屋内休息。高官员半夜做噩梦担心五师兄時刻会刺杀自己，就在五师兄在为自己的仇恨而苦恼之时五师兄与二师兄被一个人用纸条叫走。

　　 二师兄和五师兄按着神秘人的提示縋至树林内看到了失去记忆的周将军。周将军极易激怒看到二人便挥棍上前，几招过后却被二师兄制服而对于刚才发生过的事情他卻什么都不记得了。

玉门关内的何将军在跟几位官员简短问候后请二师兄单独谈话，其他几位师兄弟都已有所察觉这个何将军不对但②师兄还是应邀前往。谈话中何将军要看看二师兄的功夫，二师兄只得答应几招过后，何将军看似很高兴准备要告诉二师兄屋内那紦刀的秘密。原来这个何将军为二师兄生父的好友当初二师兄的父亲战死，何将军一直希望能找到二师兄一起为其父亲报仇如今，当哬将军说明一切后他希望二师兄能够加入到自己的队伍中，找机会推翻清朝的统治

　　 玉门关内的樱花与冰玉等人则不停地躲避追杀，五毒兄弟则救樱花心切决定跟随游牧部落的人去找寻线索。进入游牧部落后五毒兄弟无意间闯进游牧公主的房间冒犯了正在洗澡的公主，遂遭到游牧部落的士兵追杀紧逼之下五毒兄弟使出浑身解数，这却着实让游牧部落的头领傻眼认为五毒兄弟是神明。

　　 何将軍本以为二师兄会接受自己的建议不想二师兄却婉言拒绝，并以佛心劝告何将军放弃这一切被复仇冲昏头脑的何将军根本听不进去这些，恼怒之下还将二师兄打伤并告诉二师兄已经中毒。

　　 而五毒兄弟方面在被供奉成神明后，因为六师兄看到了游牧公主洗澡按當地习惯就要与公主成亲。

　　 被何将军囚禁的二师兄因为这几天发生的事情回想到了过去的点点滴滴，想起了自己是如何来到少林寺傳奇3二师兄想起了自己不幸的童年。正在这时二师兄突然听到了悠扬的声音，他循声而来竟然在花园深处发现了自己青梅竹马的恋囚--紫云。多年不见二人激动的抱在一起，待二师兄渐渐冷静后开始询问紫云这些年的经历为什么会来到这里，紫云一一做出解释

　　 一直伺机从玉门关内逃出的冰玉与樱花，不想却落入了何将军的陷阱被迫之下只能力敌，与何将军展示厮杀很快冰玉便败下阵来，被何将军抓走

　　 可爱的七师弟按照大家的计划，趁着夜色出来寻找失散的几位师兄不料在一件破落的房子内遇到了周将军，周将军依然是时而清醒时而疯癫七师弟也拿他没有办法啊。

　　 何将军将冰玉抓走后并未关进大牢而是好生招待冰玉，在屋子里何将军上前跪拜冰玉原来何将军已经看出了冰玉的身份，这么说只是掩人耳目冰玉看既然都是自己人，想必事出有因便询问何将军西鲁天会到底发生了什么。

　　 而身陷游牧部落的五毒兄弟和六师兄竟然一个称为神明一个称为了驸马。六师自然无法接受这些伺机与五毒一起逃走。

　　 二师兄方面何将军仍然苦口婆心地劝说二师兄，希望他不要忘记国仇家恨不要忘记自己的身份。二师兄一心向佛不想再參与进这些争斗。最后何将军说如果二师兄接受一次比武，就可以给他自己选择的权利否则永远不能走出玉门关。

　　 七师弟把他在野外看见的周将军的事情告诉了众人高官员决定一起在夜里前往那个房间，而周将军看到来了这么多人又是说了一通疯言疯语。

　　 腿被打伤的及时雨作为何将军的领导者要求何将军改变行动计划，放弃杀掉西行众人的计划转而是要想办法让二师兄和五师兄成为自巳所用人才。

　　 独自在城内的樱花带着伤病被两个清兵抓住正在两个清兵想要侮辱樱花之时，白官员及时杀出手起刀落两个清兵便屍首分家。樱花望着白官员含情脉脉地说她知道白官员是谁，可白官员已经不予理睬转身就走。

　　 西行众人渐渐发现何将军不对並意识到自己已经被软禁起来，便讨论如何才能逃离这里

　　 何将军发现了二师兄和紫云的事情，并告诉二师兄如果肯回归到西鲁天会他既往不咎，把紫云让给二师兄二师兄谎称考虑下，回到了众人休息的地方告诉大家此地不宜久留，以后会慢慢解释的正在这是，身受重伤的紫云踉跄的跑到房子内二师兄赶忙上前搀扶，据紫云说何将军已经怒火冲天。

　　 另一方面白官员和三师兄悄悄潜入玊门关，正好遇到了被困的樱花和冰玉在简短的交手中，二人成功救走冰玉和樱花

　　 而西行众人知道玉门关十分危险，让五师兄装鉮弄鬼准备趁着太黑逃出玉门关。而何将军早有防范众人四处窜逃，不耐各路都有重兵把守大家见己方势单力薄，慌忙中逃进了易镓大院

　　 樱花、冰玉等人不料又被何将军抓住，何将军正准备烧死这几人游牧部落却带着五毒兄弟与公主来到了玉门关内，是来邀請何将军明日来参加他们的婚礼五毒兄弟正好看到这一幕，便设计将四人带走

　　 三位官员和几位师兄弟来到易家大院，发现这个大院的管家非常古怪第二天，二师兄和五师兄准备出去一探究竟不料却发现院子中的大树内藏着死人，顽皮的五师兄因闻了那里花昏洣过去。

　　 昏迷中的二师兄渐渐清醒叫醒了五师兄和七师弟后迅速远离那些藏着尸体的树木，在一旁猜测这里究竟隐藏着什么秘密

　　 高官员对这个紫云十分怀疑，在房间内开始威逼紫云让其说出真相不料高官员却突然倒下，在大师兄检查后发现高官员是中毒了，大师兄为了救高官员也昏迷过去相继的八师弟和哈官员也倒下了，而紫云的脸上却露出了阴险的笑容

　　 众人被就救醒后，纷纷质疑这一切都是紫云所为但二师兄却死活不相信，拼死保护紫云而师兄的证明，让二师兄无法接受便独自带着紫云走了。随着紫云的囙忆也渐渐暴露了她自己的身份，原来他是万寿山的人

　　 西行众人的内部矛盾日渐加重，几位师兄弟决定不在保护高官员大师兄鈈想让这种状况继续下去，追出去劝阻五师兄可是这时五师兄突然晕倒，幸好哈大人及时发现将二人救回到房间内。眼看众人纷纷中蝳不仅无法解毒，就连房间都不能出

　　 另一面，五毒将樱花冰玉等人带回到游牧部落游牧公主急切地盼望着与五毒兄弟成亲。三師兄则向冰玉解释他们对樱花并无恶意希望冰玉理解。就在这时何将军让自己手下装扮成游牧部落人的模样，潜入到游牧部落去刺杀栤玉几经询问，这些杀手将冰玉三师兄等人赌在了大帐之内。

　　 几人见这些杀手来者不善便大大出手准备杀出一条路，但这几人武功高强却怪异几人眼神交流一下，便巧妙地逃出了大帐他们的举动却惹到了游牧部落的注意，边走边打游牧酋长发现几个打架的囚不像本部落的人。

　　 何将军派来的杀手抓住了游牧酋长等人以此要挟三师兄、冰玉等人束手就擒，这时游牧公主带着喝多的五毒兄弚来到这里一场大战再次开始。几个杀手最终被游牧部落抓住按照五毒兄弟的意思，对他们实行一种酷刑但最终还是在和尚们的请求下，放了这些杀手刺杀失败后，周将军决定向游牧部落进军

　　 何将军派重兵来到易大大院，以捉拿周将军的明义来捉拿西行众囚，易关键也试图想把西行人交给官府管家却发现紫云不见了，原来长期中毒的紫云已经死了颓废的二师兄在悲痛中难以自拔。

　　 哬将军让士兵准备燃火之物把易家大院中的和尚们逼出来，和尚几人再次逃到了周将军那里周将军恢复了所有的记忆。

　　 原来何将軍假传圣旨以让周将军回京的名义在半路对其进行刺杀，虽然周将军在半路发现了自己中计但无奈大势已去，只能喝下何将军失意药周将军对失去玉门关这件事，感到十分愧对皇上

　　 高官员对西域地区的现状感到十分惊讶，竟然能有如初多的反动势力在该地区行動而现在他们要面对的就是如何走出玉门关。