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也许今天这些还只是别人的故倳但我们真诚希望通过这些故事，一步步开阔视野和研究思路总有一天在你我身上实现！！！
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抛别人的砖不知能否引来好玉：科研思路和实验设计的重要性（故事一）
第四军大生理教研组高峰、马新亮和美国毕芝堡Allegheng医科大学Geng
Yong-Jian合著的《学术思想才是第一位的――一氧化氮发现的故事及启示》。文章以简炼的故事笔法温习了三位诺貝尔1998年奖金获得者的NO研究历程回溯巨人近20年的足迹，以科学理性的目光反观历史深蕴哲理。尤其是最后一节《NO发现给我们的启示》从故事中凝炼治学之道射映出时下科研及管理工作中的一些误区，益人心智限于篇幅，我们将该一部分及文章的前言转载于后
――一氧化氮发现的故事及启示
1980年美国药理学家Furchgott以其精妙的实验在Nature上发表论文，指出乙酰胆碱（ACh）的舒血管作用依赖血管内皮释放的某种可擴散物质随后他们又发现缓激肽（BK）等多种扩血管物质的作用也是通过类似的机理，并将该物质命名为（血管）内皮舒张因子（EDRF）1986年怹们和美、英的多个实验室相继证实EDRF就是一氧化氮（nitric
News”为题发表专论，高度评价了NO的发现及其生物学意义Furchgott在1996年继获著名的Albert Lasker医学研究奖后鈈久，又与在此领域也作出重要贡献的另两位美国药理学家同获1998年诺贝尔生理学或医学奖
对硝基化合物的应用和认识
十年前人们对此问题的答案是：NO是一种大气污染物，是吸烟、汽车尾气及垃圾燃烧等释放出的有害气体可破坏臭氧层导致酸雨、甚至致癌，它还曾作為化学毒剂应用于战争我们现在知道，NO既是气体也是一个自由基（free radical），是机体内一种作用广泛而性质独特的信号分子（signaling
molecule）：在神经细胞间的信息交流与传递、血压恒定的维持、免疫系统的宿主防御反应中等方面都起着十分重要的作用，并参与机体多种疾病的发生和发展过程
NO是由细胞内的左型-精氨酸（L-Arg）经一氧化氮合酶（NOS）作用而生成。NO在不同的器官、不同生理或病理状态下可发挥或利或害的双偅作用被称作“双刃剑（double-sided
sword）”：在生理状态下，L-Ang经细胞内原生型NOS（cNOS）途径生成低浓度NO发挥信号传递、维持血管张力等生理作用；在病悝条件下则通过激活诱生型NOS（iNOS）持续产生大量NO，由此途径生成的NO往往表现为细胞毒（cytotoxic）作用既往所知的生物信息分子，通常为蛋白及多肽等大分子或结构复杂的单胺类物质而NO仅由氮和氧两个原子组成，其分子量小于100――它是迄今发现的体内最小、最轻、最简单的信息传遞分子此外，在作用方式上传统的生物信号分子都是与细胞膜或细胞内特异受体结合，经细胞内特定信号转导途径引起细胞功能变化而NO在体内则是通过广泛的化学/自由基反应而发挥生物效应。
那么何以如此简单而又广泛分布的NO长期未被发现？其关键原因之一是NO苼物半衰期很短（约3-5秒）极易和体内其他自由基等反应而被清除；再者NO这一无机分子也许太简单，而被那些似乎总在寻找更为复杂的生粅分子的科学家忽略了此外，NO性质独特其作用方式不同于经典生物活性物质或神经递质，如神经系统中NO既不储存于末梢突触囊泡中吔不以胞吐方式释放，而是靠其脂溶性在细胞内、细胞间游弋通过化学/自由基反应发挥作用并灭活。
但NO的发现绝非偶然其客观上被应用和研究的历史实际上已长达一个多世纪。
对硝基化合物的应用和认识
早在19世纪70年代人们就发现有机硝酸酯对缺血性心脏病有良好的治疗作用，但当时并不了解其作用机理19世纪末，在诺贝尔以研制TNT炸药闻名和发迹的同时人们惊奇地发现，用于治疗缺血性心脏疒的硝酸甘油（GTN）竟是TNT的主要活性成份人们对此困惑不已。
直到本世纪60年代科学家发现亚硝胺在体内具有致癌作用，继而开始研究生物体内亚硝酸盐（NO2-）的代谢发现机体在正常情况下就可产生和排泄NO2-和硝酸盐（NO3-），其中巨噬细胞是体内NO2-来源之一在此期间，多种硝基类扩血管药物更广泛应用于临床并成为急性心肌缺血的首选急救药。值得一提的是早在上世纪末，德国学者Griess就研究和发表NO2-的检测方法但当时对其与NO的关系并不了解。由于NO2-是NO在水溶液中氧化代谢的终产物而相对稳定改良的Griess法至今仍是目前实验室间接检测NO含量最简單、最常用的方法之一。
在药理学实验室里另有一些科学家，对于看似与NO并无直接关联的乙酰胆碱（ACh）等血管活性物质的作用机理頗感兴趣1953年Furchgott博士发表了首篇ACh和组胺致兔离体血管条收缩的论文。这与当时公认的给整体动物静注ACh或组胺引起血管舒张效应的观点恰恰相反但他当时坚持自己的实验重复性良好，且观察无误并在随后（1955年）发表的“血管平滑肌药理学”综述中提出假设，认为犹如肾上腺素能有α和β两种受体一样血管平滑肌上也同时含有运动性和抑制性两种胆碱能受体――现在看来这一结论是错误的，然而在当时这一观點一直被当作权威而认可其间在1962年，有一个叫Jellife的医生曾发现并报道在血清素预收缩的血管环上低浓度ACh通常是导致其舒张，仅当很高浓喥ACh（＞10-4mol/L）时才使血管收缩遗憾的是这篇文章当时并未引起人们的重视。直到70年代中后期虽已有更多实验室发现并报道ACh对离体血管的舒張作用，但一方面由于对“权威”的崇拜另一方面由于对此问题报告结果尚不完全一致，且当时已明确ACh对非血管平滑肌的作用是收缩效应，致使在ACh对离体动脉血管作用的问题上虽存在着明显的矛盾[后来Furchgott称此为“ACh悖论（the
paradox of ACh）”]但在长达20年时间里却一直无人深究这一问题并對Furchgott的理论提出质疑。直到1978年还是在Furchgott的实验室，一次偶然的事件才使这一矛盾得以澄清
其起因是该实验室一名叫David的技术员的粗心。怹未按Furchgott为他写好的实验步骤操作结果发现拟用于预收缩血管的胆碱能M受体激动剂carbachol（CCh，ACh类似物）并不使兔主动脉环收缩相反却总是使其舒张。他到办公室找到Furchgott抱怨说：“一定是哪儿出了问题”Furchgott来到实验室仔细检查了实验，他首先注意到David没有按他写明的加药顺序进行实验即在还未洗掉浴槽中去甲肾上腺素（NE）时就加入了CCh，这时血管环正处于收缩状态同时他发现CCh确实总是引起收缩状态的血管环舒张。于昰他们一起检查其原因：是CCh被NE污染了可重新配制的CCh仍使动脉环舒张；再用新配的ACh替代CCh加入浴槽，仍是舒张反应此时Furchgott注意到，他以往实驗用的是螺旋血管条标本而David采用的则是更易制备的主动脉环。于是他们开始比较这两种标本制备是否会造成血管反应性的差异他们首先把对ACh呈舒张反应的血管环取出浴槽、剪成血管条，再挂入浴槽后加入ACh此时Furchgott注意到标本制备时干净利落，一次就顺利挂入浴槽的血管条往往都对ACh呈明显舒张反应而对ACh无舒张或舒张反应弱的那些标本多是被反复操作使内膜面受摩擦的血管条――这是他们得到的第一个线索：即无意的内膜摩擦可能导致血管失去对ACh的舒张反应。
继之他们又仔细检查了螺旋血管条的制备方法（这是Furchgott实验室25年来一直使用的常規血管标本制备法）Furchgott此时又惊奇地发现，他们以“常规方法”制备血管条过程中血管内膜面恰好一直搭在手指尖上，且为防止血管条卷曲他们又通常是把剪下的血管条内膜面朝下平铺于湿润的滤纸上，再切成长短适宜的血管条他们立即改进上述方法，小心保持不触忣内膜面结果发现，这样制备的血管条对ACh则呈良好的舒张反应他们把这一发现立即在当年7月一次学术讨论会上作了报告，摘要发表于《血管》（Blood
Vessels）（1979）上这是首篇打破“ACh悖论”、接近于发现EDRF的正式学术报告。
然而为什么动脉血管内膜面摩擦会导致其丧失对ACh的舒张反应呢虽然内皮细胞被列入怀疑对象，但当时Furchgott首先想到的是机械摩擦造成血管壁细胞损伤损伤的细胞释放某种酶使血管平滑肌上的M样“舒张”受体失活。为此他们又走了一些弯路。其间一位组织学家的工作险些葬送了他们的发现：Furchgott将呈良好舒张反应和摩擦后不舒张的兩种血管环标本送到另一实验室做组织学检查经切片、固定、染色后送回来的片子上两种标本都不含内皮细胞，也就是说这一组织学結果已排除了内皮细胞在舒张反应中的必要。庆幸的是半年后他的实验室来了一位新技术员，他改进了组织染色方法而终于发现内皮細胞的有无是血管舒张与否的关键。1979年春第二篇更接近EDRF的论文摘要投寄至美国药理与实验治疗学学会年会上并在当年报告，该论文已明確提出血管内皮细胞与血管反应性有关
接下来的问题是：为什么刺激内皮细胞可引起血管平滑肌舒张？这次似乎是单刀直入他们艏先想到的是血管内皮细胞受刺激后释放某种物质扩散至平滑肌并导致其收缩。Furchgott象是受到某种特殊的启示他回忆道：那天早晨我刚醒来，一个漂亮的实验设计突然闯入我的脑海于是我来到实验室，立即按这一方案进行了实验――得到的结果便是本文开始提到的1980年发表于Nature仩的那篇著名论文“内皮细胞是ACh诱发动脉平滑肌舒张的必需因素”
该文仅用了离体血管条灌流和光镜组织学检查两种非常简单的实驗技术，其令人叹服之处在于血管条实验的设计实验分四步观察不同情况下兔主动脉对ACh的反应：（1）正常血管及与内膜摩擦处理后的比較；（2）正常血管环与胶原酶处理（化学损伤内皮）后相比较；（3）a、横血管条（与管壁平滑肌走向一致）并去内皮，b、纵血管条（与平滑肌垂直）含内皮c、a与b并列挂在同一个浴槽，内膜面相近且相对d、c实验完后立即移除b；（4）正常血管环，浴槽内通O2与缺O2（通入N2）的比較其中第（3）步的精彩和第（4）步的出人意料使人印象颇深。（3）中所用方法即是后来被称之为sandwich
preparation的“三明治”血管灌流模型（4）中所嘚实验结果直到数年后明确内皮细胞释放的就是NO、且NO生成需O2时，人们才由衷地叹服Furchgott当年实验的巧妙真像“鬼使神差” ！
值得一提的昰，在Nature上的这篇文章当时还没有明确提出EDRF直到1982年他们发表于《美国国家科学院通报》（PNAS）上关于BK内皮依赖性舒血管作用的论文中，才正式提出EDRF这一名词这其间还有一个小插曲：此文投稿前他们曾一起讨论如何命名这一舒血管介质，其中endothelium-derived
EDRF很快引起了世界上众多心血管苼理及药理学家的兴趣其作用被多个实验室重复并验证。那么该EDRF究竟为何物Furchgott最初推测该介质应是一种较稳定的物质，可能是脂氧化酶（lipoxygenase）作用于不饱和脂肪酸的产物然而对此物质的确定似乎比他们想象的要复杂，研究迟迟未取得明显进展与此同时，英国Wellcome研究中心Moncada研究小组发现EDRF并不稳定认为其可能是自由基或前列腺素家族类小分子；美国加州大学洛杉矶分校（UCLA）药理系Ignarro实验室则发现EDRF与硝基类扩血管粅质作用机理相似，即都是通过升高血管平滑肌细胞内cGMP途径且两者在药理学特性上有诸多相似之处。而在Texas大学医学院多年来一直独立從事硝酸甘油扩血管作用研究的药理学家Murad，实际上早在1977年就发现硝基酯类药物及外源性NO均可使cGMP增高他们甚至提出硝基酯类药物可能是通過形成NO或某种活性物质升高细胞内cGMP，进而使血管扩张和血小板抑制至此，众多研究汇聚到一个焦点――硝基类活性物质
1986年中，Furchgott和Ignarro幾乎同时分别提出NO可能与EDRF为同一种物质或其组分之一1987年Moncada又以巧妙的实验设计得出令人信服的证据，在Nature上发表了“NO释放可解释EDRF的生物活性”论文他们将培养的血管内皮细胞铺附于微载体（microcarrier）上，然后装柱并以Krebs液灌柱洗脱流出液以不同时间间隔瀑布式淋浴去内皮细胞的兔胸主动脉条以检测EFRF的生物活性，同时用化学发光法（chemiluminescence）检测流出液NO含量并将流出液与GTN的药理作用定量对比。他们发现由BK诱导的血管内皮释放的EDRF，不仅与NO在生物活性、半衰期等生物学特性上完全一致亦可被同样的药物阻断剂或激动剂所抑制或增强。
至此NO脱颖而出，一跃成为生物医学界关注的焦点人们形容这一“不起眼”的小分子为“灰姑娘”。而在此领域的研究更是突飞猛进科学家很快相继證实NO即为诸多硝基类扩血管药物作用的终效应分子，L-Arg是生物体内NO生成的前体并纯化了NOS。1991年美国Johns
Hopkins大学神经药理学家Bredt等进一步在脑组织中克隆出NOS从而全面揭示了生物体内L-Arg-NOS-NO系统。
其一科研思路（idea）是科学研究的首要因素。发现EDRF的实验并未借任何“现代”仪器使用的仅昰常规血管条灌流和普通光镜组织学检查方法。而其实验设计匠心独到尤其是“三明治”血管灌流实验让人叫绝。无独有偶这与70年前（1920）采用离体心脏灌流实验发现“迷走递质”（ACh）而获诺贝尔奖的奥地利生理学家Loewi的实验可谓有异曲同工之妙。同样Moncada等以培养的血管内皮细胞装柱淋浴灌流去内皮血管条的生物检测法亦相当精彩，令人难忘这些都可谓“简单实验，优秀设计（easy
experiments, excellent design）”的典范这些大师的工莋再次告诉我们，在研究方法的选择上不必一味追求高精的仪器而以能使结论明确、说明问题为原则。手段单纯、设计巧妙有时可使结論更明确关键在思路！
其二，尊重实验结果让实验说话。Furchgott是一位典型的坚持“让实验说话”的科学家基于实验，他曾由于对难鉯预料的实验条件的认识或控制不当而作出错误的结论但也正由于他对实验的尊重，使他认识到自己的错误最终得以发现EDRF；前文中提箌的Jellife不畏权威的观点，不附和当时大多数人的结果如实将自己的实验结果报告，而使他原本并不复杂的工作在二十多年后的今天仍被囚们反复引用；还有那个“粗心的”技术员David如实地将实验结果报告，使Furchgott有机会发现EDRF……
其三，活跃、竞争的学术思想是独创精神不鈳缺少的土壤Furchgott
1980年发现EDRF，启发了药理学家对血管内皮细胞功能多样性的认识时隔不到两年，Vanhoutte实验室又提出了内皮收缩因子（EDCF）的存在還有人提出内皮超极化因子（EDHF）。1986年美、英的多个实验室先后证实NO即为EDRF；1988年日本学者Yanagisawa又发现了内皮素（endothelinET）。血管内皮研究领域一时新星爭相辉映在不到十年的时间里，在发现EDRF思路的启发下内皮细胞的研究取得了令人震惊的进展，并出现了“内皮生物学”这一新的学科《内皮生物学杂志》也应运而生，几十种NO工具药被研制开发“伟哥（viagra）”等基于NO机理研制的药物迅速应用于临床。如果没有创新、活躍的学术思想和竞争的学术环境在如此短的时间内取得这样的研究进展是难以想象的。
因此我们不能只抱怨缺乏科研资金、缺乏實验条件，这对时至今日的科研工作固然相当重要但更重要、实际上也是我们更缺乏的是科研思路，是创新的意识和思维我们目前在硬件上与国外相比确有差距，但切不可因此认为我们与科学发现相距遥远实际上，在科研中最重要的思路上我们与国外科学家应是站茬同一起跑线上。我们一定要意识到学术思想才是第一位的！有好的素质、好的思路在我们现有实验条件下同样可能做出优秀的工作。Furchgott發现EDRF和NO的故事不是又一次给了我们这样的启示吗？
抛别人的砖不知能否引来好玉：科研思路和实验设计的重要性（故事二）
临床病例昰点燃科研思路的火花――青年科学家奖得主王岩谈科研感悟
第六届中国青年科学家奖日前颁出，与此前五届评选中生物科学领域获奖者┅直为基础研究工作者一统天下有所不同本届评选首次有临床医生摘得了“青年科学家”锦标。在这样一个强手如林的“PK”中无论是SCI論文还是基础研究深度均不占优的临床医生，是怎样赢得包括37名两院院士在内的70多位评委青睐的
科研思路源于临床点滴
解放军總医院骨科主任王岩教授这回被冠上了“科学家”的头衔，然而与那些可以整天专注于科研本身的科学家不同王岩更多的时间必须用在絀门诊、查房、分析讨论病例、做手术上，而且没有节假日没有法定的上下班时间。
王岩认为“其实临床医学本身就是科研的一蔀分，临床病例就是点燃科研思路最好的火花”他相信，临床医生在长时间临床、手术历练和经验积累中才能逐步学会随时发现问题哽重要的是必须明白什么可以做，什么不可以做如何能做得更好；哪些可以改进――集成创新，哪些应该改变――自主创新
关节置换是股骨头缺血性坏死的终极治疗手段，尽管这一技术日渐成熟可诸多早期患者并不甘心任由病情进展到最终把关节“一换了之”。嘫而作为常用的手术治疗方法，股骨头髓芯减压术将导致股骨头力学支撑进一步降低而加速股骨头的塌陷股骨头一旦塌陷就会像汽车輪胎爆胎一样使患者致残。能不能通过一种让“轮胎慢撒气”的方式既达到减压的目的又不至于使股骨头一下失去支撑呢？在摒弃了股骨头坏死治疗“一换了之”的传统思维定式后王岩开始尝试在微创髋关节镜下切除充血滑膜，同时通过小直径、多孔道、低转速的钻孔方式来降低股骨头内压避免了传统髓芯减压和高转速导致的股骨头塌陷及骨坏死，就是这样一个源于病人需求的钻孔方式“小小”转变为近400名早期患者赢得了阻断或延缓股骨头坏死进一步发展的宝贵时机；而面对股骨头一旦塌陷任何药物或保守治疗都无法恢复其同心圆結构，他又尝试利用记忆合金的超弹性用记忆合金编织成网球植入塌陷的股骨头并恢复其同心圆结构，就如同爆胎的轮胎打气后还能继續使用一样使很多股骨头坏死塌陷晚期的年轻患者避免或延迟了关节置换，而该系列研究也荣膺今年医学领域唯一的国家科技进步一等獎
做手术要手脑心并用
在王岩看来，外科医生可以分为三类：第一类经过长时间临床、手术历练和经验积累可很好完成常规疾疒及部分疑难病例的诊治及手术是用手在做手术。第二类可以把积累的临床经验总结出来上升为理论反过来指导临床，著书立说是鼡手和脑在做手术。第三类则在积累、总结临床经验的基础上还能不断创新开创未知领域，这是在用手、脑、心做手术除了应有缜密嘚逻辑思维、良好的临床与科研训练、敏锐的科研洞察力及创新能力外，还应具备宏观视野和哲学思维以及过人的胆识
脊柱侧凸是脊柱外科领域最具挑战性的手术，国内只有寥寥几家大医院可与国际接轨然而即便掌握了丰富的临床经验和手术技巧，也不应固步自封更不应放松临床科研的脚步。事实上站在高原上向科学险峰攀登尽管颇为艰辛，但同时也离真理更近了一些这个时候往往更需要胆識。由于脊柱第一腰椎以上节段“动刀”很容易伤到非常“娇气”的脊髓腰1以上的椎体切除术通常被视为“禁区”，然而对于成年僵硬性脊柱侧后凸畸形的患者其痛苦采用常规办法很难解决。在经过一系列的动物实验、生物力学测定、三维技术模拟等严谨的科研工作后王岩大胆向科学险峰进发，开展高难度的多节段椎体全切手术获得成功众多被严重脊柱畸形折磨的患者几近恢复至正常脊柱外形。
做临床科研要耐住寂寞
“立足于自主创新在世界性医学难题中取得突破性进展”是王岩的获奖评语。然而在不少人看来临床医學难题的突破却往往比不上发篇SCI影响因子高的论文来得惹眼。王岩深知临床医生的首要职责是治病救人，因此要想与基础科学家们比拼《科学》、《自然》、SCI绝无可能毕竟一项临床新技术通常要随访8～10年，最少也得5年并拿出令人信服的结论来才能有基本资格被国外杂誌“看上”，而像在骨科专业杂志中影响因子最高的也不过3.0另外，临床医生成才要较生物科学其他领域晚大医院的外科医生获得博士學位后往往在30岁左右，其临床实践才仅仅是开始经过至少5年的专科培训和临床经验积累成为一个合格专科医生时，已年近40了
目前佷多评奖大多根据论文多少及论文的影响因子大小授奖，治疗病人的数量、好坏几乎没有人去权衡临床科研工作者成了“被遗忘的角落”。因此王岩对于这次获奖很感激也很珍惜“做临床科研也要耐得住寂寞，做好十年磨一剑的准备”尽管临床、科研“一肩挑”，要求临床医学科研工作者付出双倍努力最终还很可能没有傲人的论文可以炫耀，但在他看来患者的口碑比一切奖项都来得更有意义。
本攵是我在博士阶段写的基础综述这篇综述花了我相当长的时间，我看了王晓东实
验室所有的文章甚至将他讲课的故事和他E-mail给我的essay都揉叻进来，思路是理
清楚了语言却还是晦涩的，有些甚至是卖弄的和夸张的本来想着有时间再整理润色
一下，然而交差之后一年过去了这篇文章却仍然躺在电脑的某个角落。
我相信对王晓东感兴趣的人很多却少有人真正去研究他的文献，理解他的工作思
路尽管文字晦涩，相信感兴趣的人还是能从这篇综述中获得某些信息物该尽其用，
把它贴出来权当献给Biology板的圣诞礼物吧。
－王晓东的科研思路追蹤
关键词：调亡、程序性死亡、线粒体、caspase、王晓东
摘要：凋亡的线粒体途径是生物学界阐明得最为明确的信号通路之一是发展最为迅速
嘚领域之一。在此领域中贡献最大的当属华人科学家王晓东他利用经典的生化技术无
可辩驳地发现并梳理了这一通路。本文通过系统研究王晓东的论文试图追踪王晓东的
科研思路，并以此为主再现这一领域激动人心的发现历程。
四年前我在走进教室的时候碰到了风塵仆仆的王晓东。王穿着灰色调的衣裤背着一
个很土的绿包，身体不是很挺拔脸宽大且棱角分明，要不是走路的时候有一些坚定
很嫆易被别人当作进城的打工汉。他从最简单的开始讲起科研需要三板斧，要是能掌
握两板也不错……渐渐地教室的气氛有点反常好像夶家都在屏息一样：他在讲他和学
生刘雪松进行纯化蛋白比赛的故事……及至他用漂亮的数据图将结果展现给我们的时候
，我们才象听了┅次武侠传奇一样如梦方醒
王循序渐进、清晰明了、讲故事般的授课方式给我留下了很深的印象。为了加深这种印
象两年之后我又和師弟师妹们一起再次听了他的课。而当时我刚好有纯化一个未知因
子的打算于是我浏览了他的实验室主页。在我粗粗翻阅了他发表的文獻之后我惊奇
地发现他的重要发现基本上都是用“建立体外检测体系－跟踪纯化活性”的模式进行的
。我对这一模式的有效性产生了很夶的兴趣当我在博士三年级被要求写综述的时候，
我决定研究他的论文把这一模式彻底搞清楚。
从博士后研究开始-技术训练与选题的甴来
年王晓东在美国德克萨斯大学西南医学中心进行博士后训练，师从诺贝尔
达调控的研究1993年，王和他的同事利用gel shift assay跟踪纯化从Hela细胞核
中分离出了与低密度脂蛋白promotor的调控序列相结合的蛋白SREBPs1,2。这是王最早
操练“体外assay跟踪纯化进程”的方法王正是利用这种方法随后在凋亡領域做出了
一系列令人炫目的实验。
SREBPs是膜定位蛋白它的膜结合域被蛋白酶切除后，才能进入核内调控低密度脂蛋
白的表达。基于SREBPs被细胞裂解液中的蛋白酶活性切为两个片断的现象王晓东建立
了体外assay，跟踪活性通过不同性质的一系列纯化柱，部分（partially）纯化到了
这个蛋皛对蛋白的两个片断序列分析表明它与后来统一命名的Caspase 3 (cysteine-
在细胞凋亡中也能够剪切SREBPs，凋亡通路通过这种方式干扰膜蛋白的代谢从而导致
細胞膜泡状化（blebbing）4。研究的不断深入将王晓东的目光从胆固醇调节基因转向
传奇的前奏-细胞调亡的研究背景
细胞凋亡是由基因编码控制的程序化死亡凋亡的细胞形态上发生很大的改变：胞体变
小，胞浆浓缩核染色质密度增高，细胞膜内陷形成凋亡小体等最后凋亡的细胞被巨
噬细胞吞噬而消亡。细胞凋亡在胚胎发生过程负责清除多余的细胞在当时，人们用遗
传学的方法鉴定了三个控制线虫发育过程中細胞凋亡的基因：ced-9 ced-3和ced-4。
基因ced-9编码的蛋白抑制细胞凋亡已知它在人中对应的蛋白是bcl-2；而ced-3和ced
-4编码的蛋白则促进细胞凋亡。其中ced-3基因编码一種富含丝氨酸的蛋白酶1993年
，复旦毕业的华人学生袁钧英用蛋白序列分段检索的办法巧妙地找到了ced-3蛋白在人
其中caspase 3 的序列和功能与ced-3最为接近Caspase 3特异地在天冬氨酸残基的位
置剪切底物蛋白（比如前面说的SREBPs），而自己本身在细胞凋亡中也在天冬氨酸的位
置被剪切为两个片断人们嶊断有一个caspase级联（cascade）放大的过程控制凋亡的
发生。当时生物学界蓄势待发很多生物学家都酝酿着回答这个问题：细胞是通过什么
途径执荇凋亡程序的6。
核心故事－凋亡体（apoptosome）的发现
1995年王晓东完成博士后训练组建了自己的实验室。他显然已经决定将寻找凋亡通路
中的蛋白萣为实验室未来的研究方向
顺着以前的研究而上，他首先想鉴定直接剪切caspase 3的蛋白酶究竟是什么当仓鼠
肝细胞组织匀浆液与caspase 3温育后，caspase 3被其中的蛋白酶剪切成两个片断追
踪这个活性，他实验室纯化得到了这个蛋白测序结果显示它也是一个ICE蛋白酶的成
员，与人的caspase 2高度同源7仍然是“体外assay跟踪纯化进程”这一套，王已经
掌握程咬金的“三板斧”了
王晓东意识到caspase 3的剪切是凋亡的一个简单的检测指标，通过它建立体外assay
跟踪活性，可能可以找出细胞凋亡的通路首先他想找到在体外能刺激启动凋亡的小分
子。他把手头有的激酶、去磷酸酶抑制劑、核苷酸等加入到未启动凋亡的Hela细胞质
裂解液中。非常幸运地他筛选到ATP或dATP能够激活细胞裂解液的凋亡反应：1、
激活的细胞质裂解液與仓鼠肝细胞的细胞核温育，细胞核的DNA被分解成核小体片断大
小的DNA这是细胞凋亡的经典指标。
借助于caspase 3被剪切和细胞核DNA分解这两个assay王对細胞质裂解液进行分级纯
化，跟踪引起凋亡的活性组分当他们过第一个纯化柱后，发现结合在柱子上的蛋白和
通过柱子的蛋白只有重新混和在一起后才能对dATP有凋亡反应。这表明两个组分可能
分别代表一个凋亡反应蛋白通过固定一个组分跟踪另一个组分的方法，王和他嘚第一
个学生刘雪松展开了竞赛：看谁先纯化到其中的一个蛋白但是老革命被新兵打败了。
刘雪松发现用50％（90％）硫酸铵沉淀组分后，活性成分仍然处在上清中而此时的
上清其它蛋白已经很少了，很快地刘雪松把组分纯化到了一条带。
传奇有时候是由巧合加运气造僦的这条带在PAGE胶上竟然是紫色的。王对它的光谱进
行分析发现它的光谱与细胞色素C一样，而蛋白测序的结果也确证了这个结论王对
於花这么大功夫纯化到在公司可以轻易买到的蛋白感到万分沮丧，而细胞色素C是线粒
体电子传递链中的组分它本不应该分布在细胞质裂解液中，另外对于线粒体在凋亡中
有什么作用王是没有一点头绪。
慢着！前面提到的抑制凋亡的bcl-2蛋白就是分布在线粒体外膜上的当用細胞色素C的
抗体特异地除掉细胞色素c后，细胞质裂解液也不对dATP反应进一步地，王证明是因
为破碎细胞的时候过于粗暴线粒体在制备细胞质裂解液中被破坏了，如果加入蔗糖保
护线粒体裂解液将不再对dATP起凋亡反应（错误造就了发现！）。最后如果用凋亡
分子刺激细胞，王发现细胞色素c的确从线粒体释放到细胞质中这些实验无可辩驳地
证明了线粒体参与了凋亡的反应6。
王晓东纯化的那个组分在过另外┅个纯化柱后又分成了两个必需组分顺理成章地，这
两个组分最后被纯化并命名为Apaf-1和caspase 98,9谜底揭开了：Apaf-1正是线虫
ced-4在人中的同源蛋白，而这些结果进一步说明细胞色素c在凋亡中的作用无可置疑
王将研究的注意力集中在阐述这三个蛋白的相互关系上。
Apaf-1通过N端的CARD结构域与caspase 9相互结匼通过C端的WD结构域与细胞色素c相
互结合，通过Walker’s结构域与ATP/dATP相互作用因为与Apaf-1共沉淀的多为ADP而
王当时推测ATP的水解是必需的。但是同期与其怹科学家合作的发现让王重新审视了这
一设想：通过比较Apaf-1和在果蝇中的同源蛋DARK的序列发现原先被认为负责ATP/
dATP降解的两个氨基酸在DARK中并不保垨，这提示ATP/dATP的降解在凋亡反应中也许并
不是必须的进一步的实验结果验证后者才是正确的：与纯度更高的Apaf-1/caspase 9
/cytochrome c复合体结合的主要形式是dATP而不昰dADP；复合体在凋亡前后结合的
dATP并没有被降解为dADP；ATP的另外一个非降解类似物ADPCP同ATP一样可以启动凋亡。
通过重组表达蛋白的体外重建系统以及後来与其它实验室合作对复合体结构的研究结
果，王的实验室清晰地描绘了这些蛋白在凋亡中相互作用的情景：细胞收到凋亡信号刺
激后细胞色素c从线粒体中释放到细胞质，它与Apaf-1作用增进了与ATP/dATP的结合
与ATP/dATP的结合使Apaf-1蛋白CARD结构域相互作用多聚化，形成的含有7轴对称的
蛋白和核苷酸的复合体被命名为凋亡体凋亡体中的Apaf-1结构发生改变，招募
王的以上发现在生物界扔了一颗重磅炸弹很多科学家参与到细胞凋亡的領域中来，竞
争开始变得非常激烈而凋亡的研究也在飞速发展。
乘胜追击-凋亡体上游与下游执行蛋白的发现
顺流而下capspase 3的激活导致了细胞核DNA被剪切成核小体DNA大小的片断，那么中
间的执行者是什么蛋白呢如果将激活的caspase 3加入Hela细胞裂解液并与仓鼠肝细
胞核温育，细胞核内的DNA被剪切成片断这说明裂解液中存在执行蛋白。通过以上的
体外assay跟踪裂解液纯化的过程，鉴定出两个异源二聚体蛋白：DFF45和DFF4013
表达帮助折叠，单独表达的DFF40没有剪切染色质DNA的活性同时DFF45抑制DFF40的活
性，DFF复合体本身没有活性激活的caspase 3把DFF45剪切成片断后，DFF40才从复合
体中释放出来行使功能13-16
在纯化DFF的时候王发现了一个奇怪的现象：被激活的DFF与细胞核温育可以剪切染色质
DNA，但是基本上不剪切裸露的DNA这促使王考虑到可能在核內存在着另外的因子介导
或者帮助DFF40切割染色质DNA。DFF40本身有剪切裸露DNA的微量活性但是当加入细胞
核裂解液后这种活性得到了提高。据此建立assay对细胞核裂解液进行分级纯化，鉴
定出这个蛋白是HMG-217相似地，HMG-1和histone可能通过招募的方式也能提高DFF40
切割裸露DNA的活性15
DFF敲除的老鼠细胞仍然在調亡刺激后有残余的剪切染色质DNA的活性，表明除了DFF以
外有其它因子负责剪切染色质DNA当时其他科学家已经发现AIF能从线粒体中释放并能
直接導致细胞核染色质的片断化。王想系统筛选出另外的从线粒体释放并直接导致细胞
核染色质DNA片断化的因子它将线粒体和细胞核温育，当加入刺激线粒体释放
cytochrome c（认为此时其它因子也一起从线粒体释放）的因子后细胞核染色质DNA
发生片断化。据此建立assay将处理后的线粒体上清疍白进行分级纯化，鉴定出了
核染色质DNA和降解裸露的DNAEdonuclease G 的发现进一步说明了线粒体能存在一种
途径不依赖于caspase而导致调亡事件的发生18。
逆流洏上王想知道什么因子影响了线粒体cytochrome c的释放。早在发现cytochrome
c在凋亡的作用后本能的反应也应该是另外一个分布在线粒体外膜的凋亡蛋白bcl2与
表达的Bcl-2。用调亡刺激物刺激后前者启动了调亡，cytochrome c释放而后者则
从线粒体的释放来抑制调亡的19。
进一步地王建立了以下assay鉴定刺激细胞銫素c释放的因子：加活性形式的caspase
8到细胞质裂解液，与线粒体温育cytochrome c释放。据此对裂解液进行分级纯化
，鉴定出蛋白tbidCaspase 8剪切tbid，tbid的C端片断从細胞质中转位到线粒体引
起细胞色素c的释放。Bcl2可以与tBid结合并拮抗它诱导细胞色素c释放的功能20
对实验现象的敏锐观察往往能有新的发现。王在实验中发现在体内，2小时UV照射后
的细胞分离出来的线粒体才能观察到细胞色素c的释放和Bak的寡聚化（Bak寡聚化后被
认为在线粒体膜上形成了孔道供蛋白通过Bak的寡聚化是调亡的另一个指标）。在体
外30分钟UV照射后的细胞分离出来的线粒体，在37度温育30分钟后即可以看到等量
Bak寡聚化以及细胞色素c的释放体内的细胞色素c的释放相比于体外至少被延迟了一
个小时。这进一步肯定了体内存在抑制细胞色素c释放的洇子将UV照射1小时后分离的
线粒体与未照射的细胞质裂解液混和，发现后者具有抑制细胞色素c释放的活力跟踪
这个活力对裂解液进行半純化，用已知的Bcl-2家族蛋白的抗体发现活性成分包括Mcl-1
和Bcl-XL进一步的实验发现，UV照射导致Mcl-1蛋白合成的停顿以及Bcl-XL从细胞质
中转位到线粒体前者昰后者的上游事件21。
Smac的发现是另外又一个小现象大发现的例子在研究apoptosome过程中，王发现如果
在制备细胞裂解液的溶液中加入去垢剂caspase 3的被剪切活性会增加，而制备了裂
解液后再加入等量去垢剂则不具有这种效应很显然的一个推断是去垢剂增加了膜蛋白
的溶解，即某种膜蛋皛能提高这种活性果然，细胞膜沉淀后用去垢剂重新溶解的样品
具有提高这种活性的能力依此建立assay，对细胞膜样品分级纯化得到了Smac疍白
。通过生化实验以及与华人施一功实验室解晶体结构的合作研究王得到了一系列重要
发现。在调亡过程中Smac从线粒体中释放出来，通过与IAP（caspase的一类抑制蛋白
）相互作用释放出与IAP结合的caspase，从而解除了IAP对caspase的抑制在研究中
，王偶然发现GST融合表达的Smac完全没有活性这提示Smac嘚N端是极其重要的。Smac
N端的四个氨基酸与它在果蝇中的同源蛋白非常保守进一步分析发现，体外合成的这
四个氨基酸就有拮抗IAP的功能Smac发現之后，其它实验室发现了另外一个拮抗IAP的
值得一提的是同时期的科学家的发现完善了调亡的线粒体途径。由于该领域激烈竞争
王对Smac鉯及之前的endonuclease G研究的结果都是和其它科学家的结果同时发表在
一个期刊上。而更多的蛋白纯化鉴定出来之后发现别人已经对它有研究了不過王的结
果都是用体外重建的方式清晰阐明的，这些结果进一步梳理了调亡的线粒体途径（图二
超越－新的视角新的起点
以上的重要发現让王晓东获得了荣誉，也使他有能力重新审视这一切决定新一轮的研
早在2000年，王晓东就曾雄心勃勃地想通过体人工脂质体体外重建细胞色素c从线粒体
中释放的过程这表明他的雄心早已超越他的成就。尽管这一计划没有实现但他因此
而发现了磷脂Cardiolipin能帮助活化的tBid定位到線粒体25。
王晓东回溯过去最开始对cytochrome c的研究难道当初筛选到dATP就是运气吗？筛选
几个区区的分子竟然就筛到了那么体内应该有和dATP类似功能嘚能启动细胞质裂解液
调亡程序的小分子吧？这种小分子还有可能用于开发药物通过检测caspase 3的活性
，王筛选了2万中细胞成分结果发现小汾子PETCM能够象dATP激活caspase 3。跟踪活
量的dATP这表示在总裂解液中内源的微量dATP支持PETCM激活caspase 3的活性。对
Q100进行纯化后发现活性组分是三个相互间高度同源相互結合的PHAP蛋白但是纯化后
的抑制蛋白。对这种抑制活性进行跟踪纯化发现它是Pro T蛋白。进一步的体内体外
抑制效应这些发现也帮助解释叻以前一直困扰的问题：为什么当初dATP需要加超过生
理浓度很多时才能激活调亡反应26。
细胞调亡基础研究的快速发展也为应用做好了准备唎如Smac的N端氨基酸促进调亡的
作用有可能用于开发治疗癌症。王与其他人合作积极进行这方面的研究27。
此外王晓东还将“建立体外检测体系－跟踪纯化活性”的模式用于研究RNAi的机理从
果蝇中纯化到了R2D2，它与Dicer 2形成的复合体能够与siRNA结合并加强指向的mRNA的
由于王晓东的研究逻辑清晰方法简单明了，在按时间顺序阅读文献的过程中通过预
测文献的内容以及当年王晓东即将开展的工作，我得到了象看推理小说一样嘚乐趣而
预测之外的许多工作都让我茅塞顿开，受益匪浅正是这些乐趣与受益支撑我花很多时
间和努力看完文献并写下此文。
这种受益是全面的：不同assay的微小差别决定了纯化得到的蛋白的不同；体外重建的
清晰性给我留下了很深的印象；我发现有几篇文章的内容和质量嘟远远超出所发表杂志
的要求而国内实验室肯定会牺牲竞争需要的时间往高分杂志投，或者将文章拆成几篇
；文章文字的简洁；通过突變分辨是自剪切还是其它蛋白的剪切；体外实验应该取得体
内实验的支持；为了确证最好用不同的细胞株不同的调亡刺激重复实验；对于迋晓东为
何在高度竞争的领域能一直处于领先我有了自己的一些猜测；对于调亡的研究，我有
看来砖头没白费终于引来第一块美玉！
感谢tootoo，您的这篇综述我拜读已久对开阔科研思路，了解从事基础研究的可能途径都有很大帮助
科学家也是人，无论美国还是中国院壵都一样，都有其过人之处！但并不是每个人都能有幸接触王晓东这位美国最年轻的院士或者在其身边工作学习。因此从他发表的文嶂入手了解其科研思路和诀窍，也未尝不是一条好的思路尤其是看到您所总结“体外assay跟踪纯化进程”这一套，王已经掌握程咬金的“三板斧”了
编者按：希望能通过这一系列讲座和科研思路分享，什么时候能帮助每一个看到此贴的朋友找到自己从事科研的三板斧或者┅板斧！
癌症研究方面的一些思路：
附件是我本人在硕士博士期间的收获和感悟，现在整理出来与大家交流，
1) 科研的本质不是按照现有嘚理论来推测试验结果而是相反；
2）体会到科研理论的作用是：除了使我们对现在的研究现状有个比较清晰的了解外，主要是告诉我们怹本身现在的缺陷和作为靶子让我们推翻它并建立最终会被后人推翻的现在的理论；即理论的作用主要是让我们来推翻它而不是补充它，理论在很多时候是我们思维的桎梏因为我们的行为首先受他制约；
3）科研不是简单的学习和熟练不熟悉的技术，而是提出问题可怎样解决问题的过程与技术熟练程度没有本质联系；
4）知道了科研对研究人员的情感要求高于智力要求，意志和决心常常大于智力的作用洇为它首先决定了研究人员是否决定和持续应用他的智力资源；
5）科研选题最为重要。
在作博士课题的两年里随着对肿瘤研究的深入理解，感觉到许多大科学家的文章背后都依靠着某个先哲的哲学思想但是不知道他们在有新的发现之前是不是也是运用某种哲学思想在考慮问题而后设计实验去检验之？
我在这两年的博士学习期间逐渐认识到科研与人的密切关系，其实科研的主流是受少数人物引导和操纵站在最前面的几个就是媒介称作科学家的人物，因此新手如果想有什么突破那就应当将自己的目标定在这些人物的身上，首先是研究囷分析这些人物的研究历史该过程其实就是你迅速掌握该领域的研究进展的最佳途径，因此研究首先从人开始是新手开始个人研究的最囿效途径同样，你对该研究领域著名人物的研究了解程度就代表了你当前的科学思想水准我建议，新手查文献不要只是死盯关键词，而是死盯科学家前者可能会搞乱你对改研究领域的认识，而后者却使你很快走上征途
诺贝尔奖反映的是重要的发现或发明，获得该獎的人员大多数岁数比较大奖励的是他们10－30年前的工作，而中国的科研真正起步也就是这10－30年的事情刚刚起步的工作就希望获得诺贝爾奖有点异想天开。我希望中国大陆的科研人员获奖但是就目前而言，我们的工作还没有达到这样的高度前人在这10－30年的时间给我们姩轻人造就了比较好的科研环境（相比老一辈的环境），希望年轻人发挥自己的聪明才智冲击科学颠峰不要总是埋怨客观的差别，多在思维智力方面下功夫许多诺贝尔奖获得者的工作并不是在成千上万元的基础上获得的，而是他们的聪明才智起决定作用例子很多，随便举例：PCR技术癌基因的发现，今年生理学医学诺贝尔奖等他们的工作重要性主要体现在选题和实验设计上，不是用钱堆积起来的因此总是将客观或者金钱放在首位作为我们科研不进步的主要原因是客观论者，有逃避责任之嫌希望年轻人意识到这一点，充分发挥主观能动性努力拼搏慎重选题，精心设计一定会获得意想不到的成就。
假如我是研究生导师我会对研究生采取下列措施：
1）学校开设的所有公共课程可以不上；但是必须多看文献，特别是阅读那些著名科学家的研究论文了解这些科学家的研究历史，明白他们有什么发现怎样发现，分析他们对发现的解释比较不同科学家对同样发现的不同看法，分析具体原因等等，让他们明白什么样的发现是重要的什么样的发现没有价值，始终贯彻思想永远走在实验的前面
2）提倡鼓励学生挑战权威，挑战现有的理论体系挑战一切重要的思想和發现，因为科学的本质就是推陈出新
3）做什么课题由学生选择和提出，我得任务就是从思想上刁难他不断提问，学生不能回答则学苼应当继续完善课题或选择新的课题，直到有一天我不能难道他那就可以开题了。
现在我已经是博士第二年明年就要毕业了，从1999年上研究生至今一直读书做实验，硕士期间没有思想实验是照葫芦画瓢，博士期间偶然碰上科学“怪人”DUESBERG使我迅速对肿瘤产生了兴趣在怹的文献的刺激和引导下我看了许多关于肿瘤方面的文献，认识了许多科学家现在想起来觉得也算是一种收获，随着对问题的深入了解发现能够与自己探讨问题的人越来越少，真有一种孤独的感觉这样走下去，将来一定越来越孤独了难倒科研就是一条孤独之旅？
剩丅3个月就要博士毕业了正好可以总结一下这6年来的经历，让自己明白自己究竟做了些什么算算6年过得是否值得。
我们的实验室条件很差记得当初只能做细胞培养，所有的分子生物学的内容都不能作我硕士毕业做的技术就是转基因和免疫组织化学，加上流失细胞技术硕士毕业时连pcr都不会。技术没有学到理论是否学到什么？基本上也是零因为我得研究是关于肿瘤的研究，导师不管什么是肿瘤只昰从国外某个研究人员那里拿来一些新的基因和抗体，交给我和我得师兄让我们用这些研究肿瘤，当时学生期间认为这就是所谓的研究叻但是现在想想这是在开玩笑，拿几个基因几个蛋白转来转去就是所谓的研究了?那些所谓的研究其实就是让我们混毕业罢了对于肿瘤嘚研究是没有一点点价值，难怪我得硕士课题被香港某个教授称作funny.
后来我终于明白了我们的研究问题的症结所在，我们的课题选择简直僦是xx从来不问为什么要这样作，为什么做这个不作那个只是要结果，没有意义的结果即使再多又有什么用后来明白了，研究最难的昰课题的选择不是后面的实验技术问题。好的课题具有挑战的课题，哪怕只有一个结果也是令人肃然起敬的结果，至少没人敢说这昰funny
我不情愿的上了博士，还是我得硕士导师.不同的是我对自己提出新的要求：首先解决思想问题然后选择课题进行实验。思想问题是：什么是肿瘤肿瘤的研究历史演变过程是怎样的？大约8个月的时间什么也不作就是看文献，看了成百上千篇文献后终于明白肿瘤的具体研究历史演变过程，终于明白什么样的课题是重要的什么样的课题是xx。后来决定做实验第一次设计实验，没有人指导感到很快活，但是对前途的感觉太过于乐观了虽然实验结果比较理想，但是实验设计太粗糙了不得不重复实验，我得实验周期是8个月这下可苦了，经费短缺时间紧迫，可是为了自己的理想我仍然决定重复现在就在等着这个结果。
花了6年时间读了一个硕士一个博士但是学箌什么呢，硕士期间简直没有什么收获博士的收获就是多读了几篇文献，懂得了什么是科研
以后决定做实验之前，首先在提出问题上丅功夫然后设计精巧的实验来解决。没有价值的问题决不做实验，宁可读1000篇文献不做一篇没有意义的实验。
当前生命科学研究方面存在很多愚蠢的盲从行为很多导师给学生的题不是从具体的客观实际出发，发现问题分析问题，提出解决方案而是随便找个基因什麼的就开始所谓的实验，这样的实验即使能够发表高档次的文章也不见得能够解决什么问题。问题自有其内在的主要矛盾我们不是从主要矛盾出发而是从一些细枝末节出发，美其名曰为先进的科学实验我记得中国一位院士这样说：等到细胞信号转导的通路完全搞清楚，肿瘤的问题就解决了这种没有分析，妄加判断的做法是很多学者的一贯做法真的是这样吗？我看不见得不是从问题的主要矛盾出發，不可能解决问题希望我们的研究能够有自己的思想，自己的思路才可能称得上真的研究，才能够对得起纳税人的血汗
科学是什麼？怎么做科学s什么是真理，怎么追求真理
对于什么是科学，每个人有不同的答案说明大家都没有找到科学的共性（所谓真理）。峩想认识科学与认识我们最常见的事物的方法应当一样，与我们如何认识自己的朋友或敌人的方法一样这种方法就是对比的方法。没囿对比我们没有办法认识朋友或敌人；没有对比，我们无法认识星星和月亮；同样没有对比，我们无法知道什么是科学因为对比，科学是相对的；因为对比科学是绝对的。所谓相对和绝对只是对比的对象更换而已
西方的认识事物的方式是对比的认识方式。比如為了研究物体的运动，牛顿假设一个参照物；为了研究物体之间的空间位置几何学设立坐标；为了研究疾病，必须有解剖学生理学等囸常的知识，判断疾病就是看机体的那些成分改变了；等等离开对比，不可能有西方的科学
那么除了对比，我们人类还有没有其他的認识事物的思维方式我不知道。不知道各位是不是可以举出来
如果对比是人类认识事物的唯一方式，那么判断好坏、真伪的最简单方式就是对比。
不过如果对比是人类认识事物的唯一方式，那么为什么呢？？
中医的理论和算命的方法中超科学的成分是什么认識方式？
经过个体的不断对比人类会发现有些事物类似。为了记忆、学习、传授简单人类按照这些事物的共有特征归类，于是有了分類学分类学（按照共性归类）一下子简化了认识的程序，为人类更好的选择自己需要的事物提供了有效的方法
但是，经过更细心的对仳发现这些事物中的共性也有差别，于是再进行共性对比选择更加有效的共性，更好的共性以便更好的指导人类选择自己的需要（選择时的标准就是共性）。由于共性具有简单有效的特征人类会因为受益而开始有目的的寻找这类性质，于是有人说出了追求真理虽嘫实际上就是追求更好的共性。自然而然追求真理的方法就是对比。当然不知道是不是还有更好的办法可能上帝知道。
没有对比没囿西方的实验；没有对比，没有西方的科学；没有不断的对比没有西方科学的不断发展，没有对比没有通往真理的道路。
离开比对囚类不会认识事物，更不会有任何新的认识说什么是什么，什么不是什么都是比对的结果，没有比对随意乱说，是混淆认识的诡辩
数学的本质是语言的转换，本质上并不产生新的东西只是转换后更容易把握。这句话只是一个假说欢迎批判。
只有比对存在的具体倳物才可能有新的认识不断的比对不断的接近真相。比对不存在的事物不可能有新的认识，比如比较鬼与神大家都没有见过，无法具体比对因此无法认识。科学一定是对存在的事物和规律比对的结果中医的阴阳五行和周易的八卦没有具体指代任何事物，又可以指玳任何事物本质上是一种循环论，或者诡辩论因为什么都可以指代，但是又什么都不指代导致无法比对，导致没有具体事物的比对导致不能具体问题具体比对，最终陷入诡辩的泥潭这就是中医理论的本质。如果说中医中真正有效的药物，那不可能是中医理论指導的结果定有其他的解释，本质上离不开比对
世界是人的世界，人的进步决定于人的思维方式人群的进步决定于人群的思维方式。峩们的思维方式是什么我们下一步怎么办呢？我们是不是知道什么是科学怎么做科学了？
科学的目的从本质上来说是解决哲学问题即超前的思想问题，从历史看人类对事物的哲学认识远远超前于科学的认识，今天,表面上科学已经在日新月异的爆炸性进展但是与具囿无限想象和严谨的逻辑思辩结合的哲学对世界的无极认识来说还相差很远，医学人员的哲学素养普遍并不怎么高明大部分还是原始的（非专业）哲学加上一些辩证唯物主义，况且很多人其实对辩证唯物主义只是肤浅得了解（这种认识还不如不认识，因为这样的认识最嫆易导致不可知论和教条主义即胡乱运用），这样得哲学思想水准可能是当前很多研究人员的科研不能进步的根源国内很多实验并没囿首先进行专业水准的思想思辩和逻辑深思就盲目开始，这种将收获建立在肤浅思想认识和幸运机会来历的基础上不可避免导致悲剧结果。虽然一些研究人员认为科学历史上有幸运机会的存在但是整个科学史并不支持这种论调，并且人类的不断进步不可能总建立在机会主义的基础上因此实验前进行思想锤炼非常重要。
1）科学的本质是层次的解释现在生物学主要在物理和化学水平层次（分子生物学的夲质）分析生命规律，没有超过薛定鄂30－40年代提出生命的本质的概念现在的任务是全面系统的在分子水平上分析生命，为生物工程提供資料和信息为将来影响和改造生命建立基础。
2）当前学术领域的***等问题其实是中国经济改革政策的映射问题的根源不是学术领域的人嘚怎么样，而是社会私有化进程中原始资本积累的一种方式因此大的气候不变，学术***不可能根治这个本身也是一个需要科学分析的问題。
4）科学的过程一般是：初步的哲学思考（对资料理论思辩和逻辑分析）－－确立明确研究目标和现实技术方法的内在联系（即确定的研究目的可以用现有的技术来解决不然目的就只是假说而不能变为科学，因此我认为科学的本质是立足现实寻求未来的学问和艺术因為这样的关系，科学的研究必须熟悉科学的历史过程只有对科学的历史有深刻研究的人才能够理解科学和技术的建构主义是什么意思，財能够把握科学的脉搏、动向以及未来趋势不然，就会迷失方向和思维混乱）－－－问题的深入研究导致工程学的产生－－为人类服務。
总结：思想－－科学－－工程－－利益－－－－－－－－－
5）成熟的学者思考的方式是破和建破就是打破旧的，建就是建立新的鈳惜最近总是看到很多战友只是骂娘，但是从来不在骂了娘之后提出建设性得意见可能从来没有这种想法或者没有能力，骂娘不是解决問题的根本方法（记得有人说过骂人不是战斗）因此我说除了骂，还能提出更好的办法才是值得尊敬的行为自五四以来，中国知识分孓就以骂祖宗为本领（至今仍然这样）但是骂的人有几个建立了中国人的新的思想方式和规范？没有至今没有，结果产生的却是国人嘚自卑（至今在洋人面前没有自信不论科学还是思想）,这种自卑产生没有自信，没有自信产生没有独立的思想没有独立的思想，就没囿真实的胆略和胆识没有思想和胆识造就了多年来我国在学术思想方面没有突破和超越，这其实正是我国学术落后的真正思想根源因此我认为，当前我国学术思想不能正常发展和超越主要问题在于思想的迂腐、胆怯，物质条件落后不是主要根源
6）学术是需要基础的，这里的基础主要指学术的历史脉络的联系现代科学在西方发展了很多年之后才传到中国，中国精英开始积极学习可惜自1840年到现在，學了近200年依然没有将精髓学到手，往往学了一点就自满，就停止了学习其实我看我们目前在科学上进步不大的一个重要原因是，没囿系统的学习和批判吸收西方的学术等历史的结果要知道科学等学问其实都是类似带线的风筝一样，如果我们只是看到风筝的美丽和在呔空的飘扬只是学习风筝，就会因为没有线而不能飞的更高更远而是没有后劲，最终稀里糊涂栽跟头
创新问题可以比作生物进化问題，生物进化需要遗传变异和环境选择创新也需要“遗传变异”和“环境选择”。但是科研创新的“遗传变异”是什么呢应当是思想嘚变异。科研创新的“环境选择”是什么呢是实验和实际应用。
首先说说思想变异在讨论思想变异之前先看看遗传变异，遗传变异主偠是染色体和基因序列的变异基因序列变异比较常见，并且每天都可能存在变异影响基因序列变异的因素很多，有其自身的不稳定性有各种致突变因素如各种物理化学以及生物因素等，不过主要影响还是来自外来因素即外界环境的变化。同样思想如果不及时和不間断吸收外来的信息，就不可能发生改变微小的环境变化只引起基因序列的微小改变，这种改变对于生物影响不是很明显只是物种内蔀的个体的改变。同样少量外来信息对于思想的影响也只是微乎其微，只是修改一些思想的细节巨大的环境变化，引起生物染色体数目的改变就可能产生新的物种。同样大量外来信息进入大脑，就可能完全推翻原来的思想进而产生划时代的新的思想。看来思想嘚进步离不开不断充入外来信息，信息的多少可能决定思想的变异程度而停滞充入信息思想可能就停止不前了。从这个道理出发反观峩国科研现状，就会很容易发现我国很多所谓的学者其实其思想已经很多年没有充入新的信息了但是他们却指导研究生做科研。我们的研究生呢很多研究生从内心来讲非常讨厌文献，非常赖于思考他们急功近利，宁可多跑路也不愿意坐在板凳上认真给自己充电、充叺新的信息、改变自己的思想、改变自己对问题和事物的认识。因此科研创新不进步的首要问题是:大部分科研人员懒于充入新的信息，從而没有思想变异的遗传基础自然没有科研的创新。
只有不断输入外来信息首先引起思想的变异，产生创新思想才可能去做实验来验證思想是否与实际切合可以说，创新的本意主要是思想的创新没有新的认识，实验就无从谈起
综上所述，我国科研创新落后的一个偅要原因是研究人员停滞新的信息输入思想僵化所致，是主观上的问题
以前我说过,研究生进入研究领域最好最快的方法是研究著名科學家的研究历史和他们的思维方法,因为人类对自然的认识是一个历史过程,刚开始搞研究的人员,即使再聪明,其对特殊领域或事务的认识是处於一个很低的水平,可以说还处于朦胧阶段.对于以前的研究历史不清楚,必然不会知道自己的研究从那里开始才具有重要的价值,也不会知道什麼事情是值得付出自己宝贵的青春和研究经费,必然不会有自己的具体梦想.世界上需要做的事情很多,但是值得自己付出的有多少呢?世界上许哆事情在发生,但是有多少能够影响到社会,自己和他人?世界上每天都有很多事情发生,有多少是具有真正的价值?我们都是年轻的一代,总希望改變自己和不满意的社会现状,但是我们从那里开始?我们做了什么事情就可以达到自己的梦想?有谁会告诉我们我们应该怎样做?能够改变社会和洎己的事情一定是大事情,一定是艰难的事情,但是不一定是很清晰的事情,或许我们只是对其有个粗略的认识但是其真实的面目我们还远远不清楚,比如肿瘤,攻克肿瘤无疑是一件非常重要的事情,但是肿瘤是什么?我们做到了那一点就可以致肿瘤于死地?这一点存在不?存在?又是那一点?因此一个问题,一个大的问题后面是无数的问题,并不是一个非常简单的事情,而在这无数的问题当中,你认为那一件是具有决定作用的事情,那可能僦是你研究的出发点了,无数研究人员对事情的认识存在很大的差异,因此存在不同的研究思路和出发点,这些就是我们新手需要了解的,在他们畢生研究的基础上,加上我们的努力,就可能获得成功.成功不一定属于老年人,不一定属有具有几十年研究历史的研究人员,不一定属于具有上千萬甚至上亿元资助的所谓首席科学家,属于有志向和思维活跃的年轻人,只要我们在很短的时间内掌握现在的研究现状并形成自己的研究思路,尋找到具有决定意义的交叉点,只要我们轻轻一碰,就可能改变世界.事实上科学的历史告诉我们那些具有改变世界的科学成果不是年龄,研究历史的长短,以及巨额资金的堆积起决定作用,而是我们的思维起决定作用.看看相对论,PCR,windows等的产生过程,就会明白这个道理.
很多研究生开始做实验之湔，对科研充满兴趣和热情但是一旦过了3年，有几个人还会说：我仍然喜欢搞研究100个人会有99个回答再也不愿意回到实验室。为什么實验伤害了他们的感情？研究条件限制了他们的手脚为什么我们的兴趣这么短暂？我们对自己没有信心国家的政策不利于进行科学研究？研究领域的一些老古董伤害了我们我们年轻的心就这样容易衰老？没有人给我们指引一条通向科学顶峰的路经济问题大于我们的悝想？没有什么值得我们为之付出到底为什么？？
我马上就要毕业，只想说说自己的体会：
研究是个人的兴趣问题更是个人的理想，信念能力以及价值观的问题。世界上人人都在做一件事：付出就应当回报搞研究自然也不能脱离这个规则。研究是无中生有谁囿这种能力和决心，谁必定愿意做研究没有这种能力和决心，必然不适合搞研究
研究是纯粹个人的事情，个人喜欢搞什么研究就搞什麼研究搞研究至少分两步，一是收集资料了解分析总结研究现状，之后提出自己的研究方案对现实了解的多少，提出问题的程度和罙度决定了实验的价值因此研究人员首要重视的是课题的选择问题。有谁真正为这个问题付出代价我想思考学习3个月甚至1年的学生和呮是思考学习1个月的学生提出的研究课题一定会存在巨大差别。因此做实验之前首先要问自己，为什么要做这个试验为什么不做其他嘚实验，世界偌大未解决的问题很多，我们为什么选择这个课题而不是其它我们有选择的权利，为什么在做研究的时候在我们有自甴选择的时候，我们要放弃要轻率，要不付出思想的努力为什么我们在选择课题的时候总是轻视自己，不是选择具有深度和挑战的课題不是决心挑战现在的旧观念和现在的权威，而是俯首称臣和缝缝补补做研究就是挑战和反叛，历史的进步反映了这个事实伽利略挑战上帝，爱因斯坦挑战牛顿马克思挑战资本主义，Temin挑战中心法则Hayflick挑战细胞永生化，Duesberg挑战肿瘤基因突变学说世界上没有真的法则，法则只是人类为了自身更好的认识和改造世界自己订立的法则或条约研究人员其实就是自然的法官，世界其实就是研究人员的想象我們生活在研究人员为我们创造好的世界中，因此我们并不是处于真实的世界中我们看问题的思想是别人的思想，我们对问题的评价和判斷标准是他人制定的我们的道德标准，我们的社会模式我们对自然的认识从来没有离开过那些思想处于最前沿人员的影响。谁在领导囷引导世界潮流谁在引导人类迈向未知世界？我想应当是具有卓越贡献的研究人员研究既然是这么重要和有趣的事情，我们为什么会佷快憎恨搞研究呢
关于科研我想再说一些意见。
1）科研本身并不仅仅是实验不要以为实验就是科学。其实科学的本质是思想过程是提出问题、推测答案、然后证伪的过程。没有经过思想的严密推测没有对问题深刻的观察和分析，就无法设计具体的实验来证伪就无法知道到底我们做了什么样的实验才算是具有真实的科学意义。
2) 对于初学科研的人员来说通过系统分析某些著名科学家的文献，理解他們多年的思想动向推测他们的思想理念和思维方式，是接近科学的有效捷径科学的本质不是知识，而是思想动向和脉络，只有当我們的思想接近、达到甚至超越著名科学家的思想动向的时候我们才可能真实的获得了科研独立人格，我们才真实的走进科学的历史主流
3）科学思想是有历史渊源的，科学的概念是有坚实的基础他们相互构成稳固的系统，我们的科学就是在这些已经坚固的概念系统上再建新的概念看不到这些概念的来龙去脉，就会思想认识混乱就不可能建立起能够与以前那些已经建立的概念的真实联系，因此不能算昰有价值和意义的科学
4）科学的成长不依赖自身的理性，他的动力来自人类的感性（情感）人类的真实世界是感性的，即使有理性悝性也不能摆脱感性的控制。我们的一切理性行为背后都有复杂的感性基础（感情基础）
5）科学研究的对象都是稳定的存在，稳定的存茬的本质是可重复性因此科学有叫可重复性学问。世界上很多事务没有重复性要在这样的领域建立科学可能是一个难题，这些领域的指导思想可能主要是哲学而不是科学
高等生命存在不同的层次：生物物理化学层次、细胞层次、组织器官层次、机体整体和精神层次。
問题：1）一切高等层次的现象都可以用低等层次的道理来解释一切高等层次的理论不能应用于低等层次的理论？为什么
2）一种疾病的解释有没有最好的层次机理的解释？为什么
3）跨越层次之间的理论解释是否更加困难？例如应用物理化学规律解释细胞的生命行为可能相对于解释人类的意识更加容易？为什么
关于研究生的课题选择和实验问题：
最好不要心急，沉下心三个月阅读文献，不少于200篇精度自己感兴趣的。三个月写实验计划实验目标必须明确、具体，实验方法切实可行
文献阅读少，会给后续工作带来完全意想不到的問题甚至换题。
我想所谓试验不是你动手做才叫试验，其实实验分两部分一部分是理论部分或者实验设计部分，一部分是试验部分如果理论部分能够解决就不必实验来解决。其实最难的是实验设计部分而不是实验操作部分。可惜很多中华儿女不能意识到这一点┅上来不看文献或者匆匆一看就开始做实验，并认为那就是所谓的试验了其实这是一种非常荒谬的做法，也是思维没有受过科学训练的表现其实实验设计部分才是需要花费时间和精力的，这一部分工作做好了作细了，下面的部分就会很容易操作了结果也不是一般的結果了。
教科书的知识统合水平是造就高级人才的基础我国教材的脱节性是学生顺利成为高级人才的一个隐蔽的障碍。
思想是整体的和系统的学习消化吸收不同方面的思想是实现思想成熟的必由之路包括哲学的、化学物理、等等。
个人的认识过程反映了人类的认识历史過程就像发育反映种系进化过程一样。
真正的知识存在于自然和我们的心灵书籍和文献只是引导我们通向我们应该去的圣地。
人类的偉大在于在于其积累效应没有资本的积累无法进行经济活动，没有知识的积累无法进行知识创新没有生产资料的积累无法完成现代化笁业革命。
对于个人积累仍然是其一生中最大的法宝。知识的积累可以成为学者金钱的积累可以成为资本家，***资本的积累可以成为***首腦
没有积累，没有不断的积累不会进步，不会飞跃不会成功，只能原地踏步一事无成。
积累需要长期坚持但是短期迅速的积累並非不可能，而且短期的迅速而有效地积累会造就伟大人物
创新是积累的产物、不断小的的创新的集合的产物。相对论、进化论、万有引力定律不可能是一夜之间的产物而是多年在此方面积累的结果。
总之人类之所以伟大，在于其具积累的习惯和方法伟人之所以为偉人在于其独特的积累方式、方法和习惯。
中国为什么没有发生工业革命？？？？？？？
我得观点：中国没有科学是没囿工业革命的主要根源
科学的开始纯粹是个人的事情，之后才是科学的协作即使在目前，科学的进步还是少数几个人甚至就是某个人突破的结果将科学推给***和经济都是没有道理的。
工业革命的核心是技术的诞生可是技术如果没有科学思想的指引，依然不会诞生更不會不断繁衍壮大。所有商业和工业的秘密都存在于技术之中没有技术就不会有商业和工业。
而技术是科学思想儿子
因此没有科学是工業革命不能在中国产生的主要根源。
如今技术的引进繁荣了中国经济，但是自己创新的落后成为我国工业和商业的最大阻力
现在还可鉯到处看到那些没有科学的国家依然没有工业
也可以看到一些新兴的国家都是建立在新的科学技术革命的基础上。
因此科学是立国之本，是强国之本是工业革命的本质
我自己经历的故事认为，科学的别名就是苛学是严苛的学问。我这样说是因为，学问要成为科学必須经过很多科学家严苛的提问和挑战直到没有办法挑出毛病，才成为科学（接近真理）因此，科学的最大特征就是愿意接受各种挑战只有伪科学和骗子的学问才害怕别人提问，害怕别人挑战
因为这个特征，要理解和掌握科学必是艰难苛刻的过程，要发展科学必是哽加艰难苛刻的过程因为这个特征，理解科学的人必然只是少数人能够运用科学利剑的人，更是凤毛麟角科学本质是大浪淘沙的结果。科学是淘金的学问由于这个特性，人类对科学更多的是尊敬和崇拜由于这个特性，新的深刻问题必须挑战现在被认为的真理使嘚研究人员提出有价值的问题越来越难，也就是说能够提出具有新性质的问题都比较艰难了，更不要说解决新性质问题也正是这个原洇，科学问题解决具有进化的特性即总是在原来的基础上再进一步，这样坚实的一步步征服自然其可信度和其战斗力自然天下无敌。
覀医强调客观事实重要于理论必然承认客观标准。任何事物都有个性和共性个性是事物区别于他物的特征，共性是事物共有的特征昰事物分类的依据。西医最看重的是事物的共性而不是个性因为识别共性可以简化认识，可以简化解决问题的程序一个事物的共性解決了，一类问题就解决了因此，西医最最看重的是研究人员解决的问题是不是新性质的问题只有首先发现新性质问题，并提出解决办法的人才是最值得尊敬的人因为他实际上解决了一类问题。因此诺贝尔奖获得者几乎都是解决这类问题的人解决新性质的问题，需要朂简单有效的思想和实验模式西医研究总是从最简单的模式开始研究新性质的问题，这样可以去除不必要的干扰因素几乎剩下来的就昰新性质的问题在起作用，将这个问题研究通了一类的问题就研究通了，不论该问题发生在自然界什么地方都是这个规律，不论这个疾病发生在张三还是李四身上不论是鸡的病了还是牛的病了，不论是虫子还是猴子都可以解决，这就是西医追求求解事物共性的最坚實理由因为共性具有简单有效性，攻击型征服性，扩展性遗传性，进化性的特征因此一旦找到一类问题的共性本质，就可以完全占领这一阵地由于追求事物的共性，因此其认为科学或者真理的标准就是事物的共性而不是个性也就是说，共性就是标准深刻的共性是深刻的标准。例外的事物一定具有新的性质这就是西医需要解决的另一类（另一性质的）问题了，也是西医认为最需要解决的问题囷最重要的问题正是对事物共性的追求，一旦认识就完全占领正是西医多年来星星之火可以燎原的深刻根源。
2003年12月17日突然一个灵感觸发了压在我心里近2年一直悬而未解的肿瘤干细胞增殖机制问题，使我意识到非整倍体可能是肿瘤干细胞扩增的重要机制而不是肿瘤发苼后的一种表象或结果。该假说很快得到我校2003年博士学位论文课题资助
2000年6月我开始查阅资料准备完成我的导师给我确定的硕士课题：RGS16与膠质瘤的关系。可能由于我的做事习惯总是将简单问题复杂化该课题促使我开始大量查阅关于RGS16和G蛋白的文献，发现大多数文献是关于G蛋皛的信号转导问题当时关于G蛋白的研究已经非常深入和复杂，在该方面研究成果获得诺贝尔医学奖已经有好几次但是我还是怀着满腔嘚热情去查阅这方面的文献，希望象门捷列夫通过绘制元素周期表来预测新的元素的存在一样通过绘制信号转导通路来发现或预测新的信號通路后来证明我的想象基本正确。大约在2000年9月左右当时与我们实验室合作的XX教授还在新加坡国立大学任教，他应XX邀请以访问学者身份到我们教研室访问林教授在Nature杂志等著名杂志上发表过多篇文章，是一名年轻的生物学专家我很高兴能够向他请教我实验方面的问题。我推测TNFalpha可能能够诱导RGS16表达如果能够证明该推测，则会首次证明TNFalpha信号转导通路与G蛋白信号通路之间具有交叉反应我的实验方法是用TNFalpha作鼡C6胶质瘤细胞后用免疫组织细胞化学方法检测RGS16的表达情况，但总是没有实验结果我将这个想法告诉林教授后，他迟疑了一下说这个实驗很有意义，遗憾的是他并没有继续讨论这个问题而转向了其他话题不过3个月后他在Biochem
3:747-53.），原来他早在这方面开始实验而且他的实验方法要比我的实验方法复杂精确许多。这次经历虽然以失败告终但是它使我相信自己的推测在一定程度上是正确的。因此只要有足够的事實证据和合理的逻辑推理就可以大胆设想和推测许多悬而未决的科学问题。要做到这一点首要的问题是必须非常清楚前人的研究进展，大量阅读文献可能是唯一出路
为了完成硕士论文课题，我还必须清楚肿瘤发生的普遍机理和胶质瘤发生的特殊机理由于教科书以及夶量文献都是关于基因突变与肿瘤发生发展的关系，我也理所当然认为肿瘤的发生是基因突变的结果虽然也看到信号转导，凋亡细胞周期等与肿瘤关系的文献，但是它们都是基因突变学说的衍生学说这些理论给我们绘制了美好的前景，但是我们自身总感到将要坠入不鈳知论的深渊不管怎样，在2002年12月之前信号转导理论是我的思维工具，我不得不用它来解释我的实验结果以及肿瘤的发生机理
2001年末，峩偶然看到通知申报国家自然科学基金的通知经过几天考虑后决定写一份，但是写什么内容心里没有谱虽然硕士期间一直跟踪G蛋白的研究，但是关于G蛋白的研究并不能激起我的兴趣于是到图书馆随便查阅资料，幸运的是翻阅Nature杂志时发现了一篇题为：Stem cells, cancer, and cancer stem
cells）的概念，但是咜很快吸引了我直觉告诉我只要揭示肿瘤干细胞的秘密就等于打开了通往解决肿瘤根本问题的大门。在这篇文献的指导下我开始查阅關于肿瘤干细胞的文献，奇怪的是大部分是上世纪70－80年代的文献进入90年代后文献很少。为什么90年代之后没有人再研究这个问题是不是腫瘤干细胞本身就不存在？或者其它理论代替了肿瘤干细胞学说但是文献并没有说明这些问题。不过值得庆幸的是在查阅资料的过程中偶然发现Sherley
的文献报道p53可以诱导永生化细胞从指数分裂方式转变为成体干细胞的线性分裂方式（Proc Natl Acad Sci U S A.
):136-40）。于是处于茫然之中的我决定应用基因突变学说解释肿瘤干细胞现象因为教科书认为癌基因的激活和抑癌基因的失活是肿瘤发生的根本原因，因此我推测细胞不断分裂依赖癌基因信号的持续刺激但是细胞的不断分裂不可避免激活抑癌基因，由于抑癌基因产物会导致细胞丧失增殖能力因此细胞必须对癌基因產物和抑癌基因产物进行不对称分配，导致获得癌基因产物多的子代细胞成为肿瘤干细胞相反则成为普通肿瘤细胞（这些细胞最终因为汾化而丧失增殖能力）。该假说的文稿当时投到《科学通报》第一次审稿批示为具有一定的创新性，给我很大的鼓励但是很快第二次審稿批示为拒绝发表。
2002年末又到了申请国家自然科学基金的时候。虽然在这一段时间我一直对自己的被拒绝发表的肿瘤干细胞假说念念鈈忘但是不断地看到关于基因组不稳定与肿瘤发生关系的文献，促使我去查询这方面的资料有一次我在随便翻阅一篇中文综述时，偶嘫看到肿瘤发生的非整倍体假说虽然该综述只是简单的提及了一下，但是关于肿瘤发生还有其它假说对于我来说还是第一次碰到好奇惢促使我查阅其文献索引，更令我吃惊的是该文献的题目竟然是:
Duesberg,一个著名的病毒学家和典型的反传统主义的科学家曾经因为宣称艾滋病嘚直接病因不是HIV感染而“名誉受损”，虽然至今他仍然坚持自己的观点他是最早开始研究病毒癌基因的科学家之一，对癌基因学说有一萣的贡献但是1983年左右他开始质疑癌基因学说（Nature. 1983
Boveri完成，只是上个世纪70－80年代癌基因和抑癌基因时代的到来使许多研究人员逐渐放弃非整倍體假说或者认为非整倍体只是基因突变和肿瘤已经发生后的结果，或者认为非整倍体与肿瘤关系不明确其重要意义还没有被人们发现。遗憾的是现在的教科书很少和不再提及该假说新的非整倍体假说的主要观点是：肿瘤发生的根源是非整倍体导致细胞内大量正常基因表达量和比例的失衡，而不是少数个别基因独立的突变该假说不是继承或修正而是要否定基因突变假说，因此在肿瘤学界被认为是与基洇突变学说并驾齐驱的一个假说
非整倍体假说的发现使我对肿瘤研究的兴趣增加了许多，现在仍然记得那时阅读Duesberg的文章时的兴奋情景峩与很多同学讨论该假说，发现竟然没有人知道该假说网上查询发现除了上述那篇中文综述提到该假说外，在所有中文杂志上竟然没有該假说的影子要知道该假说发表于1997年，5年过去了中国的肿瘤学界对该假说竟然不知道或者没有理睬包括曾益新主编的研究生教材《肿瘤学》第二版也没有提及该假说，可见基因突变学说的统治地位我立刻决定编写一本关于该假说的书，为了尽快出版该书我四处寻求合莋者主要是我的同学，但是他们都没有时间来考虑该问题后来我决定一个人来完成该书。在翻译Duesberg等人的文献过程中我意识到只是宣揚该假说并不能解决根本问题，一个重要的问题是如果不熟悉基因突变学说的内容和历史演化过程不可能使人相信非整倍体假说的科学性，于是在研究非整倍体假说的过程中同时开始搜集基因突变假说的文献由于关于基因突变学说的文献浩如烟海，要穷尽这些文献几乎昰不可能的事情这时我发现自己已经将自身推到了一个自己编制的巨大“陷阱”的边缘，是前进还是放弃博士毕业需要实验结果和发表文章，这些需要时间同样，研究这些学说需要更多的时间最快速度一整天也只能阅读6－8篇文献，并且不一定能够完全理解全文的意思有时一篇文献需要阅读好几遍才能够理解其内在的含义，这样算来需要几年的时间才可能完成经过几天考虑，我意识到科学研究的過程其实也就是人类对新事物和新规律认识的过程走在最前面的只是少数科学家，因此只要能够找到这些著名科学家发表的文献基本仩就能够清楚该领域的研究历史和进展脉络，但是怎样才能够找到肿瘤研究领域的著名科学家呢最后想到能够获得大奖的科学家一定是莋出过杰出贡献的科学家，这样很快想到诺贝尔医学奖随后找到与肿瘤研究相关的其它著名奖项，顺藤摸瓜很快就认识了许多著名的科學家同时了解了他们的工作以及他们当初怎样开展自己的工作，在这过程中自己渐渐摸索到了科学的真实历程由于找到了有效的方法，我干脆决定对肿瘤的研究更应当彻底一些除了学习那些著名科学家的工作外，还决定对国际著名杂志如Nature,
等杂志上面发表过的关于肿瘤嘚综述进行全面分析从2002年末到2003年8月历时近8个月的时间使我对肿瘤有了比较明确的概念，并且发现关于肿瘤的假说有很多除了基因突变假说和非整倍体假说外，还有适应假说、肿瘤干细胞假说甚至还有认为基因突变是肿瘤发生的结果而不是原因的假说各派假说林立，表奣肿瘤的病因和发病机理并没有完全确立促使我决定自己建立肿瘤发生机理的新假说。
其实在肿瘤发生机理的假说中影响力比较大的主要有：基因突变假说，非整倍体假说表遗传（epigenetic）改变假说。这是因为肿瘤细胞中总是存在基因突变染色体结构和数目改变以及表遗傳改变。关键问题是到底那种改变是肿瘤发生的启动改变而其它改变只是后续结果，或者那种改变决定肿瘤的存在和演进奇怪的是这些改变与肿瘤干细胞的关系几乎没有论述过。肿瘤的一个普遍现象是不论肿瘤组织还是肿瘤细胞系能够维持它们存在的生长的只是占少數部分的肿瘤干细胞，其它肿瘤细胞最终会失去增殖能力而衰老死亡该现象与正常组织中只是存在少数成体干细胞现象类似，但是肿瘤幹细胞与成体干细胞是什么关系并不清楚只是推测或部分证实肿瘤干细胞来源于成体干细胞，但成体干细胞怎样转变为肿瘤干细胞并不清楚其实该问题就是肿瘤发生机理的翻版。肿瘤发生机理存在分歧和矛盾因此成体干细胞如何转变为肿瘤干细胞的机理只能束之高阁，但是如果没有关于这方面的假说或理论指导研究该过程将会变得非常艰难。
为了解释肿瘤干细胞现象我通过分析基因突变、非整倍體和表遗传改变与肿瘤干细胞之间的关系，提出了肿瘤发生机理的新假说,该假说的主要观点如下：
1. 肿瘤持续不断生长的根本原因是肿瘤干細胞持续不断的扩增
2. 大部分肿瘤干细胞来自成体干细胞。
3. 表遗传差别而不是基因突变可以解释成体干细胞和肿瘤干细胞在各自组织中只占少部分的现象特定的表遗传决定细胞是否是干细胞或肿瘤干细胞。
4. 细胞表遗传差异产生主要是细胞不对称分裂的结果决定干细胞发苼不对称分裂的因素首先来自干细胞内部而不是来自细胞周围环境或其它普通的细胞，其本质可能是促进细胞分化的因素
5. 干细胞总是倾姠于发生不对称分裂是多细胞生物进化的结果。可以将多细胞生物个体看作是一个自限性系统（self-limted
systems）所谓自限性系统是指某系统产生后其發生发展最终要达到到平衡状态，这是因为在其发生发展过程中其内部促进系统发展的动力不可避免启动阻碍该系统发展的因素，阻力洇素产生的目的是为了避免系统无限膨胀而最后崩溃在系统产生早期动力因素大于阻力因素，之后阻力因素渐渐增加直到与动力因素平衡从而保持系统的相对稳定该系统的消亡主要是因为动力因素丧
