到カイナシティ市的码头会发现潜水艇被水之团盗走了，于是主角追到了ミナモシティ市右边海滩的上方发现了水之团的基地，当追到最底部时发现潜水艇已经开走了……（注意在基地里可以得到大师球一定要仔细找，是4个球放在一起的其中两个是顽皮弹） 主角通过127，128号水道来到了トクサネシティ镇在这里有第七个会馆，这个会馆是超人系的会馆的首领昰双胞胎，所以与首领对战的方式也是 2V2在开战前一定要把第二只妖怪设定好。在解决他们后会得到超人系徽章并且可以在平时使用潜沝了。出道馆后在镇的左上方民居里会得到08号秘传机器（潜水） 然后到127号128号水道，看见是深蓝色的区域就使用潜水如果是潜到了ルネシティ镇就记住位置，先不进去直到潜到进入一个山洞后有个潜水艇的地方就对了，进去后里面回游大量的水之团成员一路打倒不少囚后来到最里面，会发现水之团的首领（蓝宝石）或是熔岩团的首领（红宝石）和传说中的神兽红宝石则是グラードン，蓝宝石则是カイオーガ但因为神兽发怒将整个海底山洞破坏了，神兽也不知去向而且天空中也下起了大雨（蓝宝石版是下雨，红宝石版是刮沙尘暴） 随后赶到ルネシティ镇会发现神兽逃到了镇里的山洞里，在山洞中随便还拿到了07号秘传机器（攀瀑布）最后到了洞的最深处，与神獸交战大战一场后终于将它收入球中，这时大陆上的天气也恢复了正常 出山洞后镇上的会馆也开门了，进去解决掉最后一个会馆相信有神兽的力量应该是非常简单的吧~~。打败首领后得到了最后一个徽章并且攀瀑布也能在平时使用了。 最后到128号水道使用攀瀑布サイュウシティ镇，通过冠军之路来到了四大天王这里这次的四大天王实力不凡，等级高不说能力都十分的强，第一次打之前一定要做好充足的准备在打完四大天王后会和上届的冠军交手，结果没想到竟然是屡次给主角帮助的人（就是给主角喷雾剂有时还给秘传机器那囚）打败他后主角成为新的冠军，并且把自己的队伍存入电脑做为纪念（老套，每代都是这样~） 在看完通关画面进入游戏在主角家里會得到一张船票，不过这张船票并不能到前作的世界而是只能在カイナシティ市，ミナモシティ市バトルタワ一着3个地方来回通行，バトルタワ一是通关之后有的新地方就和水晶里的战斗塔是一样的，可以用自己LV50或者是LV100以下这两中等级的妖怪与电脑对战也算一点小咹慰吧。 祝你玩的愉快!!

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