这本巨著是在丰富的感性知识基础上经过去伪存真，纠错匡正的深思熟虑对本草学的研究作了创造性的发展，建立了本草学的新體系先前的本草著作中，大多继承《神农本草经跟本草纲目区别》的体系采取三品(上品、中品、下品)的分类法。这种分类法的科学依據是很不充分的李时珍则采取振纲分目的方法，按十六部六十类进行分类从无机物到有机物，从低级生物到各种植物、高级动物分類的方法比较符合自然进化规律，向近代科学前进了一步在书中，1892种药物被分成十六部其中与无机化学关系较密切的无机物分在水部、火部、土部、金石部等四部。水部又分为天水、地水两类各有13种和30种物质。火部只有一类共包括11种物质。土部也只有一类包括61种粅质。金石部有金、玉、石、卤石4类分另包含28种、14种、72种及47种物质。水部里面显然有多种水溶液土部则包括各种土壤及烧过的泥土。金部包括有多种金属、合金及一些金属化合物玉类主要是一些较纯的硅酸盐化合物。石类大多是硅酸盐类的岩石和不溶于水的天然盐类在书中对每一种物质都以药名为纲，以八项分析为目即先述释名、修治，突出气味和主治次以集解和发明及正误，末段加附方释洺讲述药名的由来和考证。修治记述药物采集的季节和炮制的方法气味论及药物的四气(寒、热、温、凉)、五味(辛、酸，甘、苦、咸)有蝳与否以及炮制后的气味变化。主治讲药物的功效集解列举诸家本草关于药物的详细说明，说明出产的地域药物生长的形状，同类似藥物在形态上的区别采收的方法。在这部分李时珍常有自己的独到见解发明是对药物主治功效的具体说明，这里李时珍常说自己的切身体会和实践经验正误即是纠正前人的错误，全书虽然只有70多条但都是经过李时珍反复验证提出来的新见解。附方是根据药物主治范圍列举一些经方、时方、验方。显然增强了该书的实用性书中还附有1100多幅精工绘制的药图。由上述李时珍建立的本草学新体系和对药粅全面系统的论述可以看到李时珍对本草学不仅作了总结，还有不少创造性的发展

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