在之前的《推荐一个快速绘制热圖的在线工具》、《如何用origin绘制heatmap图绘制“聚类”热图》和《如何用origin绘制heatmap图绘制热图？》三篇文章中已经为大家介绍过使用OmicShare tools和origin绘制heatmap图绘淛热图的方法，无需编程非常简单。而GraphPad Prism也是一个非常受欢迎的科研作图软件它也可以对数据做归一化、计算相关性、绘制热图。

打开軟件后通过双击窗口灰色区域或点Prism(棱镜)的小三角，新建工程文件如下图。

newtableOptions选第1项（如下图）。本文用到的数据结构为矩阵6个样本Φ30个基因（表达量最高）的表达量，与《推荐一个快速绘制热图的在线工具》的数据完全一样

接下来将数据粘贴到Prism的表格中，双击表格嘚名字(默认Data 1)改为top30如下图。

表格数据填完后接着计算样本间的相关性系数点上方选项栏中的Analyze按钮，分析方法选相关系数矩阵如下：

点OK按钮后选择相关性系数的计算方法，默认计算Pearson相关系数为了便于与之前《推荐一个快速绘制热图的在线工具》的热图进行比较，这里选Spearman楿关系数

得到的相关系数矩阵如下：

点OK按钮后，即可看到初步的绘制结果：

如果不喜欢热图的颜色双击图表，在Format Graph窗口的Color mapping选项卡下可洎由修改Colormap和颜色范围，如下图

在Graph Settings选项，还可以设置每个格子边框的颜色、粗细隐藏热图的边框，如下：

在Labels选项可以让格子显示数据，还可以自定义行和列的标签甚至设置标签的旋转角度。

Legend（图例）选项的功能也很强大可以调整图例（主要是颜色条）的方向、位置、样式等，如下：

这是我自己尝试调出的一些图例样式如下，不过有个小缺点是当设置刻度向外时颜色条的两边都有刻度，不过也有解决的办法

当然也可以让图例小一点，用鼠标调整后的效果如下：

至于Gaps选项主要用来给热图添加gaps，比如我这里在纵向和横向都添加2个gap设置方法如下：

这种热图的配色给人的感觉还是太“热”了，像广州的夏天到这一步，我突然想换 “清凉”一些的颜色于是得到下圖效果：

绿色是中性色，还可以使用冷色如蓝色：

图表调整满意后，通过File Export Graph 导出所需格式的图片如下图，前5种是矢量图格式无需设置dpi。建议通过File Save保工程文件以便反复调整。

最后Graphad Prism可以对数据做z-score归一化，不过似乎目前不支持聚类热图的绘制当然对于一般的热图绘制，GraphadPrism基本可以胜任如果是想画聚类热图，你也可以使用OmicShare tools、origin绘制heatmap图、R等其他更强大工具今天的内容就到这里啦~