奥特曼格斗进化3中所有可选的奥特曼、怪兽和宇宙人如下:
初始人物(奥特曼):初代、赛文、杰克、艾斯、泰罗、雷欧、迪迦、戴拿、盖亚、高斯
初始人物(怪兽和宇宙人):巴尔坦星人、金谷乔、古敦、艾斯杀手、泰兰特、玛格玛星人
哥尔赞、雷基巴斯、加恩Q。
隐藏人物(奥特曼):佐菲、阿斯特拉、爱迪、阿古茹、杰斯提斯、雷杰多(无法存档)
隐藏人物(怪兽和宇宙人):雷德王、哥莫拉、达达、杰顿、双尾怪、贝蒙斯坦、巴克西姆
艾斯机器人、妄想赛文、邪恶迪迦、假戴拿、宇宙正义机器人
注意:圆盘生物、加坦杰厄是不可使用的。